1990年，自治区劳动厅计划调配处改名综合计划处，劳动统计工作归综合计划处。1992年，自治区劳动厅印发《广西壮族自治区社会保险机构统计制度（试行）》，自治区劳动厅社会保险内部审计制度建立。是年，自治区劳动厅和自治区审计署联合下发《广西壮族自治区社会保险内部审计制度（试行）》，要求各地组建机构并配备专职或兼职人员。1993年9月，自治区劳动厅首次获“1993年度全国劳动统计工作先进单位”称号。1994年2月21日，自治区劳动厅制定《关于加强我厅经费管理的暂行办法》，加强经费管理，严格控制支出。

1995年，自治区直属机构改革，自治区劳动厅综合计划处和工资处合并成立综合计划与工资处，综合管理全自治区劳动统计和统计信息工作。1996年5月17日，自治区劳动厅贯彻劳动部《就业和失业统计管理暂行办法》及《就业和失业统计报表制度》，印发《广西劳动就业服务统计报表考核评比暂行办法》。从1996年起，会同自治区统计局在《广西日报》上发布每年广西劳动事业发展公报。自治区劳动厅转发财政部、审计署、国家税务局、国家工商行政管理局《关于印发整顿会计工作秩序的实施办法的通知》。1998年，出台《广西壮族自治区劳动厅厅属非独立核算单位财务管理暂行规定》，对自治区财政划拨的行政事业经费实行“统一安排、定额包干、节约留用”的分级预算包干管理办法。同时，对预算外资金收入管理、资金支出管理、日常管理、罚则等作出明确规定。广西开始社会保险基金征缴与支付的监督检查工作。

2000年，自治区劳动和社会保障厅机构改革，厅规划财务处成立，承担综合统计和信息工作，发布统计公报、信息资料及发展预测报告等工作。10月，厅属事业单位自治区就业服务中心被自治区财政厅确认为会计基础工作规范单位。2001年，制定《广西壮族自治区劳动和社会保障厅统计工作管理暂行办法》。自治区劳动和社会保障厅被评为2000—2001年度全国劳动保障综合统计先进单位。(www.daowen.com)

2001年，出台《广西壮族自治区劳动和社会保障厅财务管理暂行办法》，财务工作做到统一归口管理。2002年7月，自治区劳动和社会保障厅制定出台《劳动和社会保障统计工作考核评比暂行办法》，在全自治区劳动保障系统实施，从制度上促进统计工作规范化。9月，制定《劳动保障基础统计数据会审办法》。2003年9月，自治区劳动和保障厅出台《自治区劳动和社会保障厅关于进一步建立健全劳动保障统计台账制度的通知》，进一步夯实统计基础工作。

2005年，自治区劳动和社会保障厅按照制定的《内部审计工作暂行规定》《社会保险基金监督举报工作实施细则》和《2005年社会保险稽核实施方案》等，严格基金管理，在基金征缴、支出、管理、监督等方面加大力度，各项制度运行状况良好。年末，自治区劳动和社会保障厅执行劳动和社会保障部办公厅《关于加强劳动保障财务管理工作的意见》，对劳动保障财务工作提出新的更高的要求。