1998年12月，国务院颁布《关于建立城镇职工基本医疗保险制度的决定》。1999年1月，自治区人民政府成立以自治区人民政府主管领导为组长的自治区城镇职工基本医疗保险制度改革（以下简称“医改”）领导小组，负责自治区的医改工作。4月，召开自治区医改工作会议，全面部署医改工作。并选定桂林、梧州、贵港三市为自治区医改重点联系城市。此外，以县为统筹单位的地（市）也选择辖区内1～2个县为联系县。6月，制定并下发《广西壮族自治区建立城镇职工基本医疗保险制度总体规划》《广西壮族自治区建立城镇职工基本医疗保险制度的指导性意见》《广西城镇职工医疗费调查测算方案》，指导和推动医改工作开展。新的基本医疗保险制度主要内容：（1）参保范围和对象扩大到城镇所有用人单位及其职工，包括国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业及其职工以及机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位及其职工。（2）基本医疗保险费由用人单位和个人共同缴纳，用人单位缴费率控制在职工工资总额的6%，职工缴费率一般为本人工资收入的2%。（3）建立基本医疗保险统筹基金和个人账户相结合的制度。职工个人缴纳的基本医疗保险费全部计入个人账户。用人单位缴纳的基本医疗保险费，分为两部分，一部分用于建立统筹基金，一部分划入参保职工的个人账户。划入个人账户的比例一般为用人单位缴费的30%左右。退休人员也建立个人账户，一般以退休人员养老金为基数，按不低于职工个人缴费率与用人单位缴费中划入个人账户部分之和。（4）以地级行政区（含地、市）为统筹单位，实行属地管理，不搞行业统筹。所有用人单位及其职工都要按照属地管理原则参加所在统筹地区的基本医疗保险，执行统一的政策、统一的基本医疗方案、统一的筹集医疗保险基金标准。（5）统筹基金和个人账户要划定各自支付的范围，分别核算，不得互相挤占。根据以收定支、收支平衡或略有结余的原则和职工承受，各统筹地区的统筹基金的起付标准为统筹地区职工上年平均工资的10%左右，最高支付限额为统筹地区职工上年平均工资的4倍左右。起付标准以下医疗费用从个人账户中支付或由个人自付。起付标准以上、最高支付限额以下的医疗费用，主要从统筹基金中支付，个人也要负担一定比例。超过最高支付限额的医疗费用统筹基金不支付，但可通过商业医疗保险等途径解决。统筹基金的起付标准、最高支付限额以及在起付标准以上和最高支付限额以下医疗费用的个人负担比例由统筹地区根据以收定支、收支平衡的原则确定。个人账户可以结转使用和依法继承，不得提取现金。职工因工作调动，个人账户应随工作关系一并划转继续使用。（6）统筹基金最高支付限额原则上控制在当地职工年平均工资的4倍左右，以保证统筹基金能够支付绝大多数职工的大额医疗费用，防止统筹基金超支。各统筹地区可根据自治区有关政策规定制定相应的补充医疗保险办法，或通过商业保险解决超过“封顶线”后的医疗费用问题。（7）所有基本医疗保险基金都要由医疗保险经办机构负责筹集、管理和支付，纳入财政专户，实行“收支两条线”管理，做到专款专用，任何单位和个人都不得挤占、挪用。要建立健全预决算制度、财务会计制度和内部审计制度，加强基金支出管理，加强对基本医疗保险基金支付和使用的审计、监督。至2000年末，自治区14个地、市81个县（市）均成立或重新调整医改领导小组及其办公室，各统筹地区已完成调查测算工作；自治区人民政府已审核批复梧州市等12个地、市的医改方案，北海、柳州、桂林等8个地、市及柳铁的医改已按国务院和自治区的有关规定启动运行；自治区参加基本医疗保险人数89.70万人，收缴医疗保险基金1.54亿元，其中统筹基金1.04亿元、个人账户5000万元。支付医疗保险费1.19亿元，其中统筹基金8800万元、个人账户3100万元，滚存结余3500万元。

2001年，广西全面推进城镇职工基本医疗保险制度改革。南宁市和百色地区出台医疗保险制度改革方案。全自治区14个地、市本级全部实施医疗保险制度，另有70个县（市）也实施医疗保险制度。参加城镇基本医疗保险人数165万人（其中退休人员36.25万人），比2000年的98.52万人增加66.48万人，增长67.48%。全年征缴基本医疗保险基金4.13亿元，其中，统筹基金2.05亿元、个人账户2.08亿元（含公务员医疗补助），收缴率93.50%。基本医疗保险基金支出2.13亿元，其中统筹基金1.12亿元、个人账户1.01亿元，年末滚存结余2.35亿元。

