曹操没有在南下征途中进许县朝见汉献帝，但朝廷的事务随时都在他的掌控之中。将汉献帝迁到许县后，曹操即任命荀彧为尚书令，此职品秩不高，但负责处理朝廷日常事务，相当于朝廷的秘书长，荀彧自此离开曹操，负责留守许县。此次路过许县，曹操自然要召见荀彧，如同之前每逢大事都要问计于荀彧一样，曹操就南征荆州之事也向荀彧征求意见。《三国志·荀彧传》记载：

太祖将伐刘表，问彧策安出，彧曰：“今华夏已平，南土知困矣。可显出宛、叶而间行轻进，以掩其不意。”太祖遂行。会表病死，太祖直趋宛、叶如彧计。

由此可知，荀彧赞同此时发动南征，并提出了自己的进兵策略：大张旗鼓地从宛县、叶县出兵，但这只是制造声势，以吸引荆州方面的注意力，而将精兵由小路轻装急进，突然出现在敌人面前，以出其不意。曹操采纳了荀彧的计策，之后迅速出击，达到了预期效果。

在许县，曹操近年来还培养了一名比荀彧更可靠的助手，他就是郗虑。担任丞相后，曹操任命郗虑为御史大夫，地位高于荀彧。此举可以看作是曹操在许县配备的“双保险”，也可以看出曹操对荀彧并不放心。从以后事情的发展看，后一种可能性更大。有了郗虑，曹操对汉献帝的一举一动掌握得更加精细准确。

曹操得知，近年来跟汉献帝最能谈得来的有两个人：一个是荀悦，他是荀彧的堂兄，担任侍中，是个书呆子，跟天子所谈的话题主要集中在经学和本朝历史上，曾经受汉献帝之命续写本朝史书《汉纪》；另一个是孔融，担任少府，这个人让曹操越来越感到厌恶，他跟汉献帝很谈得来，但他们谈的不都是学术话题。路过许县，曹操自然要把郗虑秘密招来问问情况，郗虑受到过孔融的嘲讽，正想报复一番，于是说了孔融不少坏话。曹操让郗虑把孔融的罪状整理出来。郗虑不愧是郑玄的高足，很快就把材料整理好了，记载在《后汉书·孔融传》中：

少府孔融，昔在北海，见王室不静，而招合徒众，欲规不轨，云“我大圣之后，而见灭于宋，有天下者，何必卯金刀”。及与孙权使语，谤讪朝廷。又融为九列，不遵朝仪，秃巾微行，唐突宫掖。又前与白衣祢衡跌荡放言，云“父之于子，当有何亲？论其本意，实为情欲发耳。子之于母，亦复奚为？譬如寄物灿缻中，出则离矣”。既而与衡更相赞扬。衡谓融曰：“仲尼不死。”融答曰：“颜回复生。”大逆不道，宜极重诛。

在这里，郗虑列出了孔融的四条罪状。第一条说孔融过去在北海国看到汉献帝遭难，就招募徒众，意欲不轨，他曾经说自己是圣人之后，即使君临天下也没有什么不可以的。他曾说“何必卯金刀。”“卯金刀”合在一起是“劉”字。这段话的意思是，孔融那时就有造反的意思。第二条是说后来孔融与孙权的使者暗中来往，对朝廷进行诽谤。第三条是说孔融身为朝廷九卿，却不遵照朝廷礼仪，经常戴个秃巾，穿着很随便的衣服在宫廷里走来走去。第四条是说孔融跟狂士祢衡在一块儿胡说八道，说什么父之于子，有什么亲情可言？只不过是情欲的产物而已。子之于母也是一样，就像一件东西放在筐子里，拿出来以后就没有关系了。孔融还跟祢衡互相吹捧，祢衡说孔融是“仲尼不死”，孔融吹祢衡为“颜回复生”，而祢衡是曹操反感的人，已于十年前被曹操借刘表父子之手杀了。

上面四条罪状其实都很勉强。第一条估计没有多少人会相信，孔融没有那么大的抱负，他连北海国相都当不好，哪敢谋反？这一条也已无从查证，推断起来恐怕是子虚乌有。第二条是个说不清楚的问题，从官渡之战后到赤壁之战前，孙权一直表面上臣服于朝廷，经常派使者到许县来，孔融倒是有很多机会跟孙权的使者接触，但有没有通敌，不能靠推测，得靠证据说话。第三条说的情况或许有，孔融有大名士的做派，别人穿朝服、正装，他穿得随便些，这是有可能的，但这属于小问题，批评教育即可，用不着大做文章。第四条可大可小，孔融跟祢衡的关系尽人皆知，曹操不喜欢祢衡，但曹操并没有公开治祢衡的罪，孔融跟他交往在法律上是没有问题的。至于二人喜欢互相标榜，似乎也不关别人的事。

