在传教士们的苦心经营下，教会学校日益完善与发展。19世纪末20世纪初，中国近代教会大学迎来了发展历史上的一个小高峰。1882年登州文会馆开设大学课程。1888年，南京汇文书院（金陵大学前身之一）开设大学课程。同年，美以美会福勒主教视察北京汇文书院（燕京大学前身之一）并作出决定：要将学校办成大学，中文名称为汇文大学^[1]。1892年上海圣约翰书院（圣约翰大学前身）开设大学课程。1893年，杭州育英义塾（之江大学前身）通过开办两个超过高中水平的男子班^[2]，广州格致书院通过开设大学课程，均发展成为初级学院。1901年，由博习书院和中西书院合并而成的东吴大学成立。1903年，震旦学院成立。1909年，沪江大学建立。1910年，完全新建的华西协合大学在成都正式开课。1911年，金陵大学在南京成立。1914年，华南女子文理学院成立。1915年，金陵女子文理学院建成。1916年，福建协和大学新建成立。1919年，燕京大学合并成立（见表2－1）。

表2－1　1920年教会大学一览表

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资料来源：根据各校校史资料统计整理。

到1922年时，全国共有教会大学17所，其中基督教大学16所，天主教大学1所。大学的院系设置由单一的文科发展为文、理、神、医四科以及师范、商业等专修科。一些综合性大学，如燕京大学，设有文理、神、医、师范和商业科；齐鲁大学设文理、神、医科；金陵大学设文理、医、农和师范科；东吴大学设文理、法政科；沪江大学设文理、神科；圣约翰大学设文理、神、医科；福建协和大学设文理、医科；雅礼大学设文理、医科；文华大学设文理、神科；华西协合大学设文理、神、医和师范科；还有只有一个文理学院的大学，如金陵女子大学、之江大学、岭南大学等。