影响鄱阳湖水质的主要污染物为总磷、氨氮。从入、出湖控制站主要污染物浓度分析，三次监测入湖总磷、氨氮的含量均高于出湖。第一次监测，入湖总磷、氨氮分别是出湖的2.0、1.1倍；第二次监测，入湖总磷、氨氮分别是出湖的1.6、1.2倍；第三次监测，入湖总磷、氨氮分别是出湖的2.0、1.1倍。

从入、出湖控制站污染物通量分析，第一次监测入湖合成流量1429m3/s，出湖流量7152m3/s，出湖流量高于入湖4.0倍，总磷、氨氮入湖通量分别为135.9t/d、364.8t/d，其中赣江分别占51.5%、42.0%，出湖通量分别为339.9t/d、1668.4t/d，总磷、氨氮出湖通量分别高于入湖1.5、3.6倍；第二次监测入湖合成流量3883m3/s，出湖流量5010m3/s，出湖流量高于入湖0.3倍，总磷、氨氮入湖通量分别为276.7t/d、849.4t/d，出湖通量分别为238.1t/d、1558.3t/d，总磷出湖通量低于入湖0.2倍；氨氮出湖通量分别高于入湖0.8倍；第三次监测入湖合成流量1742m3/s，出湖流量4375m3/s，出湖流量高于入湖1.5倍，总磷、氨氮入湖通量分别为141.0t/d、634.3t/d，出湖通量分别为181.4t/d、1474.2t/d，总磷、氨氮出湖通量分别高于入湖0.3、1.3倍。从三次监测分析，氨氮入出湖通量比与入出湖流量比呈现较好的线性关系，总磷则与采砂等人类活动以及降水影响的面源有着较大关系。(www.daowen.com)