抗战期间，教会大学四处迁校，教会中学同样因战争的影响四散流离，各自寻找相对安全的地点办学，抗战前教会大学和教会中学经过长期合作建立起来的稳固、高效的招生体系受到严重冲击，尤其是西迁的教会大学与学校原来所在地的教会中学相距甚远，地理上分处各地，战时交通又极端困难，致使多所教会大学的生源在质量上和基督徒比例上受到直接影响。抗战胜利后，无论是教会大学还是教会中学，都积极筹备返回原校地址继续办学，同时也都乐意恢复原有的学生“供需”关系。金陵女子文理学院院长吴贻芳提到，在南京复校后，学校着力于恢复与以往承认中学的友好合作关系，以提高新生水平，改进学校的教育质量^[159]；华中大学1946—1947学年度的校长报告中也提到，返回武昌后，学校加强了与华中地区教会中学的联系，新生中来自教会中学的毕业生比例因此增加^[160]。1948年，华南女子文理学院招生考试除在本校设立考点外，其他地市的考点均设在教会中学，如泉州培英女中、漳州进德女中、莆田咸益女中、南平剑津女中、江西南昌葆灵女中、厦门鼓浪屿毓德中学^[161]。

1947年10月，基督教教育全国大会在上海举行，之江大学教授王裕凯等20余人联名递交提案，建议各大学暑期招考采用保送免试的方式入学，对审查合格的中学学生成绩总平均80分以上者，可由原校保送免试入学。提议者希望将此作为大学教育政策上一种良好的变革，先在各基督教大学试行，再逐渐普及全国各大学^[162]。所谓保送免试入学，实质是教会大学在20世纪早期广泛采用的承认中学（或附属中学）推荐免试制度，后因国民政府于1930年明令规定大学附属中学不得无试验入学而发展为承认中学推荐考试制度。此次提案的提出，是教会大学加强与教会中学或其他承认中学联系的积极措施，既可减轻学生的考试负担，又可保证教会大学的优秀生源，还可为全国大学的招生改革做先行试点，探寻更优的方案。1948年岭南大学招生便采用了此种方式，“广州岭南大学，该校今年拟在各教会中学（广东、香港、澳门除外）中选择办理认真之廿校，选毕业生之列前茅者，每校可保送2名免试入学，保送名单及学生成绩统于6月16日以前径寄广州岭大”^[163]。

其他教会大学在1948年的招生中继续采用承认中学推荐考试制度，金陵女子文理学院规定，凡与该校有联系之中学均经函托于6月中旬在各该校代考新生，厦门毓德中学亦为代考学校之一，其他各校有拟代考者，可径与金女大接洽；金陵大学1948年的承认中学推荐考试，亦加入了厦门英华中学和怀仁中学两校，只要是承认中学成绩前30%的毕业生，即可在这些中学校直接参加入学考试^[164]。(www.daowen.com)

恢复与教会中学良好合作关系的同时，教会大学也延续了抗战时期与政府精诚合作培养人才的优良传统，继续加强与政府的合作。除了遵循政府的相关招生规定外，还积极响应和参与政府的各项特殊招生政策及计划。1946年，教育部分发572名大学先修班学生至各校，其中分发到教会大学的有17名，计：金陵大学7名，燕京大学2名，东吴大学6名，金陵女子文理学院1名，之江文理学院1名^[165]。这一方面是学生的志愿选择；另一方面则显示出教会大学与政府招生工作的协调运作，这是建立在双方充分信任基础之上的合作。