然而，汉魏时代重伦理、重小节，有些小事情也可以上升到律法层面。比如最后一条，既可以批评教育、下不为例，也可以因此治罪，判个三年、五年，甚至八年、十年。不幸的是，如果最后一条无限上纲上线，也可判处死刑。朝廷的律法就是这样，遇到模糊的东西就有模糊的处理办法，司法的量裁区间非常大。也就是说，孔融如果犯了上面所列的部分错误，处理起来既可以轻轻拿起又轻轻放下，让他以后注意；也可以直接杀了他，让他连改正的机会都没有。在郗虑看来，孔融的上述种种罪状实在罪大恶极，建议判处重刑，“宜极重诛”，立即诛杀。这个建议正合曹操的心意，予以同意。

不过，孔融毕竟是朝廷重臣，更是孔子的后人，在当时极具声名，如果不审就杀，难免引起舆论反弹。在曹操的默许下，郗虑先将奏章上达汉献帝，之后开始就孔融所犯罪行进行审理。无论是汉献帝，还是主持朝廷日常事务的荀彧，从情感上都不愿意看到悲剧发生，但他们无法扭转曹操的决定，而有郗虑这个御史大夫在朝中，审理也会快速进行。两个月后，即建安十三年（208）八月，曹操那时已到达荆州，孔子的第二十世孙、朝廷九卿之一的孔融因郗虑的告发而下狱被杀，死时五十六岁。一同被杀的还有孔融的妻子和儿女。

孔融有两个孩子，儿子九岁，女儿七岁。《后汉书·孔融传》记载，孔融被杀的消息传来，他们正在下棋，听说父亲被害的消息，这两个孩子表现出成人都少有的镇静，他们继续下棋，好像没有发生过什么一样。别人急了，说你们的父亲被杀了，还不赶快跑？这两个孩子说了一句很有名的话：“安有巢毁而卵不破乎？”这句话就是“覆巢之下，安有完卵”这一典故的由来。二人是在别人家下的棋，那家人有肉汤，哥哥想喝，妹妹说：“今日之祸，岂得久活，何赖知肉味乎？”意思是有今日之祸，还能再活多久，知道肉的味道还有意义吗？临死前，妹妹对哥哥说：“若死者有知，得见父母，岂非至愿？”如果死后有知，我们就能马上见到父母了，这岂不是我们所愿？兄妹二人从容就刑。《后汉书·孔融传》认为，曹操本不想把事情做绝，想免这两个孩子一死。不过，曹操后来听人报告说这两个孩子在家中突遭大难的情况下如何镇定自如，又说出了“安有巢毁而卵不破乎”这样的话，曹操觉得太可怕了，最终还是把他们杀了。(www.daowen.com)

孔融被判的不仅是死刑，而且是在市场上人多的地方公开处斩，之后“弃市”，也就是将尸体展览，不许收尸，不许悼念。《三国志·王修传》记载，这时有个人跑过来，抱着孔融的尸体大哭，一边哭，一边说：“文举，卿舍我死，我当复与谁语者？”文举是孔融的表字，这个人说，你舍我而去，我活着还有什么意思？他便是孔融的好朋友脂习，此时任太医令。脂习与孔融素来关系很好，看孔融越来越跟曹操对着干，曾劝他收敛些，但孔融不听，终于被杀。曹操听到消息，大怒，命人把脂习关了起来，但过了两天怒气就消了。曹操觉得脂习很讲义气，说明他很正直，曹操一向欣赏这样的人，于是原谅了他。不过，罢了他的官，让他迁到许县东土桥一带居住，算是惩罚。脂习后来还见过曹操，曹操称他为慷慨之士，并询问他的生活情况。当得知脂习生活困难时，曹操吩咐手下人给他安排新的住所，还进行了赏赐。

在汉末三国历史上，孔融是一个名气很大的人物，他是鲁国人，孔子的后人，父亲名叫孔宙，当过泰山郡都尉。孔融小时候就有与众不同的天赋。“孔融让梨”的故事家喻户晓。这个故事最早见于《世说新语》所引《融别传》中：“融四岁，与兄食梨，辄引小者。人问其故。答曰‘小儿，法当取小者’。”头顶“孔子后人”的光环，加上让梨的美谈，让孔融成了那个时代的少年楷模。不过，让孔融更为扬名的还是他与著名党人李膺的一段交往，那时他只有十岁。《后汉书·孔融传》记载，孔融随父亲来到京师，想拜会李膺，可李膺素来简重自居，不随便见客。孔融到了门口对里面的人说：“我，李君通家子孙也。”李膺于是见了这位有“通家之好”的孩子，问他：“高明父祖，尝与仆周旋乎？”孔融说：“然。先君孔子与君先人李老君，同德比义而相师友，则融与君累世通家也。”孔融说，你的先祖是老子李耳，我的先祖是孔子，他们二人亦师亦友，咱们不是“通家之好”吗？这个机智的回答让在场的人无比称赞。

