1999年1月，国务院令第259号发布《社会保险费征缴暂行条例》（以下简称《条例》）。3月，劳动和社会保障部令第3号发布《社会保险费征缴监督检查办法》。4月，自治区人民政府批转自治区劳动厅《关于扩大社会保险覆盖范围加强基金征缴工作的意见》，要求各级劳动部门贯彻实施《条例》，扩大社会保险覆盖范围，提高基金收缴率，争取到1999年6月基本实现社会保险全面覆盖，基金收缴率在90%以上。同时，在扩大覆盖面工作中，突出抓好外商投资企业、港澳台商投资企业、县以上大集体企业和私营企业职工以及城镇各类企业使用的临时性合同工，特别是建筑、服务行业使用的农民工，要全部纳入养老保险范围。在加强基金征缴工作中，做好转制企业社会保险和回收企业欠缴的社会保险费工作。建立健全各项社会保险费统一合并征收制度、全额缴拨制度和个人账户制度。加强执法监督，抓好各级社会保险内审机构的审计工作、社会保险专项执法大检查和对1999年上半年社会保险工作完成情况的监督检查等。6月，自治区劳动厅印发《关于加强社会保险费催缴工作有关问题的通知》，规定：各级社会保险机构应按期向欠缴单位催缴，并采取多种形式进行催缴；欠缴单位应按期缴费，若逾期不缴，加收滞纳金。建立健全定期汇报制度。社会保险机构每季度定期向当地党委、人民政府主要领导汇报所辖单位缴费或欠费情况以及存在问题；社会保险机构定期逐级上报所辖欠费单位欠费情况。各级劳动监察机构对拒不按期缴费的欠缴单位，责令其限期改正，逾期不改的，按规定给予处罚，并及时将查处情况通报社会保险机构。充分发挥新闻媒介的舆论监督作用，对拒不参保或有能力缴费而又拖欠的缴费单位，可通过新闻媒介进行曝光，情节严重的，可及时上报自治区劳动厅。

2000年7月，自治区劳动和社会保障厅下发《关于开展社会保险缴费基数专项稽核的通知》，要求：2000年7月—12月，在自治区范围内开展一次社会保险缴费基数的稽核工作。稽核范围：参加社会保险（包括养老、失业、医疗、工伤和生育保险）单位。稽核主要内容：参保单位的当期全部职工人数及1999年工资总额。对地、市、县参保人数较多的企业进行全面检查。对群众举报，有关部门反映的瞒报、漏报职工人数和工资总额的案件进行专项稽核。结合专项稽核，开展企业工资内外收入检查，核实企业年度实发工资总额。社会保险稽核部门根据有关法律、法规规定，有权要求被稽核单位提供与社会保险缴费基数有关的用人情况、工资表、财务报表、统计报表及相关账册等资料。被稽核单位不得拒绝检查，不得谎报、瞒报。实施专项稽查时，发现被稽核单位设置障碍拒绝检查、谎报、瞒报或隐匿、篡改、转移、毁弃相关资料等情况，按照法律、法规规定予以处罚，情节特别严重的，移送司法机关追究刑事责任。稽核终结后，对被稽核单位少报职工人数、瞒报工资总额，致使少缴社会保险费的行为，劳动保险部门要下达“限期改正指令书”，限期补缴社会保险费，并督促单位落实各项整改措施。各级社会保险机构配备和充实审计人员，稽核审计人员具备与稽核工作相适应的政治素质、专业知识和业务能力。加大社会保险宣传力度，使社会保险有关法规政策家喻户晓，增强劳动者的社会保险意识，真正明白缴纳社会保险费基数准确与否直接影响享受社会保险的待遇。各级劳动保障部门要组建工作组，打好专项稽核攻坚战。建立情况通报制度。自治区社会保险机构每月通报一次专项稽核情况，地、市社会保险机构按时将社会保险缴费基数稽核审计情况报自治区社会保险事业管理所。

2001年5月，自治区劳动和社会保障厅根据劳动和社会保障部《社会保险基金监督举报工作管理办法》《社会保险基金行政监督办法》，下发《关于做好社会保险基金监督工作有关问题的通知》，要求各地加强对基金监督工作的领导，设立基金监督机构，明确职责，配备精干的工作人员，为基金监督工作提供组织保证，创造良好的工作条件。9月，各级社会保险基金委员会成立，开展本级社会保险基金管理的指导和监督工作。加大清理回收挤占、挪用基金的工作力度，坚决查处违纪违规行为。对新发生的挤占、挪用行为，要坚决查处，决不姑息，并对有关责任人给予党纪政纪处分，构成犯罪的，移交司法机关追究刑事责任。各地建立社会保险基金监督举报制度，开设基金监督电话，受理群众举报，充分发挥群众举报和社会监督的作用。各地劳动保障部门与财政、审计等相关部门配合，通力合作，做好基金监督工作。10月，下发《关于加强我区社会保险基金监督有关问题的通知》，要求各地在年底前成立各级社会保险监督委员会，推进基金监督工作的开展，逐步建立健全广西社会保险基金监督管理体系。建立健全社会保险基金报表报送制度。建立举报受理和办理情况汇报报告制度；回收挤占、挪用基金情况报告制度，及时掌握各地回收工作进展情况。设立社会保险基金监督举报电话，通过新闻媒体向社会公布自治区本级及各地、市、县社会保险基金监督举报电话，建立广西社会保险基金监督电话网。各级劳动保障部门内设立基金监督机构，配备专职人员，尽快建立自上而下的社会保险基金监督组织体系，促进基金监督管理工作的开展。各地劳动保障部门及监督管理机构主动与财政、审计等部门配合，同心协力做好基金监督工作。

