1979年2月，国务院批转《国家财政部、国家农垦总局关于农垦行业实行财务包干的暂行规定》，省农垦实行“独立核算、自负盈亏、亏损不补、有利润自己发展、资金不足可以贷款”的财务包干办法。1985年10月，省农垦总公司与省财政厅制定《甘肃省国营农垦企业三年（1986年—1988年）财务包干办法》，企业全部实行财务包干，一定3年不变。对盈利企业定利润递增指标，实行“超盈不多缴，减盈不少缴”的办法；对亏损企业实行“限期扭亏、定额补贴、超亏不补、减亏留用”的包干办法。

1987年底，甘肃省经济委员会等10个部门联合印发《甘肃省全民所有制大中型企业承包责任制试行办法》，省农垦总公司按两权分离的思路，在财务包干的基础上，对直属企业试行承包经营责任制，并在安南坝石棉矿、嘉峪关水泥厂、黄羊水泵厂和农垦农工商联合企业公司等4个企业进行试点，在农垦系统公开招标，确定企业法定代表人，实行企业经营责任制。1988年1月全面推开。

“七五”计划和“八五”计划前三年，省财政厅每年用于农垦财务包干的经费为2000万元，其中农垦事业费和农场事业费1050万元，企业补亏950万元。1994年至1995年，全垦区经济形势明显好转，省农垦总公司将补亏资金逐年减少，1994年减为600万元，1995年减少到400万元，减下来的资金用于技术改造和引进开发。“九五”计划期间，省财政厅对农垦企、事业单位上缴所得税在原包干上缴的基数上，超包干上缴部分按逐年递减办法给予财政返还，1997年返还比例为60%，1998年返还比例为40%，1999年返还比例为20%，2000年返还比例降为10%。企业所得税返还资金主要用于解决企业政策性、社会性支出和补充流动资金等；事业单位所得税返还资金主要用于事业发展，弥补事业经费不足。1997年至2000年，全垦区将补亏资金全部用于农垦、农场事业费，其中农垦事业费750万元、农场事业费1250万元。与此同时，企业所创利润不上缴，连同两级管理机关削减费用，均作为农垦开发、发展基金。2001年至2006年，省财政厅取消农垦企业财务包干，转为农垦事业经费包干，将包干经费分解为事业费和生产发展资金。2006年至2010年，国家对农业相继实施种粮直接补贴、农资综合补贴、良种补贴、农机购置补贴（以下简称“四补贴”）和退耕还林补助资金等惠农政策，全垦区补助范围涉及种植粮食、购买良种和农业生产资料、购置农机具、测土配方、税费改革、退耕还林、农技推广、饮水安全、抗灾救灾、农业开发、矿产资源、教育卫生等29个项目，共计补助资金总金额44064.3万元。(www.daowen.com)

“七五”计划至“十一五”规划末，省农垦企业实行承包经营和奖罚兑现制度，按照“目标任务一年一定，经营成果一年一考核”的管理办法。经营承包共分五个阶段，即承包经营责任制、经济目标管理责任制、资产经营考核、经营管理目标考核、企业综合考评。在此期间，先后对全垦区64个企业进行年度考核和奖罚兑现。