努尔哈赤统一女真的事业刚刚迈出第一步，就遇到来自各方面敌对者的挑战。这时，浑河部兆佳城（今辽宁省新宾满族自治县）赵家村主理岱，勾结哈达兵，无端劫掠了努尔哈赤管属的瑚济寨，因而迫使他暂时停止对尼堪外兰的追捕，万历十二年（1584）正月，努尔哈赤不顾冰雪封山，行军艰难，率兵一举攻占兆佳城，生擒理岱。与此同时，嘉木湖城主噶哈善（努尔哈赤的妹夫），也是他手下的一员猛将被萨木占杀害，凶手萨木占畏罪逃往玛尔墩寨（辽宁省新宾满族自治县马尔敦村）。努尔哈赤为了给噶哈善报仇，率军攻破玛尔墩寨，杀死萨木占。栋鄂部首领阿海看到努尔哈赤的势力壮大，十分不安，企图兴兵消灭他。努尔哈赤闻讯后先发制人，领兵攻打阿海居住的齐吉达城拉法河北岸，久攻不下，只好还师。在回军途中，他应完颜部首领孙扎秦光衮的请求，进兵翁鄂洛城浑江流域，在战斗中不幸身负两箭，带伤退回赫图阿拉。不久，努尔哈赤伤愈后，亲自领兵攻占翁鄂洛城，收抚了前次射伤他的勇士鄂尔果尼、洛科二人，各赐官爵，加以厚养，表现了超乎寻常的豁达大度。

万历十三年（1585）二月，努尔哈赤进兵界凡城（辽宁省新宾满族自治县）铁背山，大败界凡、萨尔浒、栋佳、巴尔达四城联军，在太兰冈射死界凡城主巴穆尼。四月，努尔哈赤领兵征哲陈部，又打败托漠河、张佳、巴尔达、萨尔浒、界凡五城联军。九月，努尔哈赤攻占安图瓜尔佳城，城主诺谟珲被杀，接着又攻克浑河部的克贝欢城和哲陈部的托漠河城。从此，努尔哈赤的势力大增。万历十四年（1586）七月，他率领大军征讨尼堪外兰盘踞的鹅尔珲城，尼堪外兰闻讯逃往明营躲藏。努尔哈赤派人向明营强求索取，明朝边将认为尼堪外兰已是丧家之犬，留着没有任何用途，所以决定抛弃他，便把此意告知努尔哈赤，努尔哈赤命斋萨率40 人赴明营杀了尼堪外兰，报了杀害祖、父之仇。

万历十五年（1587）八月，努尔哈赤遣额亦都领兵攻取哲陈部的巴尔达城，然后，他又亲率大军攻占哲陈部的洞城，灭了哲陈部。万历十六年（1588）四月，苏完部长索尔杲、栋鄂部首领何和理、雅尔古部长扈拉瑚等，先后率众归附。九月，努尔哈赤率兵攻克完颜城，灭掉完颜部，这样，努尔哈赤用5年多的时间统一了建州女真本部，“环满洲而居者，皆为削平，国势日盛”。接着，努尔哈赤又于万历十九年（1591）正月兼并长白山的鸭绿江部。至此，努尔哈赤统辖的区域，西起抚顺，东至鸭绿江，北接开原，南连清河，建州女真的大部分被统一起来了。(www.daowen.com)

努尔哈赤日益强盛，导致与海西四部，即哈达、叶赫、辉发、乌拉的矛盾和冲突。叶赫部纳林布禄恃强遣使赴建州，向努尔哈赤强行索地，责令归顺，结果被“叱之归”。不久，纳林布禄又伙同哈达、辉发再次派使臣到建州，要努尔哈赤归降，如若不从，则兴兵问罪，也遭到严厉斥责。万历二十一年（1593）六月，纳林布禄见压服不成，就决定诉诸武力，拉拢哈达、乌拉、辉发三部，合兵进攻建州的布察寨。努尔哈赤率兵迎战，大败四部联军。同年九月，叶赫部贝勒布寨、纳林布禄纠合哈达、乌拉、辉发、科尔沁、锡伯、瓜尔佳、纳殷、朱舍里，组成九部联军，共3 万人马，分3 路进犯建州。努尔哈赤立即派人到各路侦察敌情，根据探报对双方兵力做了分析，认为“来兵部长甚多，杂乱不一，谅此乌合之众，退缩不前”，“我兵虽少，并力一战，可必胜矣”。叶赫等九部联军先攻打建州的扎喀城，未能攻下，又转攻黑济格城，仍不能得手。此时，努尔哈赤领兵来到黑济格城附近的古勒山，这里“寨陡峻，三面壁立，壕堑甚设”。他利用有利地形，埋伏精兵，然后派额亦都率百骑前去挑战。布寨等人不知努尔哈赤有诈，便弃攻黑济格城，全军直奔古勒山下。当敌军进入伏击圈时，建州伏兵四起，一举打败九部联军。叶赫部贝勒布寨驱骑过猛，战马跌倒，被建州士兵杀死，乌拉部首领布占泰被俘，科尔沁部首领明安仅以身免，所获人畜甲胄不可胜计，取得了重大胜利。古勒山之战，是女真统一战争的转折点，不仅保卫了建州，而且改变了建州女真与海西女真双方力量的对比，从此建州“军威大震，远迩慑服”，为进一步统一女真各部奠定了基础。古勒山大战后，努尔哈赤乘胜东进，灭了长白山北麓的讷殷和朱舍里二部，从而完全统一了建州女真。