崇祯二年（1629）十一月，清兵再次南下，崇祯帝派乾清宫太监王应朝监军。十二月又任命司礼太监沈良佐、内官监太监吕直提督九门及皇城门，另外还任命司礼太监李凤翔督忠勇营，提督京营。从此，他开始重用宦官。崇祯四年（1631）九月，任命太监唐文提督京营戎政，又分别派王坤、刘文忠、刘允中前往宣府、大同和山西，监视兵饷。十月，下令由太监监军，其中王应朝往关宁，张国元往蓟镇东协，王之心往中协，邵希诏往西协。宦官除被派去监军督饷外，还被派去督促察办钱粮税务、茶叶马匹、司法等政务。

尽管崇祯轻视文臣，偏袒宦官，但他对宦官也并不是完全信而不疑，有魏忠贤乱政的前车之鉴，他对宦官总是很提防，他认为自己之所以会重用宦官也是迫不得已。他还觉得，皇上是完全可以重用宦官的，只要皇上英明，就能重用宦官而不让他们扰乱朝政。为了防范宦官，他也费尽了心机，其手段之一就是不时地大规模地将在外的宦官撤回。事实上，崇祯这样做不过是自欺欺人而已。在辽东，自袁崇焕遇害后，军纪涣散，人人自危；在陕西，尽管农民起义军一时处于低潮，但并没有全部被消灭，他预期的目的并不曾因太监监军而达到。因此，他在内心深处也对宦官产生了失望之情，因此便又将政事委任给朝臣。

实际上，对是否重用宦官的问题，崇祯时常处于一种矛盾心态之中，罢了又用，用后又撤，但最终还是倚为心腹，反复无常，这正体现了他性格中多疑、反复无常的一面。对朝臣他固然已失去信任，而重用宦官，国事又日非，他于是便在这样一种反复、忙碌而又焦躁不安中度日。(www.daowen.com)

几年过后，情况日益恶化，崇祯三年（1630）前后，陕西的农民起义军实力日益壮大。崇祯八年（1635），凤阳被起义军攻占，皇陵和龙兴寺被焚，祖坟也被挖，对崇祯来说，这是一个很大的打击。而辽东的后金实力也日渐增强，袁崇焕被杀后，一直都找不到一个得力的可以抗击后金侵扰的边将。崇祯九年（1636），皇太极称帝，改后金为“清”。其兵强马壮，随时都可攻入内地，长驱直入。这两大忧患，令崇祯寝食不安，而又无可奈何。