1983年5月20日，甘肃省农垦总公司成立后，机关内部机构设置沿袭原甘肃省农垦局设置。

1990年1月9日，甘肃省人民政府印发《甘肃省清理整顿公司领导小组第八次会议纪要》，确定“省农垦总公司增挂甘肃省农工商联合总公司牌子，一套人马”。

1991年3月，甘肃省委、省人民政府《关于农垦体制的改革意见》，经甘肃省机构编制委员会批准，甘肃省农垦总公司印发《关于总公司机构设置暨袁林等同志职务聘任的通知》，对省农垦总公司机关机构设置进行改革，推动农垦体制由行政机关向企业化转型。省农垦总公司机关行政机构设置为：经理办公室、劳动工资处、农业处、工业处、商贸处、基建处、科教卫生处、行政监察处和审计处。党委系统机构设置为：纪律检查委员会、组织部、宣传部、群众工作部。

1991年8月13日，经甘肃省人民政府批准，在工商部门登记注册后，甘肃省农垦总公司加挂“甘肃省农垦农工商联合总公司”牌子。(www.daowen.com)

1992年12月12日，甘肃省机构编制委员会批准，同意省农垦总公司成立“甘肃省绿色食品办公室”。1993年4月8日，甘肃省绿色食品办公室挂牌。

1993年，甘肃省经济贸易委员会印发《关于委托地、州、市经贸委和省级有关部门审批外商投资企业合同、章程的通知》精神，受甘肃省经济贸易委员会委托，甘肃省农垦总公司成立了对外经济贸易办公室，审批外商投资企业合同、章程等事宜。同年10月，甘肃省农垦总公司设置调查研究室为总公司的综合部门。

1997年12月，甘肃省农垦总公司机关机构调整时，将调查研究室并入办公室，编制9人；组织部与离退休干部管理处合署办公，改为组织人事部，编制7人；农业处改为农业农机处，编制6人；工业处改为工贸处，外经办公室划归工贸处，编制7人；教育卫生处与科技处合并，改为科技教育卫生处，编制6人；机关党总支改为机关党委，编制2人；基建处改为计划基建处，项目办公室并入计划基建处，编制7人；计划财务处改为财务国资处，编制7人。未变名称的处室有：纪律检查委员会（含行政监察处），编制5人；宣传部，编制5人；劳资处，编制4人；审计处，编制5人。新增机构有：特种药材管理处，编制3人；农垦土地管理分局，编制4人；农垦社会保险办公室，编制5人；机关服务中心，事业编制企业管理，编制12人。1998年5月，对口设置支农资金办公室。2000年10月，增设企业改制办公室。