在万历二十一年（1593）的“癸巳京察”发生后，被革职还乡的大儒顾宪成，在常州知府欧阳东凤、无锡知县林宰的资助下，与其弟顾允成开始修复始于宋代的东林书院，和钱一本、薛敷教、史孟麟等名士在那里讲学，并于“讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物”，支持他们的部分当地士绅、朝野政治人物及周边城市的乡土势力，也逐渐聚集在一起，其中以江南士人为多，慢慢地形成了一个以东林书院诸人为核心的松散型政治集团，这当然会引起其他政治权力集团的注意和攻击。

到了万历三十二年（1604）十月，东林书院正式落成，宣布以《白鹿洞学规》 为章程，其中有“四要二惑九益九损”等条款，并定下每月大会之期，此时东林势力可以算正式大成。

东林党人以“清流”“正人”自诩，对政见不合者统统斥为“邪人”“邪党”，甚至直指为阉党。被东林排斥的官员，便投依阉党求存。天启三年（1623），魏忠贤受命提督东厂，党羽顾秉谦、魏广微等选入内阁。顾、魏不断受到东林党的弹劾，不为清流所容。魏忠贤需要外朝官僚的配合，不为清流所容的官僚也需要投靠魏忠贤，他们很自然地形成一个政治派别。许多魏忠贤门下党徒曾多次表示悔恨，但东林党全然不顾，不遗余力的攻击使他们走到对立面。东林内部又以乡里为界，分裂成许多小组织互相争吵。拘囿于门户正邪之分，而缺少灵活大气的政治智慧，可以说是东林党败给阉党的重要原因。

当时东林党人的主要对手是万历身边的宦官们以及朝中的齐、楚、浙诸党，又由于到了天启时期这三党成员大多已依附于大宦官魏忠贤，所以有时这三党也会被直接划入广义的“阉党”体系。

相对而言，东林党人初期的政治主张和政治目的是要求政治清明，致力于维护社会安定、促进生产力发展，同时他们的成分构成也比较复杂，综合了在野、在朝的知识分子及部分地主、工商业者，因此得到了当时社会各阶层的广泛支持，但同时也遭到了与万历有近水楼台之便的内阁及宦官势力的猛烈迫害。

天启四年（1624），东林党人杨涟因弹劾魏忠贤二十四大罪去职，于次年被捕，并与左光斗、周顺昌等人一起下狱被杀。魏忠贤为彻底消灭东林党，随即主使编写了 《三朝要典》，并借“红丸”“梃击”“移宫”三案毁东林书院，东林党中坚分子顾大章、高攀龙、魏大中等人也先后被迫害致死。齐、楚、浙三党则趁机效仿，将东林党人名单在全国张榜，一榜之上有百人到500 多人不等，上榜者生者削籍，死者追夺。魏忠贤的各路党羽又先后做了《东林点将录》 等名录，把著名的东林党人分别冠以 《水浒传》 108 将之绰号，以此为点名手册，试图彻底消灭东林党。(www.daowen.com)

魏忠贤统领下的厂卫所用刑罚之酷更是令人发指。被称为“六君子”的杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章6 人都受过全套刑罚，各打40 棍、夹杠五十以及其他刑罚。杨涟受刑最多，5日一审。许显纯命令棒打杨涟头部，齿颊尽脱；用钢针做刷，遍体扫烂如丝；用铜锤击胸，致使肋骨寸断；最后用铁钉贯顶，杨涟当即死亡。杨涟死后7 日方许领尸，只剩下血衣数片，残骨几根。左光斗也被5 日一审，惨遭炮烙之刑，面额焦烂，膝下筋骨全部脱裂，令人不忍卒睹。

魏忠贤控制了皇帝以后，便结交朝臣，对朝臣采取“顺我者升官，逆我者罢官坐牢”的政策。在魏忠贤的淫威之下，一些趋炎附势之徒，纷纷投在魏忠贤门下，先后集结约有80 多位大臣，形成了臭名远播的“阉党”，其中“五虎”“五彪”“十狗”“十孩儿”“四十孙”等是阉党中的骨干。所谓“五虎”是指文官，以佥都御史崔呈秀、兵部尚书田吉、工部尚书吴淳夫为首；“五彪”指的是武官，有左都督田尔耕、锦衣卫都指挥佥事许显纯、锦衣卫指挥崔应元等人；“十狗”则以吏部尚书周应秋为首。周应秋善烹饪，魏忠贤的侄子、肃宁伯魏良卿最喜欢吃他烧的猪蹄，他升至左都御史就是因为这手烧猪蹄的本事，因此被人称作“煨蹄总宪”。连内阁首辅大学士顾秉谦、魏广微也都是魏忠贤的党羽，顾秉谦更无耻的是让自己的四个儿子都拜魏忠贤为祖爷，自己捞到间接儿子的头衔。魏广微求魏忠贤收他为侄子，魏忠贤看他年纪太大，所以认作兄弟。魏广微、顾秉谦等内阁大臣，把朝廷大权拱手相让，甘心沦为帮凶与附庸，被人们讥讽为“门生宰相”“魏家阁老”，朝中呈现出“内外一体”“宫府一体”的局面，而这些走狗门下的爪牙，则又不可胜数。

这场以魏忠贤为首的阉党对东林党人的血腥迫害，直至崇祯帝登基消灭魏忠贤集团，为东林党人平反昭雪后才得以停止。

然而，这并不意味着两党的斗争就此结束了，实际上万历二年（1629）的“袁崇焕冤案”，就是这一政治斗争的延续。东林党和三党及阉党之争，是明朝最厉害的党争，也是持续时间最长的党争。双方的争斗自万历年间开始，一直持续到南明灭亡还在继续，而且始终是晚明朝野政治格局和权利斗争的重中之重，甚至到崇祯帝自缢，此类斗争也依然如故。