1983年，甘肃省委在省级机构改革中，对省直机关进行拆并改革。5月20日，甘肃省委印发《关于省直机关撤并、改革单位及有关事项的通知》，甘肃省农垦局改为甘肃省农垦总公司（地级企业），为经济实体，归省农牧厅领导，根据工作需要可以参加列席省委、省政府有关会议，不列入省政府工作部门序列。省农牧厅经过调查摸底之后，因为事业与企业的性质悬殊较大，省农牧厅未予正式接管。1983年11月，省农牧厅改为甘肃省农业厅和省畜牧厅，接管省农垦总公司一事被搁置。

1983年12月22日，甘肃省人民政府批复甘肃省农垦总公司《关于体制改革有关问题的请示》，确定甘肃省农垦总公司是全民所有制的农垦企业组织，为经济实体单位，由省委、省政府领导，实行党委领导下的分工负责制，行使省属农垦行业主管机关的职权，对河西地区和平凉地区农垦企事业等单位实行人财物、产供销的集中统一管理。省农垦总公司的人事、劳资、生产、基建、财务等，均维持原农垦局时期的业务联系渠道不变。上述各项计划，由省农垦总公司直接向省政府各主管部门申报和分配下达。甘肃省农垦总公司首任经理为彭栋材，白庆祥为省农垦总公司党委书记。

在向经济实体过渡时期，省财政厅继续划拨农垦行政事业费。1988年，省财政厅决定逐年削减农垦行政事业费，到1990年底终止，1991年后行政事业费自理。(www.daowen.com)

1990年12月30日，甘肃省人民政府通知，甘肃省农垦总公司归甘肃省农业委员会管理。

省农垦总公司的主要任务是对农垦系统实行人财物的统一管理，在国家计划指导下，组织和领导农垦经济建设；制定农垦经济和社会发展战略规划及资源开发、技术改造、智力开发、劳动工资等规划和方案；负责农垦建设的资金筹集、产品销售、信息咨询、内引外联和技术服务等工作；委派任免下属企业的主要领导干部。由于主客观条件的制约，省农垦总公司未能按现代企业制度要求确定其职能，没有进行工商企业法人登记，实际上仍是行政性公司。