按照《甘肃省人民政府关于组建甘肃省农垦集团有限责任公司的批复》，甘肃省农垦总公司改制组建甘肃省农垦集团公司和甘肃省农垦事业管理办公室。甘肃省农垦集团有限责任公司和甘肃省农垦事业管理办公室，按照政企分开、事企分开的原则和新的工作职能，设置了中层管理部门，配备了工作人员。同时，顺利完成了对甘肃省农垦总公司机关人员的分流，实现了平稳过渡。

2002年7月，甘肃省人事厅同意甘肃省农垦事业管理办公室依照国家公务员制度进行管理。10月，甘肃省农垦集团公司与甘肃省农垦事业办分设，根据决策机构、监督机构和执行机构权责明确、相互独立、相互制衡的原则，经甘肃省政府和有关部门批准，建立由董事会、监事会和经理层组成的领导体制及相关管理机构。内部机构设置按现代企业制度要求，依据农垦行业特点设置。甘肃省农垦集团公司人员编制40人，设置董事会、监事会和党委会，其职能部门有党委系统设立纪律检查委员会、组织人事部、党委办公室；董事会和监事会设立董事会秘书、监事会办公室；经营管理层设立了经理办公室、法律事务部、财务资产部、企业管理部、计划项目部、特药管理处、审计处和科技信息中心。甘肃省农垦事业管理办公室事业人员编制24人，设立综合处、社会事业处、计划财务处和国土资源局。

2010年1月22日，《甘肃省人民政府办公厅印发关于深化农垦体制改革等4个实施方案的通知》，在《关于深化农垦管理体制改革的实施方案》中强调，深化农垦体制改革的主要任务是：调整省农垦事业办公室职能定位和机构设置。充分发挥农垦企业在市场中的主体地位，仿照省管工业企业的方式，授权省政府国资委对省农垦集团公司国有资产进行监管。撤销省农垦事业管理办公室，原承担的社会保险、教育、国土资源管理等社会管理职责，移交省政府有关部门。在省农垦集团公司加挂“甘肃省农垦事业办公室”的牌子。“甘肃省农垦事业办公室”不定级别、不核定人员编制和领导职数，也不配备干部，主要承担省农垦集团公司不便对外开展的四项职责任务，即特药种植和生产计划申请、项目申报、强农惠农政策衔接以及农垦事业办离退休人员管理服务工作。省农垦事业办公室现有参照公务员管理的人员身份不变，待遇不变，财政供给关系不变，作为过渡，暂时保留在省农垦集团公司，逐步消化。(www.daowen.com)

2010年3月，甘肃省农垦集团公司内部机构调整为11个部门。即办公室（党委办、总经理办、政研室）、人力资源部（组织部）、财务处（综合结算中心）、项目管理处、审计处、农业处、工业处、资产运营处、特药管理处、社会事业处（综合信访办公室、维护稳定办公室）、党群工作部（纪委办公室、机关党委职能）。