嘉靖四十四年（1565），世宗的儿子景王朱载圳死，徐阶奏请皇上将景府的数万顷田地和湖陂分给农民，受到百姓的欢迎。第二年，他请求取消严嵩走狗鄢懋卿为巴结主子、邀赏请功所增加的盐税四十万金，恢复旧的赋税制度，减轻盐商的负担，并严厉惩处了鄢懋卿。徐阶掌权期间，实行了一系列改革，在某种程度上减轻了人民的负担，使经济有所发展。同时，徐阶对世宗迷信方士、一意修真的做法也提出了异议。方士胡大顺等劝帝服食金丹，徐阶揭露其险恶用心，后来胡大顺被判刑。方士熊显进长生药，徐阶极力劝阻皇上不要吃。世宗欲建雩坛、兴都宫殿，生了病还想到兴都巡游，徐阶都极力劝谏。

世宗死后，徐阶以硕德元老的身份与张居正密谋，草拟遗诏，遗诏的主要内容是：第一，祖宗旧典斟酌改正；第二，自世宗即位至今建言得罪的诸臣，生者再用，死者祭之，进监者释放；第三，方士等人查照情罪各正刑章；第四，斋醮、采买等对百姓无益的事全部停止。这份遗诏假托世宗的反省自责，也间接反映出徐阶否定了自己过去的一些做法，以及他重整纲纪、复兴社稷的决心。遗诏一出，朝野一片称颂，把它与杨廷和草拟的世宗登极诏相提并论，列为嘉靖年间的一桩大事。然而他草拟遗诏仅与尚未入阁的张居正密商，没有和职位相当的高拱、郭朴商议，尤其是高拱，是新朝君主的启蒙老师，因此招来了高、郭的不满，并引出了以后的纷争。

徐阶的故乡华亭，是江南富庶的大镇之一，嘉靖中叶后，那里工商业发达，特别是纺织业，几乎家家都织布，即使是士大夫家也不例外。作为一朝重臣的徐阶，自然成为乡里首屈一指的富户。但徐阶之子徐皤等却凭借其父的权力和威信，横行乡里，引起民愤。他们在苏松占夺土地24 万余亩，并雇用众多织妇，日积月累，富甲一方，霸占市场，置产之多，令人瞠目结舌，当地百姓纷纷告状。(www.daowen.com)

隆庆元年（1567），早与徐阶结怨的高拱让御史齐康弹劾徐阶，将他两个儿子横行乡里的罪状一一罗列，郭朴也以徐阶草拟的遗诏“谤先帝”参劾徐阶，徐阶上疏极力申辩。身为先朝元老，徐阶的拥戴者甚多，九卿以下反而交章弹劾高拱，称誉并挽留徐阶，在强大的舆论压力下，高拱借病辞职，齐康被斥，郭朴也乞身而去。徐阶虽然取胜，毕竟受到打击。隆庆二年（1568）初，他曾几次称病请假。

在这次徐、高争斗后，穆宗并未有意冷落徐阶，不过，对大臣们如此着力为徐阶说话，都纷纷倒向他一边的现象，很是不满。他依赖内阁，却又不敢太信任他们，于是转而宠幸内侍。他命中官李用等分别监督管理团营，建立自己的小集团。徐阶极力劝阻，认为这样做不妥。由宦官督导的南京振武营兵屡次发生哗乱，徐阶命御史将他们遣散，并惩处了为首者，再一次得罪了宦官势力。隆庆二年（1568）春，穆宗欲游南海，徐阶又加劝阻，穆宗更为不满，徐阶感到自己处处受到牵制，欲干不能，颇为气馁。当给事中张齐以私怨参劾他时，徐阶再次乞休。穆宗早有意让他离去，于七月准其致仕，徐阶就此结束了自己作为7年首辅、17年阁臣的政治生涯。九月初回到原籍，他在自家堂上贴了“庭训尚存，老去敢忘佩服；国恩未报，归来犹抱惭惶”的对联，充满了事业未竟却身离政坛的遗憾之情。