天启七年（1627）十一月，魏忠贤于流放途中上吊自杀，全国民心为之大快。

魏忠贤死后，崇祯帝对遗留在朝中的阉党势力予以了打击。监生胡焕猷上疏请求对那些为魏忠贤建生祠的总督、巡抚论罪，翰林院编修倪元璐上疏弹劾阉党，并提出为东林党翻案，对此，崇祯帝均予以赞同。崇祯元年（1628）上半年，杨维垣、李恒茂、杨所修、孙之獬、阮大铖等阉党党徒相继被罢职。同年四月，倪元璐上疏请求将旨在攻击东林党人的 《三朝要典》 焚毁，对此崇祯帝表示同意。五月，《三朝要典》 被焚。《三朝要典》 被焚，对阉党党徒来说是一个致命的打击，当时的传讲孙之獬更是为之如丧考妣，痛哭失声。崇祯二年（1629）正月，崇祯帝开始对阉党进行总清算，他指令大学士韩圹、李标、钱龙锡等确定从逆名单。韩圹等为人宽厚，不想扩大事态，只呈给崇祯帝一个45 个人的名单。崇祯对此很不满，下令再议，韩圹等于是便又报上了几十个人。但崇祯仍不满，并再次下令韩圹等人再议此事。崇祯坚决的态度，终于使得阉党成员绝大部分都被列入了逆案名单。同年三月，《定逆案》 颁天下，阉党党徒自魏忠贤起，所处罪行分别分为六等：首逆凌迟者魏忠贤和客氏两人，首逆同谋立即斩首者崔呈秀等6 人，结交近侍秋后处决者刘志选等19 人，此外还有充军者11 人，论徒3年输赎为民者129 人，革职闲住者44 人，以及魏忠贤亲属及宦官党附者50 余人，共260 余人。崇祯的这一举措显示了自己果敢的作风，赢得了朝野人士的一致拥护，令朝臣上下为之刮目相看，一时间他被称为“明主”。

崇祯帝继位时，接手的是一个由明神宗、明光宗、明熹宗等人留下的烂摊子。明朝当时内忧外患，对内，政治腐败，阉党专政，天灾不断，民不聊生，对外，后金兴起，不断伐明。

后崇祯下令将镇守全国各地的宦官全部都撤回北京，边政由各地督抚专理。崇祯元年（1628）正月，崇祯又对宦官的行动加以严格限制，不给他们以可乘之机，大大地削弱了宦官的影响力。(www.daowen.com)

崇祯七年（1634）八月，他下诏撤回监视总理内臣。其诏云：“朕御极之初，撤还内镇，举天下事悉以委之大小臣工。比者多营私，罔恤民艰，廉谨者又迂疏无通论。己巳之冬，京都被兵，宗社震恐，此士大夫负国家也。朕不得已，用成祖监理之例，分遣各镇监视，添设两部总理，虽一时权宜，亦欲诸臣自引罪。今经制粗立，兵饷稍清，诸臣应亦知省，其将总理、监视等官，尽行撤回，以信朕之初心。张彝宪俟漕竣即回监供职，惟关宁密迩外境，高起潜兼监两镇暨内臣提督如故。”可以说，士大夫取得了一个小小的胜利。正当他们为之陶醉、庆幸之时，七月间，清兵又一次南下，抵达居庸关。崇祯皇帝一看形势不妙，不假思索，即派太监李国辅、许进忠等分守紫荆、倒马、龙门诸关，孙继武、刘元斌率禁旅6000，防治河口。不久，清兵入昌平，直接威胁京师。崇祯皇帝令兵部尚书张凤翼总督各路援军，太监高起潜为总监，辽东前锋总兵祖大寿、山海关总兵张时杰俱归属高起潜指挥。此后，又以太监张云汉、韩赞周为副总监，提督巡城、阅军；魏国征总督宣府，邓良辅为分守；卢维宁总督天津、通州、临清、德州，孙茂霖为分守。从这时的委任来看，宦官已不仅仅是监纪，而且是总督、分守，直接指挥军马。在这次京城保卫战中，高起潜畏惧不前，即使在清兵退归之时，部将请战，仍怯于追击，唯割死人首级冒功而已。

刚开始时，崇祯很重视对官吏的选用。崇祯元年（1628）正月，他对天下官吏进行考核。二月，会试举行。在这年四月举行的廷试上，他对参试的士子提问，问他们怎样才能将天下治理好，力图能够起用那些精明强干、有真才实学的人。在罢去阉党阁臣黄立极、李国槽后，被崇祯亲自先后征点为东阁大学士、参赞机务的官员有南京吏部侍郎钱龙锡，礼部尚书来宗道，礼部侍郎李标、杨景辰、周道登、少詹事刘鸿训。后来，他又征点韩圹、成基命、周延儒、钱象坤等人入阁。在这些人当中，虽然也有与阉党有瓜葛的，但大部分都是东林党人，他们办事一般都还是很谨慎的。崇祯元年（1628）二月，首次开经筵，经筵讲官大多由大学士担任，他们都对崇祯尽力劝讲，而崇祯也尽力听之，还向讲官提出不少有关治国的问题。他还常常破格提拔人才，如四川人刘之伦曾被一下子由庶吉士提拔为兵部右侍郎；游方僧人申甫因人推荐，被超擢为副总兵。为了整饬边政，他起用袁崇焕，任用其为兵部尚书，督师蓟辽。崇祯元年（1628）七月，他亲自在平台召见袁崇焕，询问采取何种战略方针才能安定辽东。袁崇焕向崇祯细述自己的策略，并说如果工部给予足够的器械，户部提供充足的兵饷，吏部不干涉其用人，兵部不限制其调兵遣将，朝廷也能委以其全权经略辽东事务，那么5年之内他就可以恢复辽东。听后，崇祯很高兴，对袁崇焕的要求全都予以了满足，并赐他上方剑一把，以专事权。此后，袁崇焕本着“以辽人守辽土，以辽土养辽人，守为正着，战为奇着，和为旁着”的策略，积极布防，并很快就取得了明显的成效。同时，崇祯帝又任命杨鹤为兵部右侍郎，总督陕西三边军务。由于采取了一系列措施，崇祯初年，明廷的内政外交有了新的转机。

崇祯为了国事苦心操劳，煞费苦心，不知疲倦，不仅白天要处理政务，晚上也经常办公直到深夜，一心想将国家治理好，并且在生活作风上，他也严于律己，崇尚节俭，衣食简朴。