2002年3月，自治区人民政府办公厅根据国务院的要求和有关法律、法规的规定，结合中直、自治区区直驻邕单位实际情况，制定《中、区直驻邕单位职工基本医疗保险暂行办法》，从2002年4月1日起，在中直、自治区区直驻邕单位实行。用人单位缴费率暂定为职工工资总额的6%，职工缴费率为本人工资收入的2%，退休人员个人不缴纳基本医疗保险费。国有企业下岗职工的基本医疗保险费包括单位缴费和个人缴费部分，均由再就业服务中心按照统筹单位职工年平均工资的60%为基数缴纳。依法破产的企业，资产变现后，应为在职职工一次性缴足当年的基本医疗保险费，并以统筹单位职工年平均工资为缴费基数，按当年用人单位的缴费率为每个退休人员缴纳10年的基本医疗保险费。用人单位缴纳的基本医疗保险费按规定划入个人账户后，其余的部分全部进入基本医疗保险统筹基金。自治区劳动和社会保障厅、财政厅印发的《自治区直属驻邕单位国家公务员医疗补助暂行规定》中规定：医疗补助经费列入自治区财政当年预算，由自治区财政厅按月或按季预拨，年度结算；补助额由自治区劳动和社会保障厅、财政厅逐年核定；2002年为用人单位工资、退休金总额的7.40%。医疗补助经费开支范围：符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目范围和医疗服务设施标准的医疗费用；超过基本医疗保险统筹基金最高支付限额以上的部分医疗费用；基本医疗保险支付范围内个人自付超过一定数字的医疗费用；医疗照顾人员按规定享受医疗照顾所发生的医疗费用；符合享受国家公务员医疗补助人群的工伤、生育医疗费用。4月1日，自治区本级开始实施职工基本医疗保险制度。7月，财政部、劳动和社会保障部下发《关于企业补充医疗保险有关问题的通知》。至年底，自治区14个市（地）、81个县（市）以及自治区本级96个统筹地区全部启动实施医疗保险制度。参加基本医疗保险人数201万人，比上年增加36万人，增长21.80%。全年基本医疗保险基金收入9.32亿元，其中统筹基金收入4.69亿元、个人账户基金收入4.63亿元；基本医疗保险基金支出5.31亿元，其中统筹基金支出3.01亿元、个人账户基金支出2.30亿元。年末基本医疗保险基金滚存6.30亿元，其中统筹基金滚存2.65亿元、个人账户基金滚存3.65亿元，实现统筹基金和个人账户双结余。

2003年1月，自治区人民政府办公厅修改《中、区直驻邕单位职工基本医疗保险暂行办法》的有关条款，并从2003年1月1日起实行。规定用人单位缴费率由原暂定为职工工资总额的6%修改为8%；用人单位缴纳的基本医疗保险费先按统筹单位职工年平均工资的2%划入退休人员个人账户后，剩余部分以职工个人工资收入、退休人员养老保险金及不同年龄段确定划入个人账户的比例，由原来的46岁以上1%，45岁以下0.80%修改为45岁及以下0.50%，46～59岁1%，60岁及以上1.50%，个人账户的本金和利息归个人所有，可以结转使用和依法继承，不得提取现金修改为原则上不得提取现金。11月，自治区劳动和社会保障厅、财政厅和经济贸易委员会联合下发《关于中、区直驻邕企事业单位职工参加基本医疗保险有关问题的通知》，从2004年1月1日起，中直、自治区区直驻邕企事业单位职工基本医疗保险实行，规定：（1）所有中直、自治区区直驻邕企业及医疗费未纳入自治区本级财政预算的事业单位（以下统称用人单位）及职工都要参加中直、自治区区直驻邕单位职工基本医疗保险。（2）用人单位及职工个人缴纳基本医疗保险费的基数与用人单位可根据其缴费能力和实际情况有选择地参加基本医疗保险。（3）对初始参保时及参保后未达到法定退休年龄或不足规定缴费年限和实际缴费年限的退休人员，用人单位及个人须按中直、自治区区直驻邕单位职工基本医疗保险上年平均缴费基数及当年缴费率一次性足额补缴所差年龄或缴费年限（若两者都有差数，按差数大的计算）的基本医疗保险费。（4）用人单位及职工停保后再续保的，须一次性足额补缴停保期间的基本医疗保险费方可续保。（5）用人单位及职工在2004年12月31日前按该通知要求参加中直、自治区区直驻邕单位职工基本医疗保险。逾期参保的，须先补缴基本医疗保险费，补缴基本医疗保险费的时间从2005年1月1日起计算至初始参保当月。2005年1月1日后参加医疗保险的时间不计为视同缴费年限。（6）补缴基本医疗保险费的年限可计为实际缴费年限。用人单位参加基本医疗保险，建立基本医疗保险统筹基金和个人账户，职工个人补缴的基本医疗保险费全额划入个人账户，用人单位补缴的基本医疗保险费按规定划入个人账户后，其余部分划入统筹基金。参加基本医疗保险统筹基金或基本医疗住院保险的，用人单位补缴的基本医疗保险费全部划入统筹基金。补缴基本医疗保险费的年限发生的医疗费基本医疗保险基金不予支付。同时，自治区劳动和社会保障厅下发《关于城镇灵活就业人员参加基本医疗保险的意见》，对城镇灵活就业人员参加基本医疗保险作出规定。至年末，自治区有医疗保险统筹地区100个，参加基本医疗保险人数235.04万人，比上年增加34.04万人，增长16.93%。全年基本医疗保险基金收入19.05亿元，基金支出10.86亿元。自治区将困难企业5.53万人、特困企业1.90万人纳入基本医疗保险范围。柳州、南宁、梧州、桂林等7个市县出台灵活就业人员参保办法并实施，灵活就业人员参保人数突破2万人。年内，广西多层次医疗保障体系渐趋完善，个人负担重的问题逐步得到合理解决。自治区有47个统筹地区出台或实施公务员医疗补助政策，比上年增加23个；有88个统筹地区建立大额医疗费用补助办法，比上年增加10个；有59个统筹地区出台企业补充医疗保险政策，比上年增加40个。自治区有63个统筹地区个人负担率控制在25%以下。(www.daowen.com)

