元代由于统治者执行严厉的民族压迫政策，科举经历短暂的中落。元世祖忽必烈没有实行科举取士。到元仁宗皇庆二年，才恢复科举，方式与宋相似。有学者统计，从元仁宗皇庆二年始，至顺帝时元朝灭亡止，50 余年间，科举几度停试，由科举进士入官者不超过1%。可见元代科举制度的衰落。元代科举的最大变革是在考试内容上体现出对程朱理学的尊崇。元朝规定科举考试题目都从“四书”中出，以朱熹的《四书集注》及理学家对《诗》《书》《易》的注解作为评判答卷的唯一标准。元代科举独尊程朱理学的考试思想，直接影响了明清两代的科举与教育。

明代，科举得到了全面恢复和发展，并走上了它的鼎盛时期。明代的科举制度更趋完备，其新变化大体而言有：尊崇程朱理学，实行八股文，强化文化思想极端专制统治；发展国子监教育，使学校与科举关系更加密切；规范院试制度使宋代以来的三级科考更严密等。

明代科举继承了元代推崇四书五经的思想。明太祖为维护专制皇权，加紧强化思想统治，大力提倡程朱理学。他下令专取四书五经命题，考生答卷必须“代圣人立言”，即只能用孔夫子的思想和言论写文章，不准许发表自己的意见，更不能提出新的见解；文章体例要用排偶、对仗，不能写成一般的散文，此举即为明清两代科举八股文的开始；国子监所习功课，四书五经是必读课本。明朝帝王就是如此通过科举与学校教育达到笼络、钳制士人的目的。八股文，又称制艺、时文、八比文、四书文等。作为一种文体，它有固定的格式和写作要求。它规定一篇文章由破题、承题、起讲、入手、起股、中股、后股、束股等部分组成。“破题”共二句，点破题目要旨。“承题”用三句或四句，承接破题之义作进一步说明。“起讲”概说全体，为议论的开始。“入手”为起讲后入手之处。起股、中股、后股和束股四个部分作正式议论，中股为全篇文字的重心。这四个部分，每一部分都要有两股两相比偶的文字，共计八股，所以称为八股文。八股文每部分之间还有固定的虚词承接，如“今夫”“苟其然”“也乎哉”，甚至每部分写多少字都有规定。八股文的主题都要从四书五经中来，义疏以朱熹的注疏为准绳，只许“代圣立言”，不许有个人思想。八股文结构如此死板、思想如此僵化，极大地禁锢了知识分子的思想。许多读书人把一生的精力都消耗在八股之上，到头来变成了酸臭迂腐、不学无术的愚夫蠢材。

明代重视发展学校教育，并将其与科举紧密相连。宋代太学的三舍法强化了学校在科举中的作用，但它不是宋代学子参加科举入仕的必由之路，而在明代学校才是科举考试的必经途径，其中最重要的学校是国子监。洪武元年，朱元璋令有品级的官员子弟及民间才学优秀者入南京国子学充任学生，并明确规定，各府、州、县学诸生只有入国子学者方有资格参加科举考试，进而有获得官职的可能，否则不能当官。明太祖洪武十五年，改国子学为国子监。永乐元年，明成祖在北京设立国子监。从此，南京的国子监称“南监”，北京的国子监称“北监”。国子监学生通称为“监生”。“监生”因来源不同，又别有名称。举人入监的称“举监”，生员，即州、县学校的学生，入监的称“贡监”，有品级的官员子弟入监的称“荫监”，捐资（银两）入监的称“例监”。其中“贡监”按生员贡选的方式分为“岁贡”“选贡”“恩贡”和“例贡”。有了监生的身份，科举中就有许多便利条件，如直接参加乡试而不必先考取秀才；如不用经过科考就可以入仕为官。朝廷常常选派监生中成绩优异者到各部及下属单位实习吏事，称为“历事监生”。实习之后，他们大多被授予中央和地方官职，主要为府、州、县六品以下官。国子监生如此受重视而又被大量委以官职，在明代以前的历史上是绝无仅有的。(www.daowen.com)

