2002年3月，甘肃省农垦集团有限责任公司成立后，依照《中华人民共和国公司法》和有关法律的规定，与下属企业建立以产权为纽带的母子公司管理体制，按照建立现代企业制度的要求，设立法人治理结构和内部管理结构，实施董事会、监事会、经理层“两会一层”的规范运作。7月10日，甘肃省人民政府体制改革办公室批复了甘肃农垦集团公司的组建方案和章程；甘肃省机构编制委员会办公室批复了甘肃省农垦事业管理办公室机构编制方案；甘肃省国土资源厅批复了甘肃省农垦集团公司国有资产土地资产授权方案；甘肃省财政厅批复了甘肃省农垦集团公司国有资产授权经营实施方案。省农垦集团公司制定了《甘肃省农垦集团有限责任公司组建实施方案》，建立完善法人治理结构，制定各项规章制度和考核办法。

2003年，甘肃省农垦集团有限责任公司和甘肃省农垦事业管理办公室按照组建方案开始运营，组织完成了17户企业国有资产评估工作；召开了甘肃省农垦集团有限责任公司首届董事会，制定了规章制度，对经理层明确了分工，选举了职工代表董事、监事，制定了省农垦集团公司机关工作人员工作方案，建立集团公司财务预算、财务收支管理制度。同时，省农垦集团公司研究提出了资产经营计划，开始行使出资者职能。

2004年5月10日，甘肃省农垦集团有限责任公司在甘肃省工商行政管理局办理了注册登记。2004年5月18日，甘肃省农垦集团有限责任公司和甘肃省农垦事业管理办公室，在兰州市举行了挂牌仪式。副省长贠小苏出席挂牌仪式并讲话，省工商行政管理局为甘肃省农垦集团有限责任公司颁发营业执照。

2005年4月，省委决定，杨树军任甘肃省农垦集团有限责任公司党委书记。同年6月，省委任命杨树军为甘肃省农垦集团有限责任公司董事长。

2006年6月，省委决定，何宗仁任甘肃省农垦集团有限责任公司总经理，杨树军不再担任甘肃省农垦集团有限责任公司总经理职务。

2008年，甘肃省农垦集团有限责任公司纳入省属监管企业，省政府国有资产监督管理委员会委派省属国有企业第二监事会主席刘祖和为甘肃省农垦集团公司监事会主席。

甘肃农垦省级新的管理机构的正式运营，对于加快甘肃省农垦集团有限责任公司和甘肃省农垦事业管理办公室的体制转换步伐，落实政企、企事分开工作，深化企事业单位改革，促进甘肃农垦经济和社会事业的协调快速发展，起到了积极的推动作用。

（一）法人治理结构

2003年，甘肃省农垦集团有限责任公司按照组建方案正式模拟运营，召开了首届董事会，依照《中华人民共和国公司法》的规定和要求，并结合甘肃农垦实际，制定了《甘肃省农垦集团公司董事会议事规则》《甘肃省农垦集团公司经理层工作暂行办法》《甘肃省农垦集团公司财务管理暂行办法》《甘肃农垦全资控股企业资产经营考核试行办法》《甘肃农垦托管企业经营效益考核试行办法》《甘肃省农垦集团公司固定资产投资项目管理试行办法》等适应市场经济要求，体现甘肃农垦特点，具有重要规范作用的纲领性制度，以及甘肃农垦集团公司财务会计、国有资产、内部审计、建设项目、国有土地、企业标准化、领导干部监督等规章制度和配套管理办法。

按照甘肃省农垦集团公司与全资子公司、控股公司、参股公司及其产权代表或主要领导人的权利、义务、职责，以及甘肃省农垦集团公司的组建、分立、终止等有关事项，制定了甘肃省农垦集团有限责任公司章程以及公司决策、财务、劳动、人事、国有资产经营责任等制度，包括对按出资关系委派的国有产权和股权代表的聘任、解聘、考核与奖励办法等，依据法人财产权建立了财务总监制度，分别对控股、参股企业委派了财务总监和产权代表，管人与管资产相结合，建立子公司财务预算、决算制度，控制资金流向，强化资产运营监督功能，使甘肃省农垦集团有限责任公司成为全垦区决策中心和资本运营的主体。

（二）母子公司体制

甘肃省农垦集团公司对各层级职能进行重新调整。按照“一套机构，两块牌子”，综合部门合署办公，经营管理部门与社会事业部门相对分开的原则，实行甘肃省农垦集团公司与甘肃省农垦事业办公室相对分开。甘肃省农垦集团公司受甘肃省政府委托，行使行政、行业管理职能，衔接与协调甘肃农垦与各级政府之间的关系；甘肃省农垦集团公司下属企业变为产业化实体公司。企业管理变单一管理、行政型管理为集团型、法人治理型管理。管理职能由单纯的公司自身管理向控股型公司管理转变，管理方法由纯粹的集团公司管理向母子公司型转变。甘肃省农垦集团有限责任公司与直属企业构建以产权为纽带的母子公司体制，一是出资人与被投资企业的关系，二是法律主体之间的关系，三是母公司具有生产经营和资本运营、实施集团发展战略、协调成员企业等多项功能，子公司必须服从集团公司的整体发展战略，自觉接受母公司作为出资人的监管，确保甘肃农垦集团公司整体目标得以实现。

