1966年5月至1976年10月的“文化大革命”，使国家陷入空前的混乱之中，政治环境空前紧张，国民经济几近崩溃，社会生活混乱失序，高等教育也遭到破坏，出现严重倒退。1966年5月16日，中共中央政治局扩大会议通过了会前由康生、陈伯达等人起草，经毛泽东几次修改的《中国共产党中央委员会通知》，即《5·16通知》。《5·16通知》要求全党：高举无产阶级文化大革命的大旗，彻底揭露那批反党反社会主义的所谓“学术权威”的资产阶级反动立场，彻底批判学术界、教育界、新闻界、出版界的资产阶级反动思想，夺取在这些文化领域中的领导权。《5·16通知》规定大中城市的文化教育单位是“文化大革命”的“重点”。6月1日，中央人民广播电台广播了经毛泽东批准的北京大学聂元梓等人攻击北大党委和北京市委的一张大字报。同时，《人民日报》发表社论《横扫一切牛鬼蛇神》。“文化大革命”运动迅速席卷全国。高等学校变成了斗争的主战场，学生们纷纷起来“造反”，大字报铺天盖地，教学秩序大乱，高等教育功能畸形膨胀，逐渐成为政治斗争的工具。

在功能取向上，高等教育偏离了以育人为中心、以高深知识为基础、承担有限社会责任的本质规律，将当时社会的政治需求作为自身唯一的功能目标，罔顾高等教育对个体正常成长与文化和谐发展的作用，甚至用政治的取向挟持与规制个人取向与文化取向。强调在教育领域打倒资产阶级知识分子统治，建立无产阶级全面专政。强化阶级斗争实践与生产劳动实践，削弱文化教育以阻断新的资产阶级知识分子产生，培养亦工亦农亦军亦文的全面发展的人，把教育作为缩小与消灭社会分工和三大差别的工具，并用以防止资产阶级及其思想的滋生蔓延，保持阶级的纯洁性与批判性。这种近似虚幻的理想在“文革”中成为包括高等教育在内的各级教育的功能目标和价值追求。于是在这一思想主导下，在高等教育系统的各项具体工作中都出现了畸变与偏差。

在招生工作上，由于停课闹革命，高等学校名存实亡，导致“文革”中大部分高等学校停止正常招生长达6年，研究生停止招生12年，停止选派留学生6年，停止接受外国研究生达7年^[63]。学生数量急剧减少，1965年在校生674 400人，而1970年仅为47 800人^[64]。这期间虽有遵照毛泽东“七·二一”指示所办的工人大学，以及“文革”后期进行的招收工农兵学员的试点，但均以政治标准为主，实行推荐上大学，家庭出身和阶级成分成为影响高等教育入学机会的决定性标准。在政治标准的制约下，限制和剥夺了部分非无产阶级子女的教育权利，这就意味着有相当比例的非工农阶级子女在泛政治化的影响下，被限制或剥夺了平等的教育权利。这种阶级内部的平等思想，加剧了阶级间教育权利的分化，甚至出现了零分上大学的闹剧。

在教学上，“文革”初期，大部分高等学校都曾出现过校内派别组织相互对峙的局面，在相互争夺、武斗的过程中，一部分教学仪器、设备、图书资料被毁坏和丢失。“文革”中期，一批高等学校被撤销、合并和搬迁，这期间教学仪器、设备、图书资料均遭受极为严重的损失，有的学校的教学仪器、设备和图书资料几乎全部毁坏和丢失，教学设施损毁严重。同时，否定正规严格的学习和训练对现代人才成长的重要性和必要性。把基础课、专业课的学习、科研、实验称为“智育第一”、“三中心”、“老三段”。基础理论课被砍、减、改；实验室被破坏、实验课停开；专业课则以任务带教学，甚至根本不教学，只是以阶级斗争为主课，办成无产阶级政治大学^[65]。此外，因教材编审、出版机构被撤销，编审、编辑队伍被拆散，教材的出版发行被迫停顿，学校只能用自编讲义，但大多体系支离破碎、基础理论薄弱，以致教师无书可教，学生无书可读。如此情势，造成高等教育教学秩序混乱，教育质量严重下降，破坏了培养人才的正常进程，使许多部门出现了青黄不接的问题，与国家建设极不适应。

