南明河污染情况早已受到省市领导的重视，锦涛书记在贵州工作期间就亲自带领省市领导到南明河清淤并多次提到南明河治理问题。《贵阳市实施西部大开发战略的初步意见》计划2000年至2015年全面整治流经市区的南明河、市西河、小车河四条河道，完成城区17条排水大沟建设，满足城区排水要求，千方百计扩大沿河绿化面积，美化两岸建筑，提高文化品位，为市民生活、休闲、娱乐提供良好的环境场所。

2001年春天，“南明河三年变清”工程正式启动。南明河系乌江水系清水河的源头河流，总长118公里，在贵阳市境内南明河河流长100公里，流经面积达1433平方公里，是贵阳市人民的母亲河。南明河综合治理工程总投资近25亿元人民币，总计十大系列共44个项目。花溪上游水土流失综合治理、退耕还林工程、天然林保护工程、“二环”林带建设工程，共营造林面积8、35万亩，恢复和扩大了南明河流域的森林面积，充分发挥了森林涵养水源，保持水土，改良气候的生态功能，基本上实现了南明河流域“岸变绿”的目标。完成花溪水库扩建加高和小关水库的改建以及配套工程。通过有效调度，可使南明河、市西河城区防洪能力达到100－200年一遇的防洪标准。总投资10亿元修建了总长99280米的截污沟，与南明河沿岸单位签订了防污责任书等一系列措施，使南明河水变清。在南明河两岸修建绿化景观，使南明区河流域两岸景色更美。经过全市军民的艰苦努力，植被破坏、水土流失基本遏制，一系列保护法规和长效管理相继建立。实现了“水变清、岸变绿、景变美”的目标，获得了中国人居环境范例奖。