1991年以前，自治区劳动厅转发劳动部《关于社会保险管理体制问题复函》，要求各级劳动部门在当地人民政府领导下，按照国务院批准的劳动部“三定”方案，认真负起改革完善企业、事业单位职工的社会保险制度和福利制度的责任，加强对职工退休费用社会统筹工作的组织和指导。劳动部对社会保险管理体制问题，要求各地严格按照《国务院关于发布改革劳动制度四个规定的通知》中关于“工人退休养老工作由劳动行政主管部门所属的社会保险专门机构管理”和1988年国务院批准的劳动部“三定”方案中“综合管理与规划全国企业、事业单位的社会保险”（含各种所有制形式的企业）的规定以及1988年9月国务院总理李鹏关于“社会保险由劳动部管理”的指示执行。在国务院没有新的规定之前，社会保险的管理体制不得改变。

1991年4月，自治区劳动厅根据国家体改委、民政部、劳动部发出的《城镇和农村社会养老保险分工通知》规定，指出改革和建立社会养老保险制度是国家经济体制改革的重要内容，对于促进城乡经济和社会的发展与稳定、应付养老高峰的压力、落实计划生育国策有重大意义。为进一步加强城乡社会保险事业的宏观管理，根据1990年国务院关于城镇社会保险主要由劳动部负责、农村社会保险由民政部负责的决定执行，凡城镇户口并由国家供应商品粮的国营、集体、“三资”和私营企业职工及其他劳动者的养老保险由劳动部负责，凡非城镇户口且不由国家供应商品粮的公民（含乡镇企业职工）的社会养老保险由民政部负责。

1992年11月，劳动部重申：严格执行国务院的规定，不得随意改变社会保险管理体制。国务院重申社会保险管理体制的有关规定，国务院1986年77号文件规定：“要加强劳动部门的组织建设，相应地建立社会保险机构，其主要职责是筹集退休养老基金，支付退休养老费用和组织管理退休工人。”《国务院关于企业职工养老保险制度改革的决定》文件规定：“劳动部和地方各级劳动部门负责管理城镇企业职工养老保险工作。劳动部门所属的社会保险管理机构是非营利性的事业单位，经办基本养老保险和企业补充养老保险的具体业务，并受养老保险基金委员会委托，管理养老保险基金。”

1993年8月3日，劳动部向自治区劳动厅发出《关于社会保险管理体制问题的函》明传电报，针对南宁市欲改变社会保险管理体制问题，强调社会保险管理体制不能随意改变。21日，自治区人民政府办公厅通知：不能自行改变社会保险管理体制。26日，自治区劳动厅就社会保险基金管理体制重申《国务院关于企业职工养老保险制度改革的决定》规定“社会保险管理机构应根据国家的政策规定，建立健全基金管理的各项制度，编制养老保险基金和管理服务费收支的预决算，报当地人民政府在预算中列收列支，并接受财政、审计、银行和工会的监督”。1994年，社会保险管理体制不顺问题影响社会保险工作的正常开展。有的部门在玉林地区、北海市搞两个不同体制不同模式的试点，产生扯皮现象，给社会保险工作带来较大的干扰。

1999年6月，自治区劳动厅就全自治区各级社会劳动保险事业管理所和失业保险所合署办公有关问题下达通知。根据《自治区人民政府批转自治区劳动厅关于扩大社会保险覆盖范围　加强基金征缴工作意见的通知》中各项社会保险费统一合并征收的规定，为贯彻落实“两个条例”，打好“扩面”“增收”攻坚战，决定：在机构改革前，全自治区各级社会劳动保险事业管理所（简称“社保所”）和失业保险所（科），从本通知下发之日起合署办公。合署办公后，失业保险政策、法律法规的贯彻落实，失业保险基金的收缴和支付，失业保险业务指导以及人员管理仍由劳动服务公司或失业保险机构负责；社保所受理失业保险登记，承办失业保险基金托收业务。失业保险所人员的工资、福利待遇、业务经费按原收入渠道列支，社保所负责提供失业保险所人员办公场地。社保所通过基本养老保险基金专户进行托收失业保险费后，直接转入失业保险所开设的失业保险基金专户，实现基金分别管理。失业保险所在每月5日前将审核确定的缴费单位应缴纳的失业保险费等有关资料（含缴费单位名称、账户、人数、金额等）送社保所，由社保所与其他险种合并统一打单向缴费单位征收。社保所向缴费单位征收的失业保险费在财务核算上做往来账结算，即作“基金暂存款”处理。然后在规定的时间内及时将失业保险基金转入失业保险所开设的失业保险基金专户。社保所与失业保险所按规定以协定的比例结算征收失业保险费所发生的银行结算手续费等成本费用。北海市劳动局、北海市社保局在机构改革前暂按现行体制办理社会保险业务。(www.daowen.com)

1999年10月，自治区劳动厅根据劳动和社会保障部转发中央机构编制委员会办公室就理顺地方医疗保险管理体制有关问题复函精神，要求各地劳动保障部门贯彻《国务院关于建立城镇职工基本医疗保险制度的决定》，理顺医疗保险管理体制，加快医疗保险制度改革步伐，向当地党委、人民政府报告工作进展情况和遇到的突出问题，结合地方人民政府机构改革，进一步理顺医疗保险管理体制，确保国务院决定精神落到实处。按照中央机构编制委员会办公室《关于省级政府劳动和社会保障以及药品监督管理工作机构有关问题的通知》要求，尽快完善自治区级医疗保险行政管理职能和机构建设。推进各市（地）医疗保险行政管理职能划转工作。在地方机构改革没有统一展开之前，将分散在有关部门的医疗保险管理机构和相关经办机构及其人员成建制划转到劳动保障部门，集中办公，统一管理。理顺医疗保险管理体制性强、涉及面广，各地劳动保障部门要在当地党委、人民政府的领导下，加大协调力度，争取当地机构编制部门和其他有关部门的支持和配合，确保工作正常运转和人员平稳过渡，确保医疗保险基金安全和国有资产不流失。

12月，自治区编制委员会根据中编办函〔1999〕98号：关于各市（地）医疗保险管理职能问题，可参照中编办1998年《关于省级政府劳动和社会保障以及药品监督管理工作机构有关问题的通知》的原则精神办理，自治区按照地方机构改革精神，对先期运行城镇职工基本医疗保险制度改革的市职能调整批复：自治区级劳动和社会保障机构、职能等问题，待机构改革时再理顺；根据劳动和社会保障部要求，对先期运行城镇职工基本医疗保险制度改革的桂林、梧州、贵港、北海四市，可将分散在各部门的医疗保险职能划转到当地劳动部门集中管理。人员配备根据工作需要和人随事走原则，从相关或相应的机构现有人员中进行调整，机构编制暂不定，待下一步机构改革时再由当地人民政府通盘考虑。具体事宜由当地劳动部门与机构编制部门协商；关于建立各地医疗保险经办机构问题，可由当地劳动部门从实际出发，与当地机构编制部门协调。如确需设立此机构，其人员应从机关、事业单位现有职工中调整解决，编制暂不定，待下一步机构改革时，再统筹考虑和确定。

2000年10月，自治区人民政府成立自治区城镇职工基本医疗保险制度和医药卫生体制改革领导小组，原自治区城镇职工基本医疗保险制度改革领导小组及其办公室自行撤销。12月，自治区人民政府办公厅成立自治区社会保险基金委员会，负责对基金的征缴、管理、使用的监督和协调，各地、市、县建立同样机构。