孔融后来被司徒府和司空府征辟，又改任虎贲中郎将。董卓秉政，欲行废立之事，孔融反对，董卓因为孔融名气太大没有杀他，改任他为议郎。北海国黄巾军闹得很厉害，董卓想为难一下孔融，就授意三公府一起推举他为北海国相。《后汉书·孔融传》记载，孔融到了北海国，“收合士民，起兵讲武”，开始干得还不错，他还“置城邑，立学校，表显儒术”，大力发展文化事业。但是，黄巾军势头很猛，孔融说到底只是个文士，他没有能力镇压黄巾军，被迫退到都昌，被黄巾军管亥部所围，情急之下派手下太史慈到邻近的平原国向平原相刘备求救，才得以脱险。《后汉书·孔融传》说孔融“负有高气”而“才疏意广”。这是个委婉的说法，说直白些就是他眼高手低、能力有限。他最后被袁绍的儿子袁谭攻击，战斗自春至夏，每天“流矢雨集，戈矛内接”。就在这危急时刻，孔融仍然“隐几读书，谈笑自若”。但这阻挡不了袁军的进攻，城破之后，孔融丢下妻子儿女逃走。

孔融走投无路之际，曹操把献帝接到许县，因为孔融素有名气，就征他为将作大匠，后来升任少府，成为九卿之一。一开始，孔融与曹操还能合作，孔融也积极参与了许多朝政。但很快，孔融发现曹操无比专权，天子不过一个名分而已，孔融很反感，开始跟曹操唱对台戏。《后汉书·孔融传》记载，曹操曾颁布过禁酒令，目的是节约有限的粮食，保证战争所需。孔融给曹操写信非要争论一番，从尧舜到先贤，到他的祖上孔子，再到刘邦、樊哙、袁盎，引了一大堆古人，其中不乏有名的酒徒，说明饮酒的必要性和重要性，纯粹是搅局。孔融是大名士，曹操还不能不回答，曹操耐着性子给孔先生回了封信，阐明禁酒的现实意义。哪知孔融不让理，一连给曹操回了好几封信，语气越来越不友好，“频书争之，多侮慢之辞”。

曹操与袁绍相争于官渡，孔融不出来帮忙也就算了，还说风凉话，大谈和平主义，劝曹操不要兴兵。曹操想恢复古代的九州制，孔融马上对着干，提出要恢复古制就一块儿恢复。比如古制中的王畿之制，以天子为中心，千里之内应由天子直接管理，不能封给别人，导致九州制泡汤，曹操的不满可想而知。最让曹操不能容忍的是，孔融搞人身攻击。《后汉书·孔融传》记载，建安九年（204），曹操攻下邺城，十八岁的曹丕看上了二十三岁的甄宓，把她娶回家。孔融听说后给曹操写来一封信，却不是贺喜的。孔融在信里阴阳怪气地说了一句莫名其妙的话：

武王伐纣，以妲己赐周公。

这句话的意思是，周武王伐纣后，把纣王的爱姬妲己赐给了周公。并没有哪部史书记载过这件事，连饱读诗书的曹操也一头雾水。后来见到孔融，曹操当面请教其出处。孔融回答说：“以今度之，想当然耳。”根据现在的情况，顺嘴编的。曹操听了十分生气。周公是武王的弟弟，妲己是殷纣王的爱妾，武王并没有把妲己赐给周公，故而曹操翻遍史书也找不出来这是什么典故。孔融现编典故，并把曹操比作武王，将曹丕比作周公，将甄宓比作妲己。武王跟周公是兄弟，曹操跟曹丕却是父子，这里面似乎隐含着曲曲折折的暧昧之意，似乎暗示着甄宓原是曹操所爱，后来给了儿子，在这件事上曹操和曹丕父子不像父子、兄弟不是兄弟。而妲己更不是什么好女人，早已恶名远扬，用她来比甄宓，这种话也只有孔融敢说。

一向温良恭俭让的孔融为何变得如此具有攻击性呢？这或许不是孔融脾气变差了，而是他的无奈。孔融是孔子的后人，维护正统是他的本能，也是他自认的担当。但面对“皇纲失统”的现实，他也无可奈何。孔融不会主动攀附曹操，但也不甘于苟且，他活得很累。随着曹操权势的一步步巩固和上升，孔融的痛苦和无奈也在不断加剧，他对曹操种种的不敬行为只能解释为一种故意，他是在激怒曹操，希望曹操把自己杀了，从而结束自己心里的痛苦，也彻底成全他孔子后人的名声。

对付孔融这种不怕死的人，如果一言不合就挥刀，那么除了真的成就了对方外，将无一益处，曹操没有那么笨，他的办法是忍和退。一开始，众人在心里可能会替孔融暗暗叫声好，但慢慢大家也就习惯了。等大家有了“审美疲劳”，曹操就找人随便编了几条孔融的罪状，也都不是什么大问题，就把他杀了。结果并没有引起太多的舆论反弹，当年因杀边让而引发的叛乱事情也没有发生。只能说，孔融的悲剧不是个人的悲剧，也不是性格的原因，而是时代的悲剧，应归之于个人在大时代中的历史宿命。