20世纪80年代鄱阳湖水质以Ⅰ、Ⅱ类水为主，平均占85%，Ⅲ类水占15%，呈缓慢下降趋势；90年代仍以Ⅰ、Ⅱ类水为主，平均占70%，Ⅲ类水占30%，下降趋势加快；进入21世纪，特别是2003年以后，Ⅰ、Ⅱ类水只占50%，Ⅲ类水占32%，劣Ⅲ类水占18%，下降趋势明显，维持中营养状态，且呈现上升趋势。自2007年9月，每月开展一次鄱阳湖水质水量同步监测，范围为五河控制站及环湖区域的2.5万km2，每次监测站达到40～50处，同时开展水位、流速、流向、水量、水质监测。据监测成果分析：2008—2011年间鄱阳湖水质全年优于或符合Ⅲ类水占37.4%～59.5%之间，其中丰水期占50.0%～77.4%，枯水期占18.4%～39.4%，丰水期水质明显好于枯水期，湖区主要超标项目为氨氮和总磷，特别是总磷超标范围比较大。由此可见，鄱阳湖湖区水质的好坏与其水位、水面面积、水量等要素有着密切的关系。

根据三次水质动态监测资料分析，第一次监测期间，星子站平均水位14.38m，为退水期，其相应的水面面积2152km2，容积47.0亿m3，入湖合成流量为1429m3/s，湖口站出湖流量为7152m3/s；第二次监测期间，星子站平均水位10.54m，为涨水期，自12月12日五河及湖区停止采砂作业，其相应的水面面积654km2，容积11.2亿m3，入湖合成流量为3883m3/s，湖口站出湖流量为5010m3/s；第三次监测期间，星子站平均水位10.39m，为平水期，采砂停止作业，其相应的水面面积622km2，容积10.6亿m3，入湖合成流量为1742m3/s，湖口站出湖流量为4375m3/s。评价结果表明：入湖河流水质三次监测水质良好，优于或符合Ⅲ类水标准的占91.7%～94.1%；湖区水质总磷、总氮参评时，湖区水质符合Ⅲ类水标准的占10.6%～21.4%，水质最好的是第三次监测，最差的是第一次监测；总磷、总氮不参评时，湖区水质符合Ⅲ类水标准的占92.9%～95.5%，水质最好的是第一次监测，最差的是第三次监测。出湖水质总磷、总氮参评时，第一次、第二次监测均为Ⅳ类水，第三次监测为Ⅲ类水；总磷、总氮不参评时，出湖水质为Ⅱ类和Ⅲ类水。(www.daowen.com)