20世纪90年代初，南宁、柳州等市和邕宁县逐步摸索建立医疗费用与职工个人挂钩，个人负担部分医疗费用办法。但仍存在医患双方缺乏有效制约机制，医疗费用增长过快、部分年老体弱和慢性病职工的医疗得不到保障等问题亟须在改革中解决。

1992年开始，自治区卫生部门与保险公司实行广西城镇职工医疗保险住院投保试点。进行企业职工大病医疗费用社会统筹和离退休人员医疗费用社会统筹试点。费用按“以支定筹、略有积累”原则统一征集、统一调剂使用。有14个县实行住院投保。

1994年起，广西开始由点到面探索公费医疗与劳保医疗并轨，逐步建立城镇职工基本医疗保险制度。1996年，南宁、北海两市被确定为全国职工医疗保障制度改革扩大试点城市，全自治区有38个县（市）开展试点工作。

1999年，自治区人民政府贯彻执行国务院颁布的《关于建立城镇职工基本医疗保险制度的决定》，成立自治区城镇职工基本医疗保险制度改革领导小组，进行基本医疗保险制度改革。2001年，广西全面推进城镇职工基本医疗保险制度改革。南宁市和百色地区出台医疗保险制度改革方案。全自治区14个地、市本级全部实施医疗保险制度，另有70个县（市）也实施医疗保险制度。年内，自治区劳动和社会保障厅等部门根据自治区人民政府文件精神，对基本医疗保险诊疗项目、支付部分费用的诊疗项目、参保人员发生的诊疗项目费用、诊疗项目目录中所列的支付部分费用的诊疗项目以及医疗服务设施范围和支付标准等都作出明确规定，并制定基本医疗保险药品目录，加强和规范基本医疗保险的管理和服务工作。(www.daowen.com)

2002年4月1日，自治区本级开始实施职工基本医疗保险制度。年内，多层次医疗保障体系初步形成。全自治区有78个统筹地区实行不同形式的大额医疗费补助统筹（或保险），参加大额医疗费补助统筹（或保险）173万人。有38个统筹地区开展机关事业单位职工工伤统筹（或保险），37个统筹地区实施机关事业单位职工生育统筹（或保险），24个统筹地区实行公务员医疗补助政策，19个统筹地区出台企业补充医疗保险政策。

2005年，广西各地建立医疗保险工作预警机制，对统筹基金结余率、当期征缴率、住院率、转院率、床日费率、特殊检查项目、个人自付率等20项指标进行重点监控。