为了防止瑶族地区社会动乱，元明两代在执行抚瑶政策的同时，也执行设巡检司、改土归流、卫所屯兵等防瑶措施。

在瑶区设巡检司开始于元代，明代继续延承这一政策。《钟山县志》载，钟山“县西北之花山及西南之桔芬、南区之义安，皆层峦叠嶂，林青幽阻。当元明时，向为瑶、壮所依据，叛变无常，梗化难治。明季各设兵戍守，剿抚兼施。更置巡检司于白霞，居中控御”。^[74]

自明代中叶开始，广西逐步“改土归流”，将元朝在瑶区执行的土司制度改为流官制度。民国版《昭平县志》记载：明弘治九年（1496年），总督邓廷瓒题奏改换府江两岸土司。这种制度有利于封建王朝的国家统一。但是“改土归流”使得大量瑶族土司的权利被剥夺，部分上层土司不甘心失败,图谋复辟。于是挑唆瑶民，制造矛盾。

但是改土归流只是主流制度，并不能完全根除土司。在一些仍需要土司治理的地方，明朝廷甚至还会增设土司。如昭平府江和其它一些瑶族起义激烈且持续时间长的地方，就会裁撤巡检司改设土司。用土司、土目兵和土舍兵来防瑶。《平乐府志》载^[75]：明隆庆年间，广西巡抚郭应聘上疏，用土司代替巡检司作为基层组织，管理府江两岸的溪洞壮、瑶。他认为，土司在当地都有较大的家族利益，可以更好地维护当地治安。但他同时认为，应设立参将，并授予参将等流官制的军政首脑更大权力，以制约土司。他说，昭平原来只有坐镇都指挥使一人，但事权较轻，对他和各种约束规章较多。改设参将后，他就能够调集桂平、蒙山、昭平、平乐等府江沿岸的土兵来防患瑶族起义。同时参将有了调兵权后，土司所辖的土兵就归参将指挥了，事实上也是削弱土司权力。(www.daowen.com)

明朝从初期开始，在军事组织上执行卫所制度。从京都到府县都设立卫所。卫所分属于各省都指挥使司，都指挥使司又由中央的五军都督府划片管辖。都指挥使司所辖的卫所中每卫有5600名军人。卫下设千户所，每所1120人。千户所下设百户所，每所120人。百户所下设总旗二，各辖五十人；小旗十，各辖十人。明朝在广西建立了二十个卫。每个卫所都配有土地由屯兵耕种，收获所得用于军费开支。在贺州的许多地区亦设有屯田御所。兵士称“军”，世袭当兵，另编军籍。《平乐府志》载：“复设各御所，所创制屯田以都司统摄。每军种田五十亩为一分，或百亩、七十亩、三十亩、二十亩不等。大率卫所军士以三分守城，七分屯种。又有二八、一九、四六、中半等例，皆随地而异。”^[76]

按照规定，在换防时，先驻屯兵所耕之田要移给继驻部队继续屯垦。但由于管理不到位，在交接过程中，许多屯田会被屯兵侵蚀甚至卖给民间，继屯之兵有时会无田可耕。即使是有田可屯，屯兵所得待遇也较差，一人月俸仅有银二钱五分，而且所屯之田不归所耕之兵所有，屯兵耕作积极性大打折扣。加上从江南、荆楚、中原等地调来的屯兵对岭南水土不服，常有“以东兵戍岭南，冒犯瘴疠”^[77]的情况发生，许多屯兵一病不起。于是年青力壮的兵丁纷纷逃离。如富川千户守御所额设兵丁1200人，但真正在所内屯兵的则仅一、二百人。至明中期的弘治年之后，一方面由于“广西钱日虚，兵力日寡”。另一方面也由于“戍兵离乡，并犯风露，水土不习，逃之相踵，则戍不足恃也”^[78]，广西的卫所制度逐渐衰落。卫所的兵力空虚后，明廷又被迫在瑶族出没的险要处增设营堡。如明代在贺县就设有东营、西营、里松营、石牛营、车田营、石汲营、大岛营、企墈营、勒塘营、黄洞营、村峒营、汇尾营和狮子堡、搭桥堡、山口铺堡等营堡15座。根据需要，每个营堡驻军三、四十名至八、九十名不等^[79]。营、堡所屯之田与土兵一样，也大多来自平瑶战事缴获所得的瑶田。

明朝还通过军事移民来巩固对瑶区的统治。明弘治九年（1496年），两广总督邓廷瓒为平息昭平、平乐一带的府江瑶族冲突，将府江东岸营移到水产，募兵2000人分屯平岭、仙家冲诸田。移西营于仙回、高天、龙头矶。募兵2000人屯六障、马尾、黄牛诸田。移上洞营于古西，募兵1600人分屯峰门、大喃诸田。移下洞兼辖两岸营于东线，募兵1000人分屯大宅、东瓦诸田。这些募兵农时耕种，闲时训练，战时应征。