国子监于科考甚至做官上的诸多优势使得读书人“趋之若鹜”。多数读书人以生员（秀才）入监，即“贡监”。生员俗称“秀才”。秀才是读书人参加科举考试一般性的起点，生活上又比平民享有更多的优待，如免除丁粮负担，供给伙食和一应学习用品；见官吏可不下跪；犯法后不能像平民百姓一样施用刑具等。但成为“秀才”要经过“童试”和“院试”。童试包括知县主持的县试，知府主持的府试，读书人接连通过这两场考试，即为“童生”。院试指童生参加在地方首府举行的由学政主持的生员选拔考试，通过者成为“生员”。若未通过则仍叫“童生”，与年龄大小无关，童生尚无资格参加科考。院试是童生成为生员的关键，由学政主持。学政，也称学台、学道、宗师，由中央委派至地方，主管地方学务，任期三年。在任期间，除主持院试外，还要依次到所管辖的各府、州主持岁试和科试。岁试是对原有生员进行的甄别考试，按成绩优劣分别给予奖惩。科试是生员乡试前的选拔考试，其优秀者可入国子监。可见学政对地方学子的科举前途影响重大。多数读书人要经过童试、院试、岁试、科试等种种考试、层层选拔才有可能取得科考的资格。通过上述一系列考试可见明代科举考试制度更加规范、严密。不过明代成为监生的途径很多，不一定都是层层考试选拔出的秀才，纳捐的“例监”就为许多童生开了入监的方便之门，也为科举腐败埋下诱因。

明代的科举考试程序仿效宋代，也分三级：乡试、会试和殿试（又称廷试），每三年一试。乡试，即宋代的州试，是地方一级的考试，又称乙科、乙榜。乡试逢子、卯、午、酉年八月在两京府（南京为应天府、北京为顺天府）和各省省会举行，即“秋闱”。明代还惯称南京乡试为“南闱”、北京乡试为“北闱”。各省乡试的考场称贡院。贡院内设有一排排号房，为考生考试住宿之所，依《千字文》排序。乡试取中者称为举人，第一名为解元。举人已有做官资格，所以颇受社会重视。会试，同宋代的省试，是中央一级的考试，又称甲科。乡试的第二年，举人会聚京师参加中央级的考试，所以称为会试。会试由礼部主持，逢丑、辰、未、戌年春季二月举行，又称“礼闱”或“春闱”。会试第一名称会元。明代的乡试、会试均分三场进行。初场考试考经义；第二场考试考论、判、诏、诰、表；第三场考试考经史时务策。会试落第举人可入国子监读书，称“举监”，可待下次考试，也有直接授予学校教职或其他小官的。殿试，指会试的录取者参加由皇帝亲自主持的考试，也叫廷试。殿试只考策问一道。在会试同年的三月举行。殿试时，由翰林及朝臣中的高文学素养者充任读卷官，并参与阅卷，拟定名，以供皇帝裁决后发榜传胪。录取者通称为进士，名次等第分一、二、三甲。一甲前三名为状元（或称殿元）、榜眼、探花，赐进士及第；二甲赐进士出身若干人，第一名称传胪；三甲录取名额不定，赐同进士出身。殿试亦称甲科，故所发之榜又被称为甲榜。殿试后，皇帝要赐进士宴，还要为一甲前三名的进士授官，状元授予翰林院修撰，榜眼、探花授予翰林院编修。二、三甲的进士不能立即授官者，可参加“馆选”。“馆选”即殿试二、三甲进士参加翰林院庶吉士考试。考取后称庶吉士，学习三年后补授重要官职。未考取馆选的进士也可能被授予给事中、御史、六部主事等较低官职。明代科举场上还流传着“两榜出身”和“连中三元”的佳话。在科举考试场上，既通过乡试（乙榜）中了举人，又通过殿试（甲榜）中了进士并最终获得官职的儒士，就称为“两榜出身”。凡是中乡试第一名“解元”，又中会试第一名“会元”，再中殿试第一名“状元”的儒士，被称为“连中三元”。

明代考试规则进一步严厉，不仅继承了宋代的糊名、锁院、誊录等制度，而且执行得更为严苛。即便这样，作弊之风仍禁而不止，贿买、钻营、挟带、枪替（请人代笔）、割卷（调换考卷）、传递、冒名、冒籍等屡见不鲜，诸如蝇头小楷等各式挟带的水平之高更让人咋舌不已。五花八门的作弊手段，构成了古代科场舞弊文化之大观。科举本就不易，舞弊之风的盛行又令寒门庶子的科考之路雪上加霜，可由于科举制度几乎是当时文人仕进、升官、发财的必由之路，尽管艰难，知识分子仍然拼命追逐考场，并由此显露出各种人性的丑恶，可笑又可悲。清初著名小说家吴敬梓创作的讽刺小说《儒林外史》对此刻画得入木三分、惟妙惟肖。