2002年4月，自治区劳动和社会保障厅印发《关于做好广西当前社会保险基金监督工作有关问题的通知》，强调加大回收被挤占挪用、违规基金的督促力度，要求各市（地）做出清理回收计划，针对不同情况，采取有力措施，督促挪用单位尽快归还基金，按时汇报，填报“回收挤占、挪用社会保险基金情况月报表”，及时掌握各地回收工作进度情况，杜绝发生新的挤占、挪用。同时，还要求各级劳动保障部门基金监督机构按照有关规定，拟定举报案件处理办法，规范操作程序，建立举报受理和办理情况汇报报告制度。同年，还制定出台《广西壮族自治区〈社会保险基金行政监督办法〉实施意见》，调整和完善各地劳动保障部门基金监督机构力量，向社会公布自治区及各市（地）、县社会保险基金监督举报电话，建立全自治区社会保险基金监督电话网，开通社会监督渠道，充分发挥群众的社会监督作用。年底，自治区95个市（地）、县均设立社会保险基金监督举报电话。(www.daowen.com)

2003年2月，劳动和社会保障部颁布《社会保险稽核办法》（以下简称《稽核办法》）、《社会保险基金现场监督规则》（以下简称《规则》）。4月，自治区劳动和社会保障厅转发《规则》，要求各地结合实际，组织学习，规范现场监督行为，提高现场监督质量，建立全自治区统一规范的基金监督体系，推动系统内监督向系统外监督扩展，实现对社会保险基金征收、支付、管理、运营的全程监督。并深入南宁、钦州、来宾、河池等20个市、县，对社会保险基金收支、划转及管理运营情况进行现场监督检查。通过检查，规范基金管理行为。6月，根据《稽核办法》，结合广西实际，制定《广西壮族自治区社会保险稽核实施办法》，规定：（1）社会保险稽核包括基本养老保险、基本医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险5个险种的稽核。（2）社会保险经办机构执行年度稽核项目计划、实施稽核时，应编制稽核工作方案，稽核方案经社会保险经办机构主管领导批准后实施。（3）社会保险经办机构在实施稽核前向被稽核对象发出“社会保险稽核检查通知书”，告知其进行稽核的有关内容、要求、时间和需要准备的资料等事项，需要被稽核单位进行自查的，应在稽核通知书中写明自查的内容、要求和期限，特殊情况下的稽核也可以不事先通知。（4）需要委托会计（审计）师事务所稽核时，应签订委托业务协议书，并通知被稽核单位。稽核终结，由受委托方向委托方提交稽核报告。（5）被稽核单位应向稽核组提供相关资料。（6）在稽核中，稽核人员记录被稽核单位的有关资料时，稽核人员和被稽核单位法定代表人应在记录的资料上签名或盖章，并加盖被稽核单位公章。（7）在稽核中，对个人查询时，询问人和被询问人应在查询记录上签名或盖章。（8）稽核组应对收集的稽核证据进行整理、归档、分类分析和评价，以便形成相应的稽核结论。（9）社会保险经办机构应设专人对稽核组提出的稽核结论进行复核，并在稽核结束后，按规定向被稽核对象下达稽核意见书。（10）稽核意见书自送达之日起生效，社会保险经办机构应在规定时间内了解稽核意见的采纳情况和监督稽核意见书的执行情况。（11）稽核工作终结后，稽核小组应将所有稽核文件进行整理、归档，以便日后查阅。（12）各级社会保险经办机构与劳动保障监察机构应严格按照有关规定，建立互通情况工作制度，加强联系，注意协调与配合，加大对社会保险费缴纳的监察执法力度，及时纠正违反社会保险法律法规和规章的行为。

2005年4月，自治区劳动和社会保障厅根据劳动和社会保障部《社会保险稽核办法》和《关于进一步加强社会保险稽核工作的通知》要求，制定《广西壮族自治区2005年社会保险稽核实施方案》，就社会保险稽核的目的、对象、时间、内容、任务、方式和要求作出明确规定，以促进全自治区社会保险稽核工作的全面开展。各市、县也制定相应的社会保险稽核实施方案和办法。其中，贵港市成立专门的社会保险稽核机构，配备专业人员，对各险种实行统一稽核。