1995年9月，自治区劳动厅围绕建立社会主义市场经济体制的要求，实施机构改革和推行公务员制度工作。根据自治区党委、人民政府的《自治区直属党政机构改革方案》，保留自治区劳动厅，作为自治区人民政府综合管理全自治区劳动工作的职能部门，并赋予新的内容。调整后职责范围：全自治区劳动力资源管理、工资总额宏观调控、劳动关系调节、劳动安全卫生国家监察、城镇社会保险管理。按照建立社会主义市场经济体制的要求，职能转变重点：强化以预测、规划、调控为主的宏观管理和法治建设、协调指导、监督检查、社会服务职能，加强自治区全社会劳动力资源管理、劳动力市场建设、劳动监察、劳动争议处理、工资总额宏观调控、社会保险综合管理、安全生产和劳动安全卫生综合管理与国家监察。弱化微观管理，企业的招工和内部分配由企业依法自主决定，自治区劳动厅不再进行指令性计划控制和行政审批，改为弹性计划调控和监督检查；技工学校等职业技能培训实体的招生、专业（工种）设置，自治区劳动厅由指令性计划控制和行政审批改为定政策、定标准、管备案和进行指导性计划调控及监督检查。自治区劳动厅主要承担劳动法治建设，劳动力市场建设，劳动力资源开发利用和劳动就业（含劳务输出、公民境外就业和境外人员在广西就业），职业技能开发，劳动监察、劳动争议处理，城镇社会保险福利，指导协调拟定行业企业劳动定额定员标准，宏观调控企业工资总额，指导企业内部分配，综合管理全区职业安全卫生、矿山安全卫生、锅炉压力容器安全，行使国家监察职权等16项职责。机构改革前，自治区劳动厅有13个处室，根据职能配置和与劳动部职能司局对口，将原设的人事与监察处改名为人事处，综合计划处、工资处合并，改名综合计划与工资处，技工培训处改名为职业技能开发处，保险福利处改名为社会保险福利处，矿山安全监察处改名为矿山安全卫生监察处。另外，自治区人事厅同意自治区劳动厅首次配备调研员6名、助理调研员7名。是年10月起，自治区劳动厅严格按照“三定”方案执行。机构改革中自治区安委会机构没有落实，一定程度上影响工作正常开展。在机构改革的同时，推行国家公务员制度和完成公务员过渡工作。厅机关采用“民主推荐、全面考核、党组审定”的方式选配正副处长29人。采取双向选择方法选配主任科员及其以下工作人员，处室负责人按照职位要求提出拟选人员名单。

2000年，自治区劳动和社会保障厅党组抓机构改革。根据《广西壮族自治区人民政府直属机关定编定岗定员实施办法》精神，鉴于自治区审计厅原派驻机构调整为派出机构，原派驻自治区劳动厅审计处人员随机构、编制回自治区审计厅参加机构改革。自治区人民政府办公厅下发《广西壮族自治区劳动和社会保障厅职能配置、内设机构和人员编制规定》，在原劳动厅基础上新组建主管劳动和社会保障行政管理工作的自治区人民政府组成部门。在职能调整上主要有两个重大变化：一是加强社会保障的管理职能，承担起企业、事业、机关、农村的养老、医疗、失业、工伤、生育等五项社会保险统一管理的职能，结束社会保险“五龙治水”、政出多门的局面，即原人事厅承担的机关、事业单位工作人员社会保险职能，民政厅承担的农村社会保险职能，卫生厅承担的公费医疗管理职能，经济体制改革委员会承担的分配、社会保险政策研究和体制改革的职能，广西11个中央直属部门和单位（铁道、交通、邮电、煤炭、银行、民航、石油、有色金属、水利、建筑工程、电力）所属的企业社会保险管理职能划归自治区劳动和社会保障厅。二是根据国家的要求和对应中央国家机关机构改革职能的转变，将原劳动部门承担的安全生产综合管理、职业和矿山安全监察职能划转到自治区经贸委，职业卫生监察职能划转到自治区卫生厅，锅炉、压力容器、特种设备安全监察职能划转到自治区质量技术监督局。据此，按照工作职能的变化调整后承担新的工作任务，确定新的职能和新的内设机构，加强社会保险的管理和工作力度，设置养老（含企业、事业、农村）、医疗、失业等保险处，设立社会保险基金监督处，加强对各项社会保险基金的监督管理。内设机构还有办公室、政策法规处、劳动保障监察处、劳动保障争议仲裁处、规划财务处、培训就业处、劳动工资处、人事教育处（含机关党委）等。制定《自治区劳动和社会保障厅公务员竞争上岗办法》《自治区劳动和社会保障厅正副处长竞争上岗测试实施细则》《自治区劳动和社会保障厅正副处长竞争上岗考核实施细则》等竞争上岗工作的实施办法。厅党组从内设机构27名处室领导职数中将业务处室19个（除人事、党委、纪检监察岗位外）处长、副处长职位全部实行竞争上岗（占处室领导职数的70.4%）。机关机构改革后，社会保险和就业、再就业职能加强。(www.daowen.com)