孙承宗提拔选用了袁崇焕等一大批忠正耿直的文武人才，使得明军的边防更加完备。“自承宗出镇，关门息警，中朝宴然，不复以边事为虑矣”，不但扭转了原先的那种颓败之势，且整个形势变得越来越好。正当孙承宗坚定意志想要振兴明朝的时候，却受到了来自魏忠贤的打击。

孙承宗功高权重，誉满朝野。魏忠贤为长久把持朝柄，一心想把孙承宗也拉到自己一边，故多次对其进行试探，但均遭到拒绝，魏因此而怀恨在心。天启四年（1624）十一月，孙承宗西巡至蓟、昌，上奏皇上请求在十一月十四入朝庆贺万寿节，并面禀一些机密大事。魏忠贤听到这个消息，害怕孙承宗会以“清君侧”的名义，带领士兵诛杀自己，特别恐惧，“一边痛哭着一边绕着皇帝的床跑动，使得皇帝也被他感动了”，当即命内阁拟旨，以“无旨擅离，非祖宗法”为名，令其返关。孙承宗无奈，只好返回。事后，阉党利用这件事攻击孙承宗“拥兵向阙，叛逆显然”，但熹宗没予理会。

天启五年（1625）八月，柳河之败导致了孙承宗的去职。山海关总兵马世龙，误信自后金逃归的“降虏生员”刘伯溉的话，派遣军队渡过柳河，偷袭耀州，不幸中了敌军的埋伏，大败而归。阉党借机小题大做，围攻马世龙，并参劾孙承宗。孙承宗一怒之下，接连向皇上呈上两份奏折，请求罢免自己的官职，并于九月辞官后回到了家乡。

孙承宗辞官以后，兵部尚书高第出任辽东经略。高第是文人，既不懂军事，也没打过仗。高第一开始上任，就完全背离孙承宗的军事部署，下令将宁锦防线拆除并撤销。在边关驻防的将领除镇守宁远城的袁崇焕坚持不听从他们命令外，其他的各个城镇的防守都被撤销，因而使得孙承宗的数年心血毁于一旦，明朝在山海关及其关外的军事形势也于顷刻间陷入了一场新的危机。由于以袁崇焕为首的广大将士的浴血奋战，才使明军在天启六年（1626）正月、天启七年（1627）五月相继取得“宁远大捷”和“宁锦大捷”，挡住了后金的猛烈进攻，从而不仅使宁锦防线经受住战争的考验，且使明朝避免了由于高第的错误军事决策而导致的军事大溃败。(www.daowen.com)

崇祯二年（1629）时，皇太极率领大军避开宁锦防线，假装想要从内蒙古进攻，却突然从喜峰口突入关内，并相继攻克了遵化、迁安、滦州、永平，目标直指北京。此外，皇太极还成功地实施了一个反间计，使崇祯帝囚禁并最终杀害了袁崇焕。明朝廷顿时乱作一团，而袁崇焕的下狱，又导致军心涣散，将士东归。在此危难之际，明廷再次起用孙承宗，“诏以原官兼兵部尚书守通州”，统筹全局。孙承宗首先晓以大义，安定了军心。然后调整各路军队的关系，统一行动，经历了几个月的艰苦作战之后，取得了“遵永大捷”，并在崇祯三年（1630）五月份，将后金军队驱逐出了明朝的领域。

孙承宗再任辽东经略后，仍坚持以积极防御为主的方针，继续加强宁锦防线，决心重筑被高第毁弃的大凌河、右屯二城。崇祯四年（1631）七月，孙承宗令祖大寿等率兵4000 守大凌河，又征发1.4 万人筑城。在八月六日，开始筑城不过20 天左右，大凌河的城墙刚刚才修完，雉堞也只修完了一半，后金的部队突然重新来到城下，并于当天开始围城，明军仓促闭门拒战。“承宗闻，驰赴锦州，遣吴襄、宗传往救”。但宁远巡抚邱禾嘉“屡易师期，传与襄又不相能，遂大败于长山”。到十月份，大凌河已经被整整围困了3 个月，守城的士兵到了弹尽粮绝而又没有支援的恶劣境地，祖大寿假借投降之机，逃回了锦州，大凌河再一次被敌人摧毁。大凌河失守，引起了明廷内部的互相倾轧，“廷臣追究筑城非策，交章论禾嘉及承宗”。孙承宗连疏，引疾求退。崇祯帝为平息朝议，准其归籍，孙承宗第二次被排挤下台。

崇祯十一年（1638），清兵深入内地，并于十一月九日围攻高阳，赋闲在家的孙承宗率全城军民与之血战。3 天后，高阳城破，孙承宗被俘，他因为坚持气节拒不肯投降，最后被活活勒死。