1937年7月，抗日战争全面爆发，日军很快攻陷中国大片领土，北平、南京、武汉以及广州等地都相继沦陷；上海租界区因有多国势力驻扎，日军不敢轻易触犯，成为沦陷区中的孤岛。日军认为青年为抗日骨干力量，而教育机关为培养抗日主义之集团，对于学校的破坏就更加毫无忌惮，各地大学受到严重影响，许多学校被迫暂时关闭。中国学校开始了教育史上史无前例的大迁移，教会大学也不例外。抗战八年期间，中国战前的108所专科以上学校，因校舍遭到敌人占领或轰炸，不得已而迁移或停顿者达94校，其中有的大学一迁再迁，期间财产的损失、经济的耗费，甚至性命的伤亡，都不可计数。按照1939年的统计，全国共有专科以上学校101校，其中属国立者35校，省立者19校，私立者47校。在抗战期间迁移后方、暂时迁校香港以及原省迁移的学校有49所，占专科以上学校总数的48．5%；在战区续办者28校，占总数的27．7%，而28所学校中有21所在上海，占战区专科以上学校总数的75%^[93]。1941年太平洋战争爆发后，战区学校数量又进一步减少。教会大学中，除华西协合大学和3所天主教大学原地不动外，其余12所基督教大学全都加入了这场迁校运动，迁校成为中国近代一场浩大的抢救学术文化之战，“浮在各校负责人心理上的，就是其本身所负于学校历史责任和中国文化使命之重大。我们综合观察其不避艰险的努力，与其所保存的统绪，历史家必能辟一页大书为抢救学术文化之战，可以断言”^[94]。

面对国家的深重灾难，作为高等教育机构的教会大学支持抗战的基本策略便是克服重重困难，坚持办学，本着强烈的社会责任感招收爱国学生，为抗战救国培养急需人才，为建设国家培养储备人才。正如福建协和大学校长林景润在1937—1938年度报告中所说：“我们意识到我们肩负的教育责任，我们将在最困难的条件下努力继续我们的教育服务，使我们能够在加强人民和国家的士气、培养建设国家的领袖方面做出贡献。”^[95]金陵大学校长陈裕光也曾形象比喻困难时期的大学，并指出学校办学精神的重要性：“盖现今大学教育为一躯壳，而坚强之意志，苦干之精神，与夫真诚勤仁（后改为诚真勤仁）之行动为其灵魂；躯壳与灵魂齐备，而后大学始称完善。”^[96]

1937年战争开始之初，由于对战事的预料不足，国民政府最初曾希望教会大学能以其国际背景而在战区坚持办学，延续战区的民族教育，所以对教会大学内迁一事踌躇不定。基督教大学董事会对迁校也持慎重态度，认为迁校颇费周折，建议在可能情况下，尽量留守原地办学。1937年秋，教会大学基本上都按照原定计划开学。但随着上海战事的爆发，上海、南京以及周边地区形势骤然紧张，教育部统一要求处于危险区域的学校推迟开学时间至9月20日。为了通知学生，学校在电报上花费了不少时间和费用。原本暑期间应进行的招生考试，也因战事影响而无法进行。金陵女子文理学院魏特琳教授的日记中清晰地记载着当时的情况：“我们仍然计划下个星期一在上海和南京进行入学考试，但我们能否将考卷带到上海，以及是否有学生来参加考试，仍是一个未知数。”^[97]5天之后，魏特琳的日记中又记录到：“我忘了告诉你们，昨天没有考试，因为只有3名学生来考试，她们也很愿意推迟考试。我们甚至没能把考卷带到上海。”^[98]

1937年11月，教育部命令南京的学校关闭，所有师生转移到安全地带。金陵大学在危机情势下决定西迁。金陵大学先至汉口，后至重庆，最后在12月3日最后一批人员到达成都华西坝，其中理学院的电机工程系及电化教育科、汽车专修科等的高年级班因重庆工业较为发达，遂留在重庆办学。金陵女子文理学院在南京局势危急时，也决定放弃在南京开学的想法，同时在上海公共租界内的女青年会大楼和武昌华中大学内继续办理教学中心，安排学生在就近的基督教大学借读，同时由金大女教师负责指导学习及生活事务。1939年夏，金陵女子文理学院决定不再设上海学习中心，而将学校整体迁往成都。