2004年末，自治区参加基本医疗保险人数272.20万人。全年基本医疗保险基金收入21.30亿元，支出15.21亿元，年末滚存结余20.94亿元。关闭破产企业离退休人员的医疗保障和困难企业职工参加基本医疗保险问题逐步得到解决，办理医疗保险的破产企业退休人员和困难企业职工分别为4.40万人和7.30万人。南宁、柳州两市由财政资助关闭破产企业离退休人员和困难企业职工解决医疗保险费的做法得到劳动和社会保障部的肯定。

2005年，各地继续围绕劳动和社会保障部下达的基本医疗保险扩面任务指标，将扩面任务指标落实到市、县、单位和个人，完成劳动和社会保障部当年下达扩面任务104.49%，城镇职工医疗保险覆盖率77.03%。同时，自治区劳动保障部门着力构建覆盖各类人群的医疗保障体系，通过建立权利与义务相对应，以基本医疗保险统账结合、统筹基金、住院医疗保险为主的多种参保平台供企业及各类劳动者选择，提高企业及职工的参保积极性，自治区国有企业参保率97.60%。10月，自治区劳动和社会保障厅为妥善解决与中直、自治区区直驻邕用人单位存在劳动关系的有关人员参加基本医疗保险的问题，下发《关于中、区直驻邕单位有关人员参加基本医疗保险的通知》，从2005年10月20日起，在中直、自治区区直驻邕单位实行。参保的人员范围，与中直、自治区区直驻邕用人单位存在劳动关系的人员，可随同用人单位一并参加基本医疗保险；与原用人单位已终止（或解除）劳动关系、而原单位尚未参加基本医疗保险的人员，可以个人身份参加基本医疗保险，由个人缴纳全部基本医疗保险费；已随同原用人单位参加中直、自治区区直驻邕单位职工基本医疗保险并享受相应基本医疗保险待遇、现与原单位已终止（或解除）劳动关系的人员，可以个人身份继续参加基本医疗保险，由个人缴纳全部基本医疗保险费，接续基本医疗保险关系。对基本医疗保险费的缴费基数、缴费率及参保方式、基本医疗保险费的缴纳办法作出规定，以个人身份参加基本医疗保险的人员缴纳的基本医疗保险费纳入中直、自治区区直驻邕单位职工基本医疗保险统一管理，对参保人数、缴费收入、医药费支出等信息要单独统计并做好管理工作。至年末，自治区参加基本医疗保险人数增至285.87万人，比上年增加13.67万人。全年基本医疗保险基金收入25.01亿元，支出17.67亿元，年末滚存结余29.27亿元。其中，统筹基金滚存13.63亿元、个人账户滚存15.64亿元，在总体上实现医疗保险统筹基金和个人账户双结余。