为了加强驻兵，防止瑶族起义，明朝对贺州行政机构的设置和交通设施的修筑作了重大调整。

（一）对贺州府的调整。明代开始，桂东地区的瑶族绝大部分沿府江两岸居住，昭平、平乐、蒙山、荔浦等县是瑶族分布的核心区。而平乐是府江水上交通的咽喉，为了建立一个以平乐为中心，辐射四周瑶区的行政管理网络，明洪武十年（1377年）裁撤贺州为贺县，州府移往平乐设立平乐府。

（二）对富川县的调整。明洪武十年（1377年）富川县改属浔州府，后又改属平乐府。洪武二十三年(1390年)设守御千户所于富川灵亭乡霭石。据钟山县公安镇丹霞观碑记，洪武二十五年（1392年），增设富川额外守御所于花山。守御所于冲要置哨堡。堡由哨队长领兵把守。县境内共设有钟山镇堡、养马坪堡、土巷堡、界牌堡、羊头堡等五座哨堡。洪武二十九年（1396年）十一月，经负责府江平瑶的征蛮将军韩观上疏，富川县城从现钟山县钟山镇迁往现富川县富阳镇古明城处。古明城的建设由千户汪成、王礼、刘信和百户余达等人相继组织施工。始为土墙，明万历年间（1573年至1620年）改为砖墙。城墙周长2113米，高6米，宽2.7米。有垛口909个。总面积0.3平方公里。古明城原有4座城门：东为升平门、西为泰定门、南为向日门、北为迎恩门。城门高6.5米。城门门拱原为砖建，清乾隆八年改由大青石块砌筑。

（三）对昭平县的调整。洪武十八年，废昭平县的前身龙平县，别建昭平堡。弘治九年，调上林知县黄琼、归德知州黄通知领土兵1000人驻昭平堡。成化年间（1465-1487年），总督朱英在今昭平县治处筑土城防瑶。明弘治十年（1497年），为弹压境内二十四冲瑶壮，两广总督邓廷瓒题奏设置昭平巡检司，驻昭平，直到清康熙十年（1671年）才予裁撤。正德三年（1508年），两广总督陈金题设昭平营，移平乐守备于昭平，府江道副使郑岳迁昭平堡于东岸，设守备署，调柳州、庆远、田州三府壮勇三、四千人驻防。直到明隆庆年间，广西巡抚郭应聘因平瑶需要上疏设立昭平县，议将原属平乐县的昭平、马平二里，原属富川县的二、五都，原属贺县招贤乡的上下半里（今昭平县巩桥镇、樟木林镇和凤凰镇等地）合成为昭平县。但是这个在昭平重新设县的上疏直到万历四年（1576年）才开始真正实施，而且这个新设的昭平县分析有平乐、富川两县的部分属地^[80]。

富川古明城南门楼(www.daowen.com)

（四）对钟山县的调整。富川县治于洪武年间迁往今富川县后，今钟山县内在明代已无县级建置。但由于钟山境内理瑶事务较多，正统十二年（1517年），明朝设巡检司于公安镇荷塘村白霞街，管理今钟山县西南清塘镇的桔芬村至县西北的花山镇一带重山之中的瑶族。

在完善行政管理机构的同时，明朝还加强了在贺州的驻兵。万历四年（1576年），两广总督殷正茂题设昭平营。调浙江宁波指挥王承恩为昭平营参将，还在境内设要隘建筑营堡，共设营堡哨长8名，队长20名，营兵556名。万历四年，也就是昭平建县当年，为防瑶族暴动，又在县境重要关隘遍设营堡。其中营21座：昭平东营、昭平西营、北字左、右营、黄姚小营、凤凰营、罗令顶营、鸡爪营、田城营、考鸦营、狼康营、良丰营、九冲营、英家营、松柏营、骑龙营、丁狗营、鸭公营、高梁营、龙塘营、马尾营。堡27座：练滩、大铜盆、雷霹、流箱、猪巷、佛登、巫滩、甑滩、招林、塘调、石人、福登、深冲、五将、上仰、下仰、移婆、陆书、马江、沙冲、榄水、淮滩、相逢、陶溪、走马、西坪、砂子。万历十三年（1585年），总督吴文华又题设北陀营。调桂林卫指挥吴元镇为北陀营参将，至崇祯末年(1644年)才裁撤。万历十四年（1586年），增置古眉寨巡检司，辖管仙回、韦洞等处。万历二十六年（1598年），在土龙（今钟山县同古镇）设巡检司，并立松柏、骑龙、顶高、鸭公、高梁等五营。万历二十七年，戴耀题设北陀抚夷同知。万历二十八年（1600年），戴耀又题筑北陀城及各寨营堡。

府江是明朝广西运输官盐的主要通道。因盐禁而遭受盐荒的府江沿岸瑶族常在江面伏击盐船。府江昭平段地势险要，在这里抢夺官船最易得手。因此，府江瑶族起义也是明朝贺州情势最为激烈，延续时间最久的瑶族起义。为了方便用兵平瑶，明朝对改善贺州交通设施给予重大投入。明隆庆年间，广西巡抚郭应聘上疏，请求疏通府江水路，他认为：这样做不仅方便兵将调运，同时还能刺激当地经济发展，改善府江沿岸瑶人、壮人和民人的生活，降低人们因生活潦倒而引发的起义风险^[81]。