东吴大学是抗战中迁校次数最多的学校之一，先迁到太湖南岸的湖州中学，11月底又迁至屯溪，后又迁至上海公共租界，和沪江、圣约翰及金陵女子文理学院联合办学，1941年后又经福建邵武至广东曲江，同迁校到当地的岭南大学合作，法学院则迁至重庆与沪江大学商学院合办东吴沪江法商学院，生物系则早在1938年就迁至成都，与华西协合大学合办。

沪江大学的杨树浦校区在1937年8月13日上海战役一开始即遭日军强行占领，仓促中学校迁入市区的商学院继续上课。杨树浦校区后经美国政府支持，向日军政府交涉，后才被归还。1938年4月7日，沪江大学校长刘湛恩为抗战救国奔走呼吁，遭敌伪之忌恨而被刺杀，使学校遭受重大损失。其后，学校在极度艰苦恶劣的环境中继续办学，并与圣约翰、之江等大学组成华东基督教联合大学。1941年冬太平洋战事爆发，敌伪进占整个上海，因环境骤变，学校不愿接受日伪政府管理，不得已宣告停办。同学会为维持母校年久优良师资及莘莘学子的学业起见，接办成立“沪江学院”，转入地下秘密办学。同时重庆方面由美国会及同学会等筹划西迁在渝复校，1942年2月，与东吴合组东吴沪江法商学院，及后之江大学加入，合组为法商工学院^[99]。

之江大学1937年9月仍坚持开学，有2／3学生，大约330人注册；11月战事紧张，之江大学紧急决定内迁，慌乱中先撤离到安徽屯溪，却因周边地区相继陷落无法开展教学，遂被迫宣布学期暂停。1937年12月23日，杭州陷落。之江大学董事会召开特别会议决定在上海公共租界与圣约翰和沪江大学合作办学。1942年，上海公共租界失去中立地位，已经向中国政府立案的之江大学无法受到切实保护，遂决定暂时停办，同时考虑内迁。后在福建邵武借福建协和大学校舍及设备开设工学院和商学院，1944年6月因各种困难，之江暂时停办，直到1946年秋，在杭州复校。

圣约翰大学在抗战开始后，即通知学生和教职员推迟开学，并经董事会决定将学校迁至公共租界内的慈淑大楼，与沪江、之江、东吴等大学合作，成立华东基督教联合大学。1941年珍珠港事件后，学校教学屡遭骚扰，美籍教职员先后被拘禁。1942年4月，学校成立紧急董事会，全部由清一色的中国人担任。1942年8月，紧急校董会选举颜惠庆为主席，沈嗣良为校长。沈嗣良表示坚决率领圣约翰的行政人员坚持大学的两项基本原则：即继续作为一所基督教大学开办下去；使学校避免任何政治纠葛^[100]。圣约翰大学在沦陷区继续办学，一直坚持到抗战胜利。

1937年11月，齐鲁大学的文、理、医三学院迁至成都，济南只留下神学院、护士学校和乡村服务社。在整个抗战期间，齐鲁大学实际上是在两个校址同时办学。日本偷袭珍珠港事件的当天，在济南的齐大校园即被日军占领，学校被迫关闭，英美教职员被拘禁。1937年12月27日，日军占领整个济南。1945年12月27日，迁往成都的齐鲁大学回迁济南，正式复校。(www.daowen.com)

同处福州的福建协和大学和华南女子文理学院在原地坚持办学直至1938年上半年。1938年5月，因厦门失守，福州岌岌可危，福建协和大学迁至闽赣交界的福建邵武；华南女子文理学院迁至闽北山区的延平（即今天的南平）继续办学。抗战胜利后福建协和大学于1945年12月迁回福州；华南女子文理学院则在南平一直持续办学到1946年1月。

