1953年，经国家政务院批准筹建甘肃省国营黄羊河机械化农场。此后经历了省农垦发展初期（1954年—1962年）、军垦时期（1963年—1974年）。地方管理时期（1975年—1978年）、恢复农垦建制时期（1978年—1983年）。农垦管理体制沿革：甘肃省农垦局——中国人民解放军生产建设兵团农业建设第十一师——兰州军区生产建设兵团农一师、农二师和林建师——地方政府管理——甘肃省农垦局——甘肃省农垦总公司——甘肃省农垦集团有限责任公司及甘肃省农垦事业管理办公室。

1978年2月，甘肃省委决定恢复甘肃省农垦局建制，实行省、地双重领导以省为主的管理体制，党的关系归所在地领导。同年2月22日，平凉地区农垦局成立，管理国营万宝川、张老寺、五举农场。1979年7月，省农垦局成立了武威分局、酒泉分局及分局党委，直管两地农垦企事业单位及党组织，党的关系归所在地地委领导。1980年2月，省人民政府发出《关于张掖、平凉地区国营农场管理体制问题的通知》之后，张掖、平凉农垦分局仍实行省地双重领导以地为主的管理体制，党的关系归所在地地委领导。1983年5月，省农垦局改为甘肃省农垦总公司，农垦局党委同时改为总公司党委。甘肃省农垦总公司的成立，对理顺农垦经济体制，履行其监督、管理、协调、服务等方面的职能发挥起到了积极作用。1983年12月，张掖、平凉两个地区农垦及其所属的企事业单位全部移交省农垦总公司直管。1984年1月，成立了酒泉、张掖、金昌、武威、平凉5个分公司及党委，均属省农垦总公司的派出机构，在总公司党委的领导下负责管理所在地区的基层党组织。

1988年8月，省农垦总公司将酒泉、张掖、武威、平凉4个农垦分公司改为酒泉、张掖、武威、平凉农垦公司，均为县级经济实体，对所属企业单位不再行使总公司相应的职能，党组织统一由省农垦总公司党委直接领导，党的关系归属所在地地委领导。至此，省农垦总公司直属企事业单位36户，设立基层党委35个。

1995年初，甘肃省农垦总公司多次向省委、省政府汇报甘肃农垦工作，反映农垦的实际困难和要求解决的问题，积极探索甘肃省农垦总公司经济管理体制改革的路子。经过两年多的考察、调研、论证，形成了组建“甘肃省农垦集团有限责任公司”的方案，于1997年10月正式上报甘肃省人民政府。

1999年4月下旬，省政府第四十次常务会议研究了甘肃农垦的有关问题，并印发《关于进一步加快农垦经济改革和发展的通知》，同意组建“甘肃省农垦集团有限责任公司”，原甘肃省农垦总公司的诸多问题基本上得到解决，甘肃农垦经济管理体制改革步入组织实施阶段。

2002年3月19日，根据1月28日省委常委会《会议纪要》，省政府印发《关于组建甘肃省农垦集团有限责任公司的批复》，同意甘肃省农垦总公司整体改制，组建“甘肃省农垦集团有限责任公司”，在甘肃省农垦总公司的基础上，整体改制为国有独资性质的集团公司。省政府授权甘肃省农垦集团有限责任公司经营管理原省农垦总公司的全部国有资产（含土地），同时加挂“甘肃省农垦事业管理办公室”的牌子，实行两块牌子、一套班子。在具体工作上，甘肃省农垦集团有限责任公司和甘肃省事业管理办公室，实行政企、事企分开。与此同时，完成原甘肃省农垦总公司的人员分流，实现了改制工作的平稳过渡。

