晚年的世宗仍然整日待在宫中，修仙炼道，不理国务，健康状况日趋下降。国家事务都由徐阶一人掌管。嘉靖四十一年（1562），徐阶登首揆席后，想对国家进行些力所能及的改革。他在世宗赐给的原严嵩的直庐墙上写了三句话：“以威福还主上，以政务还诸司，以用舍刑赏还公论”，表明了自己的政治态度和治国施政方针。在处理政务、行使权力的奏疏中，徐阶倡导凡事要与众臣商量，才能得到最好的解决方案，如果一个人独断专行，其结果只能是弊病百出。他常劝诫世宗，要集众臣论点之所长。每当世宗讨厌御史言论过激，正要发怒时，徐阶便在旁劝阻。他以严嵩为例，谏告世宗识人要审慎。他说，自古人心难测，常有奸人戴着假面具，很难识别，但这也不是绝对的，只要广泛采纳意见，即使是深藏不露的小人，也是可以发现的。他规劝世宗，凡有上疏者，大事应该经过认真调查，如果确实属实，则实行，如不属实，则另行处置，这样就可使言路有所疏通。

徐阶十分重视吏治，认为纳贤才更要注意其才干，而不是资格。嘉靖末年兵事频繁，当时社会风气却是阿谀奉承的人得到重用，而骁勇耿直的人却受到冷落。徐阶推荐起用马芳、苗徽等人，说他们虽然是行伍出身，没有什么文化，但是他们骁勇善战，能带兵杀敌，应该可用。兵部尚书杨博在御虏方面有所作为，一次，俺答进兵通州，杨博因世宗忙于修炼，未敢奏请皇上。徐阶及时帮助杨博调兵遣将，做出周全安排，赶走了敌军。世宗对杨博不早报告，很是生气，想严惩他。徐阶极力为杨博辩解，保护了杨博。抗倭名将谭纶、戚继光等，在张居正当政时得到了充分的信赖和重用，其实在徐阶任首辅时他们已经初步显示出才能了。俺答屡屡入犯，明军节节失利时，徐阶采纳门生、工科给事中吴时来的建议，请谭、戚二人练兵蓟州，他又让已进入内阁的张居正主持整顿蓟辽宣大边政。徐阶还亲自与谭、戚细议杀敌办法，建议用训练南方士兵的方法来训练北方士兵，支持他们运用火器打击敌人，守边防。在徐阶掌权期间，北虏南倭虽没有完全平息，但也没有什么大的侵扰，这与徐阶有一批优秀的边将是分不开的。(www.daowen.com)