清朝入关后，理瑶政策部分传袭明代，部分作了改革。

明代将平定瑶变有功的民、壮屯田首领设为土司，然后将瑶区交由这些土司治理。清初承袭了明朝的这种治瑶办法，承认并继续任用这些土司。陆焞在《昭平县志》中就指出土司制的昭平巡检司在清初仍具有管理瑶政的功能。他说：“余得龙氏家谱，知前明成化开昭平二十四冲，瑶壮作乱，龙彪破贼有功，总督邓廷瓒题授土巡检司，设立卫署，辖二十四冲蛮。世袭十二，传至国朝康熙十年裁。其城在县南门外里许”^[112]。昭平仙回的古眉土巡检司亦为土司。陆焞编《昭平县志》：“余搜黄氏家谱，盖万历初年黄仲拙征府江有功，于万历十四年实授土司巡检，自造城池，历四传，至国朝康熙三十三年裁，即今仙回城、韦峒城是也。”^[113]

清代还沿袭明代以来对瑶族免差和田地买卖免税制度。湖南江永县沅口瑶族乡的《安瑶印照碑》载：嘉庆年间江永县令顾烺圻强迫瑶民交纳瑶田交易税，被人告发，湖南巡抚部院批示查办。康熙还下令禁止圈地，承认农民在明末战乱中从地主豪强手中夺得的土地，宣布免除一切杂派和“三饷”，永不加赋。这些措施有利于社会安定和民族经济文化的繁荣。(www.daowen.com)

清朝也加强明朝以来的防瑶政策，在“瑶蛮盘踞”出入的要道如富川、贺县等处设置营汛，派守备、千总领兵驻守。大量征用俍兵作为驻守屯田人员。但从雍正四年(1726年)开始，清朝实施了大规模的改土归流。一些经济发展较快的瑶族地区甚至还裁革瑶目，“编入保甲，与齐民一体稽查”^[114]。在瑶区推行保甲制度，对瑶民实行直接统治。

清代还在瑶族地区设立理瑶行署，专理瑶事。理瑶行署并不一定非设于府治所在地，管辖范围也不仅限于本府，可以投射到周边瑶族地区，跨府而治，行署所在地随需而定。例如清道光十四年，移平乐理苗通判至今钟山县专司平乐府全境瑶、苗、壮等民族事务的管理。