2003年，启动了对历史文化名镇名村的命名，丰富和完善了我国历史文化遗产保护体系。建设部和国家文物局公布了第一批22个中国历史文化名镇名村，标志着历史文化名镇名村正式进入我国历史文化遗产保护体系。截至目前，国务院已公布134座国家历史文化名城，住建部和国家文物局已公布七批共计799个中国历史文化名镇名村。全国已划定历史文化街区873片，确定历史建筑2.35万处。这些不同地域的古集镇和古村落的传统风貌，基本反映了我国历史文化名镇名村的保护体系。

历史文化名城名镇名村的保护法规工作得到了健全。2005年的《国务院关于加强文化遗产保护的通知》和2007年颁布的《城乡规划法》和修订的《文物保护法》进一步明确了要加强历史文化名城名镇名村保护。2008年国务院颁布《历史文化名城名镇名村保护条例》，标志着历史文化名城名镇名村保护已经全面进入法制化轨道。2011年颁布的《中华人民共和国非物质文化遗产法》，使非物质文化遗产成为历史文化名城名镇名村保护的重要内容。

这一时期，很多学者开始反思近年来我国历史文化名城名镇名村保护的发展，就一些基本概念、政策制度、保护举措等问题进行了系统研究。同时建筑、地理、历史、经济、社会等多领域的学者逐步参与进来，相关论文、著作和课题研究日益增多，历史文化名城名镇名村保护已经成为学术领域和社会各界关注的热点。(www.daowen.com)

值得一提的是，从“十一五”开始，国家设立历史文化名城名镇名村保护专项资金，对许多历史街区、历史文化名镇名村的基础设施和环境整治进行了有力度的补助。2011年，住房城乡建设部和国家文物局开展的国家历史文化名城、中国历史文化名镇名村保护检查工作，是我国自1982年建立历史文化名城名镇名村保护制度以来的第一次全国范围的监察，有力地促进了各地的保护工作。