2002年7月，甘肃省人民政府经济体制改革办公室批复了甘肃省农垦集团有限责任公司的组建方案和公司章程，甘肃省机构编制委员会办公室批复了甘肃省农垦事业管理办公室机构编制方案，甘肃省国土资源厅批复了甘肃省农垦集团公司国有资产土地资产授权方案，甘肃省财政厅批复了甘肃省农垦集团有限责任公司国有资产授权经营实施方案。甘肃省农垦集团有限责任公司、甘肃省农垦事业管理办公室按照新的工作职能，设置了中层管理部门，配备了工作人员，制定了岗位职责，实行政企、事企分开的运作模式。

2004年5月10日，甘肃省农垦集团有限责任公司在甘肃省工商行政管理局办理了注册登记手续，于5月18日正式挂牌运营。甘肃省农垦集团有限责任公司和甘肃省农垦事业管理办公室正式挂牌，标志着甘肃农垦进入了一个新的历史时期。甘肃省农垦集团有限责任公司作为甘肃省人民政府授权的投资控股机构和国有资产运营主体，通过不断深化改革，逐步转变管理职能，实现了从行政管理者向国有资产出资者转变，从行政隶属上下级关系向以资产为纽带的公司制母子关系转变，从行政事务管理向企业资产经营管理转变的甘肃农垦国有资产管理体制，行使出资者的管理职能。甘肃省农垦事业管理办公室按照新的职能，理顺内部管理体制，健全完善管理制度，比照公务员规范管理，制定了相应的工作规则，稳步推进直属事业单位改革，向甘肃省人民政府上报了甘肃农垦所属垦区分公司及有关事业单位的改革意见。

2005年，《国务院关于2005年深化经济体制改革的意见》提出，“全面推进垦区集团化改革，加快垦区集团现代企业制度建设”。省委、省政府主要领导多次关心农垦改革问题，并就农垦经济体制问题提出了明确要求。省委副书记马西林安排人员，深入农垦多家企事业单位进行调研。

2006年，省委、省政府明确提出，要把农垦改革作为全省“4+1”改革的一号工程来抓。省农垦集团有限责任公司按照甘肃省委、省政府的指示，提交了甘肃农垦改革方案，省长陆浩做了重要批示，分管副省长几次召集有关部门进行认真讨论，对方案进行了认真修改和完善。(www.daowen.com)

2月21日，甘肃省政府召开省长办公会议研究农垦企业改革问题，经省政府审议同意，甘肃省人民政府办公厅批转了甘肃省农垦集团有限责任公司《关于深化农垦企业改革实施方案的通知》，对甘肃农垦改革的指导思想、基本原则和主要任务等方面都做出了明确的规定。

3月2日，甘肃省人民政府召开了省属下划工业企业和农垦企业分离办社会职能工作会议，甘肃省农垦集团有限责任公司成立了甘肃农垦企业社会分离移交领导小组，呈报了《甘肃农垦企业分离办社会职能工作实施意见》和农垦系统学校、医院摸底情况。2006年下半年，甘肃农垦集团有限责任公司开始整体公司制改革，制定印发了《关于贯彻深化农垦企业改革实施方案的意见》，聘请会计事务所完成了对27户企业的审计、评估工作，对33户企业改制工作分类指导，审查批复了22户企业的改制方案。将18个农场改制为由省农垦集团公司、农场和职工持股的有限责任公司，建立了法人治理结构，完成了14户工商企业的改制工作，将祁连山制药厂和华纬公司2户企业实施国有资本退出，改制为民营企业，4户工业企业划转到农垦有关企业管理。

省农垦整体公司制改革有17913名职工置换了身份，改制成本近10亿元。按照省政府关于农垦企业分离办社会职能工作的意见，确认甘肃农垦系统40所中小学校，按属地化原则移交所在市或县（区）政府管理，两个法庭5名工作人员移交所在县法院。甘肃农垦移交人员1417人（含兰维、盐化两所学校移交人员152人），其中在职1041人，离退休人员376人，共移交资产总额3550万元。2007年全部办理移交手续。