岭南大学1937—1938学年度比较平稳地度过，一直到1938年10月秋季开学以后，日军开始攻占广州，学校立即停课。10月21日，广州沦陷。在广州沦陷之前的10月13日，岭南大学学生开始撤出广州，迁至香港，借用香港大学图书馆和实验设备继续维持教学。岭南大学医学院部分学生则迁至广东北部的曲江；农学院先是在香港办学，1940年11月又迁至广东北部接近湖南的坪石。1941年12月之后，香港形势危险，岭南大学在距离广东曲江不远的大村买下一块地作为校址，建起校园，1942年9月，重新开学。1944年10月，农学院从坪石迁至大村，1945年1月，日军占领曲江，岭南大学再次被迫中断教学。学校准备到广东梅县准备秋季重新开学，后因日本投降，得以回广州复校。

燕京大学1941年12月太平洋战争爆发前一直坚持在北平办学。卢沟桥事变后，华北形势紧张，北大、清华等国立大学已经南迁，其校园被日军占领。燕京大学是否能坚持如期开课，且独立办学不受干扰，在当时实在是个未知数。经过反复商讨，燕京决定留在北平，继续开办，这是司徒雷登生平“最难之决定”^[101]。为了适应战时的特殊需要，燕京大学重新悬挂美国国旗，并由司徒雷登同时担任校长和教（校）务长。当时日美之间没有公开对立，日军尚不敢轻易触犯，凭借学校的美国背景，燕京得以在1938年至1941年在北平坚持办学。但太平洋战争一爆发，日军就进驻燕大校园，并逮捕监禁燕京大学校长司徒雷登，学校被迫关闭。后经燕京大学校友会和教职员工的共同努力，克服重重困难，在成都华西坝复校。

中国的3所天主教大学，上海震旦大学、北平辅仁大学以及天津工商大学，是自始至终坚持在原校址办学的教会大学。上海圣约翰大学虽然一直在上海，但抗战开始后，也将办学地点迁到租界内。震旦大学和天津工商大学都是具有法国背景的天主教大学，震旦大学居于上海公共租界内；天津工商大学则借助与日本皇室的特殊关系，得以在战争期间继续留在原地办学^[102]。

北平辅仁大学初期由美国耶稣会士主办，1929年西方经济危机爆发后，美国耶稣会捐赠资金受严重影响，在罗马教廷安排下，辅仁大学由德国圣言会会士接办，但学校的美籍教职员仍占一定比例。战争初期，日军不敢擅意妄为。1941年，辅仁大学的管理者鉴于国际风云日趋险恶，预测美日冲突势不可免，为应对可能出现的恶劣局势，并考虑到德国是日本的同盟国，日军不会伤害德国教员，便将学校的美籍教员陆续撤退，改由德籍教职员适当补充^[103]。太平洋战争爆发，日寇在一夜之间将燕京、协和等校一律接收，几所大学的美籍教职员均被拘禁在集中营等地方，“幸辅大主持人为德国圣言会士，大都为德籍司铎，故校务进行如恒，弦歌不辍，虽其他国立院校或早经关闭，或由伪政府接办，独辅大孑然屹立，硕果仅存”^[104]。

地处武昌的华中大学在抗战刚刚爆发时仍坚持开学，并接收了一些东部省份流亡的借读生。随着战争形势的不断恶化，学校于1938年7月决定迁往桂林，几经波折，于8月下旬到达桂林。1938年底，日军对桂林狂轰滥炸，学校又决定学期结束后再度搬迁，目的地定在昆明或云南乡村。1939年2月，学校师生从广西出发，经镇南关出镜到越南河内，再乘窄轨列车到云南昆明，因认为昆明仍不够理想，又转去云南大理的喜洲小镇，最终于1939年5月在喜洲正式开学^[105]。华中大学两次迁校，行程数千公里，历时数月，其颠沛流离之苦，为近代大学之少有，为保存中国近代新式高等教育命脉之忠诚，可见一斑。

由上可知，教会大学在抗战期间的整体状况大致分为3种：一是留守原地，坚持办学，但学校的教学管理不可避免地要受到日伪政权的干涉，在不涉及对国家、民族忠诚的本质问题上也需要与日伪政权有一定的合作；二是就近迁校，可节省大量的迁校费用，同时为当地及周围沦陷区青年提供高等教育机会和更多的战时服务，但却要面临许多不确定的危险；三是西迁后方，在自由的中国继续办学，保存中国近代高等教育的命脉，不受日本殖民文化政策的干扰。