崇祯七年（1634），明朝特地设立山西、陕西、湖广、河南、四川省总督一职，并任命陈奇瑜出任总督，专门负责围剿起义军的事情。陈奇瑜调集各路官军在河南陕州（今陕县）集结，然后指挥部队向南前进，向湖北均县、竹山一带起义军发起围剿。七月，李自成、张献忠向陕南撤退，不幸误入兴安县（今陕西安康县）的车箱峡中。车箱峡山势陡峭，峡口又被官军封死，再加上当时连降40 天的大雨，连弓箭的箭头都因为潮湿而脱落，有的马也饿死了，士兵又伤亡超过一半，局势非常危险。为了摆脱这一困境，李自成便用财物贿赂陈奇瑜的左右，表示愿意投降。在兵部尚书张凤翼的支持下，又加上得到了崇祯帝的亲自批准，陈奇瑜遂表示接受李自成和张献忠的投降。

但义军一等出了车箱峡，完全恢复后，便马上又与明军展开厮杀，并迅速攻占了西安附近地区以及甘肃庆阳一带。对此，崇祯很是恼怒，他于是下令将陈奇瑜革职，并逮捕下狱。为了围剿起义军，他又任洪承畴为兵部尚书，总督山西、陕西、湖广、四川、河南等地军务。

崇祯七年（1634）年底，各路农民军迅速向河南荣阳地区集结。第二年正月，13 支72 营的起义军首领在荥阳开会对以后的作战和义军发展的战略问题进行了讨论。这13 家首领是：闯王高迎祥、八大王张献忠、马守应、革里眼贺一龙、罗汝才、左金王蔺养成、射塌天李万庆、改世王许可变、横天王、混十万马进忠、过天星惠登相、顺天王、九条龙，闯将李自成作为高迎祥的裨将也参加了会议。会上大家意见不统一，讨论进行得非常激烈，并且互相相持不下，不能做出最终统一的决定。李自成提出：我军军力是官军的10 倍，应当对部队进行分散并各自选定一个方向发动进攻，李自成的这一提议得到了大家的一致赞同。会上决定，革里眼、左金王、横天王、混十万等联合进攻四川、湖广、陕西，高迎祥、李自成、张献忠引兵东进安徽。这样做的结果使得南面到湖广、北面到黄河、东面到安徽、西面到陕西的广大地区都成为了农民起义军战区。荣阳大会改变了农民军分兵作战的局面，此后起义军便开始互相协同作战了。

崇祯八年（1635）正月上旬，高迎祥、李自成、张献忠等率军经河南汝宁府向东并进入安徽。十一日，起义军攻下颍上，处死了明朝廷的兵部尚书张鹤鸣，接着起义军又向凤阳进发。(www.daowen.com)

凤阳是朱明王朝的“龙兴”之地，朱元璋的父母都葬在这里，它被称为皇陵，并被定为中都，在政治上享有特殊地位。崇祯八年（1635）正月十五日清晨，扫地王、太平王等部起义军突抵凤阳。由于凤阳是“龙兴”之地，因此没有城墙。起义军进攻到鼓楼，明官军还不知道，还对通报消息的人重重予以惩罚，直到义军出现在面前，才仓促应战，但是为时已晚。义军攻入凤阳，释放囚徒，并放火烧毁了皇陵，且挖了皇帝的祖坟。三天后，义军才从容离去。中都沦陷，祖坟被挖，在精神上来讲对朱明王朝是一个极大的打击。对此，崇祯帝大为震怒，因此下令处死凤阳巡抚杨一鹏，并将巡按凤阳御史吴振缨遣戍。

这之后，崇祯帝加强了对农民起义军的镇压，他令洪承畴率领中原各省官军共7 万多人一起对起义军进行夹击围剿，又发军饷100 多万两，规定要在半年之内将起义军全部消灭。但起义军却发展得更为壮大，他们又从安徽杀回陕西、河南。李自成率部于汉中、西安、延安一带转战，同洪承畴厮杀周旋。

崇祯九年（1636），高迎祥率领部队在江淮河南一带进行战斗，陕西巡抚孙传庭和三边总督洪承畴跟在后面进行围剿。七月，在战斗中，高迎祥不幸被俘。高迎祥是当时极为重要的一位农民领袖，他的被俘对当时农民起义军影响颇大，因此，崇祯得知后大喜。后来，高迎祥在北京被处死。不久，李自成被起义军们推举为闯王，后来又转战于西北及四川等地区。崇祯十一年（1638），起义军败于梓潼，被迫离开四川北上。后河南发生灾荒，农民多起义暴动，又投奔李自成义军，李自成义军队伍迅速壮大。几经战斗，明军主力被消灭，起义军控制河南全省，部众近百万，其他农民军首领如罗汝才等多归附李自成，李自成起义军成为明末农民起义军的主力。