中外合作办学教学管理存在很多方面的问题，如管理理念落后、管理组织和结构不合理、师资队伍不能满足需求等。追根溯源，这些问题的实质是中外合作办学的相关法律、法规和政策的不完善，这给中外合作办学的教学管理带来的问题主要表现在以下两个方面。

第一，缺乏有效的审核和评估标准。现行法律法规对中外合作办学的机构设置提出了要求，然而对其办学过程中课程和教学标准的审核和评估却缺乏必要的标准，主要问题在于缺乏量化标准和评估指标。

中外合作办学重在引进优质教育资源，何为优质教育资源，法律上只有原则性规定，提供了引进优质高等教育资源的基础和基本框架，但是对教育资源的质量没有任何水平或技术方面的规定，缺乏量化标准，因此对实际操作会产生影响。

我国对中外合作办学教育质量标准的研究非常滞后，缺少相关的质量保障制度。中国政府对中外合作办学的态度是“合作”，而非简单的对国外教育的进口。尽管教育部已经出台了中外合作办学的评估标准，从管理体系、办学经费管理和使用、培养目标及方案、培养条件、师资队伍、教学组织培养质量及办学社会效果与优质教育资源引进、办学特色等八个方面对中外合作办学机构和项目进行评估。但是评估内容的标准设置有些过于笼统，而有些是评价标准（指标体系），不是质量标准，并且缺乏量化指标，使得评估缺乏可操作性，不能达到实质效果。(www.daowen.com)

第二，监管体制的缺失。目前中外合作办学质量管理中存在严重的“重审批，轻管理”的现象，办学过程中的广告宣传、质量监管、财务审计等都缺乏监控体系。《中外合作办学条例》对中外合作办学只提出了运行原则和要求，却没有相应的监管方法和指标以及可以有效执行的处罚办法。

中外合作办学设有管理机构，但是没有建立相应的国家、社会的质量管理机构，内部也缺乏教育质量的保障机制。这种状况是多方面原因的造成的，从国内看，中方教育机构自身质量管理系统存在缺陷；从教育输出国看，很多输出国无视建立控制和保障跨境教育质量制度的重要性，简单地认为自己国的一套质量管理程序可以直接用于我国教育中，或者将应在中国国内履行的教育质量管理的责任交给中方；而对于中外合作办学需要在我国进行的教育，输出国对中外合作办学的质量管理也从属于我国的大学，很少建立专门针对中外合作办学的质量监督机构进行质量管理。

同时，中外合作办学也没有相应的处罚措施，这样造成的后果就是即使知道某些中外合作办学存在严重的质量问题，也很难给予相应的法律处罚。