甘肃省农垦集团公司突出资本运营职能，理顺农垦内部多级法人之间的关系。对直属农垦企业，除涉及国家安全的甘肃省药物碱厂保留国有独资性质外，其他直属企业根据国有资产授权方案，一般改制为集团公司控股或参股的多元产权的有限责任公司；以产业化专业公司为核心，通过直接或间接持股形成一批控股子公司，如亚盛集团、莫高股份、好为尔、啤酒股份公司，并作为甘肃农垦农业产业化支柱型企业；以规模较大农场为核心组建集团有限责任公司；将区域性垦区范围内净资产规模小的企业联合重组，改制形成垦区集团有限责任公司；将资不抵债的部分企业经资产评估后实行托管，清理债权债务，进行资产和债务重组的同时分立改制；对符合破产条件的，在做好工作、保持稳定的前提下，申请列入计划实施破产；对垦区流通企业原则上退出国有资本。通过转换经营机制，建立新的机制体制等多种形式，全面推进甘肃农垦企业改革，实现了管理体制的不断创新。

（三）“两会一层”管理

甘肃农垦建立集团公司法人治理结构，坚持公司领导体制和组织机构、决策机构、监督机构和执行机构权责明确，相互独立、相互制衡的原则，形成董事会、监事会和经理层组成的领导体制及相关的管理机构。经甘肃省人民政府批准，甘肃省农垦集团公司设立董事会、监事会和经理层，不设股东会，由董事会行使股东会的部分职权。

1.集团公司董事会

甘肃省农垦集团有限责任公司董事会是最高决策机构，统一领导集团公司的工作，决定公司的重大事项。董事会的职权是：制定公司发展总体规划、经营计划和投资方案；审议、批准公司的年度财务预算和决策方案；审议批准公司利润分配和弥补亏损方案，制定公司增加或减少注册资本方案，决定农垦国有资产优化组合方案；制定子公司合并、分立、变更、解散和清算等事项的方案；决定公司内部机构设置，聘任或解聘公司中层管理人员，向所投资企业委派国有产权、股权代表；聘任或解聘公司总经理；制定公司基本管理制度；拟定修改公司章程方案；对公司发行债券做出决议；拟定公司董事、监事的报酬方案；向甘肃省政府及其国有资产管理部门报告工作。董事长为集团公司的法定代表人，董事会秘书处是董事会日常办事机构。

2.集团公司监事会

甘肃农垦监事会由3～5名监事组成，其中职工代表监事1名，监事会主席由甘肃省政府从监事会成员中指定。监事会或监事的职权是：检查公司财务，对董事、总经理执行公司职务时违反法律、法规或公司章程的行为进行监督；当董事和总经理的行为损害公司利益时，要求其予以纠正，不予纠正的有权向省政府或国有资产管理部门报告；当董事、总经理有违法行为或重大失职行为时，经全体监事同意，有权向省政府提出更换董事或向董事会提出解聘总经理的建议；经全体监事一致表决同意，有权提议临时召开董事会，并对董事会决议拥有建议、复议权以及公司章程规定的其他职权。

3.集团公司经理层(www.daowen.com)

甘肃农垦经理层包括总经理和副总经理，总经理主持集团公司日常经营管理工作，在董事长委托权限内签署日常行政、业务文件，处理日常财务，开展对外合作，签署有关协议、合同、合约和处理有关事宜。副总经理协助总经理抓好分管工作。

经理层的职权是主持集团公司日常生产经营和管理工作，组织实施董事会做出的有关经营决策和工作决定；组织制订集团公司年度经营计划和投资方案，经董事会批准后组织实施；拟定公司组织体制、人事编制、各职能部门和下属企业高管人员任免、报酬、奖惩和外派机构人选，报董事会批准后实施；拟定公司基本管理制度和具体章程；拟定公司年度经营、投资、改造、基建项目和流动资金贷款担保的可行性报告，经董事会或其管理委员会（董事长办公会议）批准后组织实施；出席董事会，必要时可要求对董事会决议复议一次；根据董事长授权，代表集团公司签署各种合同和协议，签发日常生产经营管理和行政业务等文件，董事长授权的其他职权。

（四）“五位一体”管理

甘肃省农垦集团公司以发展主业为中心，合理配置资源和设置组织机构，实行扁平化管理，减少管理层级、削减领导职数和非生产人员数量；坚持德才兼备的用人标准，对管理人员实行公平竞争、择优聘用，选拔任用确有才干、成绩突出的干部，逐步推行经营管理者和科技骨干年薪制，股权、期权等风险收入制度；围绕集团公司的主要职能、主要任务，建立管理有序、奖罚有据、执行有力、制衡有度的工作落实和保障机制。

