甘肃农垦省级管理体制实行政企、事企分开。甘肃省财政每年安排的甘肃农垦农场事业费纳入省级部门预算，继续给予补助。省委任命王银定为甘肃省农垦事业管理办公室主任。

甘肃省农垦事业管理办公室履行甘肃省政府赋予的甘肃农垦行业行政、社会、事业管理职能，包括管理农垦事业人员、编制、教育、卫生、政法、土地、社区管理、劳动和社会保险等社会事业及相关的经费使用。主要任务是：贯彻执行国家有关农垦产业的法律、法规和政策，协调处理农垦各单位同地方的关系；按照国家政策做好农垦教育、卫生、政法、小城镇建设等社会事业的管理和服务，指导事业单位深化改革；按照政府和有关部门的要求，管好用好财政下拨的农垦农场事业费及其他财政拨款费用，管好农垦事业单位国有资产；按照国家有关法规和政策，管好用好农垦国有土地资源，保护生态环境，盘活国有土地资产，合理开发利用土地，会同有关部门协调有关土地纠纷，查处违法案件；按照国家有关政策做好养老保险工作，指导农垦社会保险办公室建立健全养老保险体系，贯彻执行国家离退休人员政策，做好对离退休人员的管理；积极与省编办协调，推进农垦事业单位改革；承办省委、省政府和国家有关部门交办的其他事项。

甘肃农垦企事业单位自办学校、医院、政法等社会体系的人员、资产由事业管理办公室与企业双重管理，其事业费供给在企业办社会职能未移交地方政府前，农垦农场事业费补助款由事业管理办公室拨付，不足部分仍由企业补助或自己创收。(www.daowen.com)

甘肃省农垦事业管理办公室管理的直属事业单位有酒泉农垦公司、张掖农垦公司、武威农垦公司、平凉农垦公司、酒泉农垦技校、金昌农垦技校、农垦农业研究院、农垦设计院、农垦职工中专、甘肃电大农垦分校、甘肃省绿色食品办公室、农垦社会保险办公室。

纳入农垦事业管理办公室财政补贴的农场事业单位有：酒泉农垦职工医院、官庄派出所（含法庭、林场）、酒泉农垦中学、河西堡农垦子弟学校以及各企事业单位所办中小学校。