在科学研究上，全国范围内掀起了“横扫一切牛鬼蛇神”的运动，将高校师资统统归入资产阶级知识分子之列，不少在学术上有成就的知识分子被诬称为“资产阶级反动学术权威”、“学阀”、“内奸”、“反共老手”、“历史反革命”，横遭批斗，甚至被迫害致死。全国高等学校1965年有教授、副教授7 800人，1977年减少到5 800人，有些人就是在此期间受迫害致死的^[66]，严重摧残了高等教育领域的学术基础。同时，在组织上，科研队伍及机构被冲散，领导科研工作的机构被撤销，科研工作难以形成规模。在舆论上，科研工作者动辄受到“白专道路”、“不关心革命”、“唯生产力论”等帽子的打压。在经费上，除个别与国防相关的院校外，大部分高等教育机构科研经费严重紧缺，投入得不到保障。此外，与国际同行交流的中断、各种学术研讨活动的停止、学术期刊和学报的停办等，都在一定程度上影响了高校科研工作的发展。(www.daowen.com)

在社会互动上，“文革”伊始，各高等学校便开始了停课闹革命，师生成群结队或到社会上“造反”，或上山下乡、外出串联，或在校内开展批判斗争。高等学校不是立足于自身的人才和知识优势为社会提供服务，而是直接参与社会的政治活动中，批判资产阶级、讲劳动、讲改造、讲阶级斗争，所有这一切都具有鲜明的、压倒一切的政治意义和目的。高等教育领域成为全国政治运动、阶级斗争的主阵地和重要推手。

高等教育功能取向和行动的偏差，必然导致功能结果的失调。在社会整体功能上，高等教育事业的衰退，使社会上滋生了“知识有害”和“读书无用”的不良思想，使得高等教育正常的社会流动功能受阻；高等教育入学标准的政治化，又使得既有的阶级分层通过高等教育得到强化和再制；而人类社会具有重大批判精神与引导功能的知识、信仰、权威、教育等主体的价值扭曲，对人的内心世界与外部行为，社会的合理规范与正常秩序均带来颠覆性的冲击，进而加剧了社会的失范。在社会部分功能上，高等教育的政治功能过于突出，文化科学知识的学习和研究逐渐萎缩、几近中断，高等教育成为政治权力和阶级斗争的实验田和主阵地。在个体功能上，育人功能也出现了偏执，高等教育要把学生高度社会政治化，培养能够批判资产阶级、敢于反潮流的“新人”，敢于打破一切的“革命小将”，用无产阶级专政思想武装起来的亦工亦农亦军亦文的“全面发展的人”。

“文革”期间我国高等教育出现的功能失调也是非正常的外因性失调，是因为背离了高等教育的基本规律，片面强调教育是无产阶级专政的工具、阶级斗争的工具，用政治运动冲击了招生、教学和科研等高等教育的基本活动，因而导致严重的、全面性功能失调。这种失调对我国高等教育以及社会发展带来了难以估算的损失。据估计，“文革”期间，高等教育为国家少培养了100多万名大专毕业生和10万名研究生^[67]，并使中华人民共和国成立后我国在科学技术方面同西方国家业已缩小的差距又重新拉大。正如有关研究者在《“文化大革命”简史》中所言：“那场在神州大地上摧梁折柱的以‘无产阶级文化大革命’为名的政治大风暴，已经过去20年了。但史无前例的大内乱留下的创伤至深且巨，久久难以愈合，时而隐隐作痛。”^[68]作为“重灾区”和“发源地”的高等教育，至今仍受影响。