抗日战争使教会大学遭受了重大的物质损失，战争期间，有11所基督教大学曾沦入日军之手，校园及校内财产遭到抢劫、破坏。校园破败不堪，多幢建筑物成为危楼，校园里遍布战沟、枪穴；教学楼和学生宿舍内的家具荡然无存，学校教职员无法带走的个人物品也踪迹全无。1938年，华中大学内迁时将大学图书馆85%的图书和2／3的科学仪器封存在汉口英国轮船公司的仓库，但抗战胜利后大学迁回武昌时，所有这些教学资源除找回300瓶生物标本外，其他的全都丢失，不知去向^[140]。金陵女子文理学院在抗战期间被敌伪占据，作防卫司令部之用，虽外形尚好，但内部设施，如科学仪器、课桌、水汀、钢琴等均被洗劫一空。单宿舍之修理费，就达六七百万元之巨。虽然有政府津贴大部分复校费用，仍感到拮据^[141]。除圣约翰、华西协合2所基督教大学外，其他11所基督教大学的校舍都属临时敷用，需要切实修理或重建。仅11所基督教大学修复及改进校舍就至少需款1500万美元^[142]。战后经济不稳，通货膨胀严重，又加重了教会大学的经济负担，为了学校生存大计，13所基督教大学召开联合董事会，在国内举行大规模募捐活动，募捐总数为150亿元，除由教育部拨款补助60亿元外，不足之额由各校分头募捐^[143]。

在日伪占领租界时期，天主教震旦女子文理学院（隶属于震旦大学）也曾一度遭到占领，充作日军伤兵医院，致使损失惨重，抗战胜利后才收回^[144]。(www.daowen.com)

教育环境的改变和教育资源的匮乏必然对学校的招生产生影响，但各教会大学还是全力投入复校和在原校址进行的招生及教学工作。燕京大学在日军占领期间，校舍受到极大的破坏，各种教学仪器损失殆尽，图书大量散失，教师们流散在各地，但学校却在短短的56天就招收了300余名新生并于10月10日举行了开学典礼^[145]。沪江大学自从胜利以后，筹备迁回军工路原校，1946年4月21日完成迁移工作，4月22日正式在原校上课，全校学生901人^[146]。金陵女子文理学院教职员及学生共200余人，于1946年7月陆续由成都抵南京，积极进行复校工作，1946年9月23日，金陵女子文理学院正式在南京校园复课^[147]。福建协和大学1945年12月下旬由邵武迁回福州校址，由于迁校是受战后过高的希望和热烈参与建设的特殊心理决定，迁校非常仓促。因此，最初的几个月困难重重，需要集中完成1945—1946学年度两个学期的工作^[148]。抗战期间曾共处上海的圣约翰、东吴和之江三校，1947年合组成立华东基督教联合大学进行合作办学，决定初步的合作办法是联合举行一年级新生招考。报名及考试地点设在上海、苏州、杭州三处；考试科目分国文、英文、数学、公民、中外史地、理化、生物等项。联合大学招考院系共分文、理、法、商、工、医等6学院，包含中国文学系、外国语文学系、教育学系、历史学系、新闻学系、政治学系、经济学系、社会学系、法律学系、生物学系、化学系、物理学系、工商管理学系、会计学系、银行学系、国际贸易学系、土木工程学系、机械工程学系、建筑工程学系、化学工程学系等20系，医学院暂不分系。招收新生名额为文学院240名，理学院150名，法学院150名，商学院100名，工学院120名，医学院40名。录取后上课地点则分别在上海梵王渡圣约翰大学、上海岚山路东吴法学院、苏州天赐庄东吴大学以及杭州闸口之江大学四处^[149]。