重大项目由集团公司论证投资，成立项目法人经营管理新上项目；成立财务结算中心统一管理集团及子公司的资金，调配资金向大产业、大集团集中使用；加强审计监督和激励约束考评机制建设，强化集团公司战略决策中心、资本运营中心、人力资源配置中心、财务控制中心的功能，形成以发展战略为指导、日常运营为主线、财务预算为工具、业绩考核为驱动、内部审计为监督的“五位一体”的新机制。

（五）省农垦集团成员企业

2002年3月，甘肃省农垦集团有限责任公司成立时，首批成员企业有黄羊河集团公司、饮马农场、八一农场、黄花农场、张掖农场、临泽农场、山丹农场、敦煌农场、小宛农场、勤锋农场、平凉农业总场、宝瓶河牧场、鱼儿红牧场、亚盛集团公司、武威啤酒厂、药物碱厂、祁连山制药厂、嘉峪关水泥厂、农垦工业公司、农垦建筑公司、农垦啤酒股份公司、天马啤酒花公司22家。

（六）托管非成员企业

甘肃农垦集团有限责任公司将企业没有净资产，无法直接进入集团公司的企业实行托管，托管企业是官庄联合公司、酒泉拖拉机修配厂、酒泉农垦公司、张掖农垦公司、武威农垦公司、科技公司、边贸公司、农机公司、绿色食品公司、嘉峪关化工总厂、河西堡焊条厂、武威水泵厂、屯沟湾石英矿、农工商联合公司、高楼山农场。

（七）理顺事业体制

甘肃省农垦事业管理办公室按照新的职能，从理顺内部管理制度入手，着重抓好自身建设和比照公务员规范管理等工作，制定了相应的工作制度，稳步推进甘肃农垦勘测设计、农业科研等事业单位改革；同时在调查研究的基础上，向甘肃省政府报告了甘肃农垦各垦区分公司行政事业职能改革的意见。

甘肃省农垦事业管理办公室通过定性、定编、定岗、定员，理顺事业单位体制，稳步推进直属事业单位改革。对甘肃农垦企业所办学校、医院等机构的人员状况、资产负债等情况进行了调查摸底，为向属地政府移交企业办社会职能做了前期准备工作。根据省财政厅的要求，对甘肃农垦事业单位的财政供养人员建立了人员管理、综合信息、动态控制和分析等4个子系统，实现了由粗放管理向规范管理方式的转变。

2003年，甘肃省农垦事业管理办公室重新核定省农垦教职工编制，合理调整学校布局，整合教育资源，将甘肃电大农垦分校与省甘肃省农垦职工中等专业学校合并，实行“两块牌子，一套班子”，实现了资源共享优势互补。

2004年，甘肃省农垦事业管理办公室完成了对甘肃农垦张掖勘测设计队的改革，注销其事业机构和事业单位法人资格，对原有职工置换了身份，并与离退休人员共同办理了企业职工基本养老保险。

2004年，甘肃省农垦事业管理办公室贯彻《甘肃省人民政府关于省以下国土资源管理体制改革的实施意见》，在甘肃农垦酒泉、张掖、武威、平凉农垦公司设立甘肃省农垦国土资源局酒泉分局、张掖分局、武威分局和平凉分局。

2005年7月，甘肃省农垦事业管理办公室贯彻甘肃省机构编制委员会办公室《关于设立甘肃省农垦事业管理办公室派出机构的通知》精神，决定对农垦酒泉、张掖、武威、平凉农垦公司实行事企分开，将其事业部分改制为甘肃省农垦事业管理办公室的派出机构，分别设立了为甘肃省农垦事业管理办公室酒泉办事处、张掖办事处、武威办事处和平凉办事处，办事处为事业性质，县级建制。决定保留酒泉农垦公司、张掖农垦公司和武威农垦公司，作为企业法人进行工商注册登记；撤销平凉农垦公司，将平凉农垦公司的部分资产、债权债务并入甘肃省平凉农业总场。

2006年，甘肃省农垦事业管理办公室在稳妥推进移交企业办社会职能改革工作的同时，积极推进直属事业单位人事制度改革，设置岗位，定编定员，将直属事业单位符合提前退休政策的40人，提前办理了退休手续，丧失劳动能力的10人提前退休，208人分流到甘肃农垦企业单位。经甘肃省农垦事业管理办公室研究决定，甘肃省农垦国土资源局在甘肃农垦农牧企业设立了20个国土资源所、分局和两个中心，在酒泉设立了甘肃农垦国土资源执法监察支队。

2006年12月，甘肃省人事厅批准，省农垦事业管理办公室杨树军等21名工作人员准予登记为公务员。

2007年6月，根据《甘肃省人民政府办公厅关于印发甘肃省公务员工资制度改革和事业单位工作人员收入分配制度改革等实施意见的通知》《甘肃省人民政府办公厅批转省人事厅、省财政厅关于甘肃省公务员工资制度改革和事业单位工作人员收入分配制度改革等实施中有关政策问题处理意见的通知》精神，甘肃省农垦事业管理办公室完成了机关及事业单位工作人员工资制度改革。