省农垦企业所办的22个医疗卫生机构和1所技工学校未能移交。

2009年，根据省委、省政府《实施〈中共中央国务院关于2009年促进农业稳定发展农民持续增收的若干意见〉的意见》中，关于“增强农垦企业与地方经济的融合，垦区道路、水利、卫生、教育等基础设施建设和基本公共服务纳入地方规划”等精神，省委副书记刘伟平、副省长泽巴足、省长助理夏红民，先后四次对农垦改革发展进行实地调研，形成了专题报告。省委书记陆浩做了重要批示，省长助理夏红民负责召集省政府16个厅局，分成6个工作组，经过5个多月的深入调研，反复协商，并征求省人大、省政协等有关方面的意见，就加快甘肃农垦企地融合、深化农垦经营体制改革、企事业分离、农垦与地方干部交流等问题，形成了具体实施方案。甘肃省机构编制委员会办公室、甘肃省发展和改革委员会（以下简称“省发改委”）、甘肃省政府国有资产管理委员会（以下简称“省政府国资委”）、甘肃省农垦集团有限责任公司，负责牵头制定了《关于深化农垦管理体制改革的实施方案》《关于推进农垦企业与地方经济融合的实施方案》《关于落实农垦企业国有资产监管，解决农垦企业改制遗留问题的实施方案》和《关于深化农垦企业经营体制改革，发展特色优势产业的实施方案》，经甘肃省人民政府第45次常务会会议研究通过。2010年1月22日，《甘肃省人民政府办公厅印发关于深化农垦管理体制改革等4个实施方案的通知》，有关农垦体制改革的实施方案正式出台。

2010年，按照省政府关于深化农垦管理体制改革的4个实施方案精神，在总体要求和基本原则的指导下，深化农垦改革的主要任务是调整省农垦事业办公室职能定位和机构设置。充分发挥农垦企业在市场中的主体地位，仿照省管工业企业的方式，授权省政府国资委对省农垦集团公司国有资产进行监管。撤销省农垦事业管理办公室，原承担的社会保险、教育、国土资源管理等社会职责，移交省政府有关部门。在省农垦集团公司加挂甘肃省农垦事业办公室牌子。“甘肃省农垦事业办公室”不定级别、不核定人员编制和领导职数，也不配备干部，主要承担省农垦集团公司不便对外开展的四项职责任务，即特药种植和生产计划申请、项目申报、强农惠农政策衔接以及农垦事业办离退休人员管理服务工作。省农垦事业办现有参照公务员管理的人员身份不变，待遇不变，财政供给关系不变，作为过渡，暂时保留在省农垦集团公司，逐步消化。调整省农垦事业办公室所属事业单位管理体制。根据分类改革、着眼发展、稳步推进的原则，调整改革省农垦事业办所属事业单位管理体制。

具体调整方案：（1）按照省级统筹、封闭运行、省级经办机构承办的原则，将省农垦社会保险办公室整建制划归省人力资源和社会保障厅管理，继续承担全省垦区的社会保险工作。（2）将省绿色食品办公室（包括《甘肃农业》杂志社）整建制划归省农牧厅，为省农牧厅下属单位，原定职责、规格、人员编制和领导职数不变。（3）按照省职业教育管理体制领导小组的计划安排，将省农垦中等专业学校（省电大农垦分校）移交省教育厅管理。（4）将省农垦国土资源局及国土执法支队划归省国土资源厅管理，继续承担全省垦区的国土资源管理工作。（5）将省农垦农业研究院、省农业工程规划院分别移交省科技厅、省农牧厅管理，为厅属事业单位，职责、规格、人员编制和领导职数均不变。（6）撤销省农垦酒泉办事处、张掖办事处、武威办事处、平凉办事处，改为省农垦集团公司管理的离退休工作站，主要负责原办事处离退休人员管理服务工作，经费继续由省财政供给。

省农垦管理体制总体实现了企、事业分离。省农垦集团公司在现代农业和新农村建设中承担一定的责任，发挥重要的示范带动作用。