元朝对瑶族地区的治理以安抚为主。一是设安抚司，对瑶族救济安抚。二是实行轻赋制度。“所定荆南、淮西、江西、海南、广西之地，凡得州五十八，峒夷山僚不可胜计。……又取其民，悉定从轻赋”^[56]。三是设土司代替羁縻州。瑶族地区多为穷乡僻壤，生活条件十分艰苦，蒙古贵族不肯到这些地方做官，于是择瑶族头人为官，实行土司制度。

明早期亦实行较开明的抚瑶政策。《明太祖实录》说，有官员建议：“蛮夷之人，习性顽犷，散则为民，聚则为盗，难以文治。当临之以兵，彼始畏服。”但朱元璋反对轻易用兵，他说：“蛮瑶性习虽殊，然其好生恶死之心未尝不同。若抚之以安靖，待之以诚，谕之以理，彼岂有不从化者哉？”^[57]。朱元璋还告诫边疆大臣：“溪洞瑶僚杂处，其人不知礼仪，顺之则服，逆之则变，未可轻动。今惟以兵分守要害，以镇服之。俾之日渐教化，则自不为非，数年之后，皆为良民……”^[58]明成祖朱棣继续采取怀柔政策治瑶，他敕谕征南将军：“广西蛮民易叛难服，杀之愈多而愈不治。太祖高皇帝灼见其情，故以德抚之，至必不得已而后用兵，所以蛮民悦服，边境晏然。今朕嗣位，谨遵成宪。卿往镇之，宜务德为本，毋专务杀戮，庶负朕法祖柔远之意。”^[59]

明朝还设有抚瑶官和瑶官专管瑶事。抚瑶官不是土司，在流官机构中工作。能招抚瑶族越多，抚瑶官被授予的官职就越大。明代史书载：“拘集瑶首，推保有能抚管五百户以上者授以副巡检，一千户以上者授以典史，二千户以上者授以主薄，就于流官衙门，专抚瑶人。或有别项瑶赋出没，悉听总兵调遣，同官军剿杀。”^[60]瑶官是由官方任命负责管理瑶族内部事务的瑶族头人，职务可以世袭，多由有军功或招抚瑶人有功的瑶族头人担任。(www.daowen.com)

明初还鼓励瑶民开垦，对入籍的瑶户减免徭赋。清书记载说，这项制度“土民瑶僚，莫不悦服”^[61]。《广东新语》载：明朝对编户入籍的瑶族“薄赋轻瑶，示以羁縻而已”^[62]。