自从王敦兵变把持政权后，晋元帝司马睿的几个心腹忠臣死的死、逃的逃，司马睿的心情非常压抑，以致郁郁而终。司马睿病逝后，太子司马绍继位为帝，这就是晋明帝。司马睿还留下遗嘱，让王导辅助太子执政。

晋明帝即位后，不满王敦的专横，便一步步地做准备工作，起用心腹郗鉴为尚书令，作为依靠力量，和郗鉴秘密策划怎样灭掉王敦。

王敦早就对司马绍怀有戒心，当年司马睿立司马绍为太子时，他就坚决反对，如今司马绍做了皇帝，王敦更不放心，决心起兵灭晋，自己当皇帝。

晋明帝也知道了王敦的阴谋，准备立即发兵，但不清楚王敦兵营的情形，便换了服装，只带几个随从，偷偷地到王敦大营中来侦察军事部署情况。王敦正在营中午睡，忽然听到有人报告说：“有几个人骑着马在营垒中走来走去。”并描述了其中一个头领的相貌，王敦大惊说：“这一定是司马绍，快追！”当王敦派出的五个骑兵追出去后，司马绍已经逃掉了。传说司马绍逃走时，见路旁有一个卖烧饼的老太太，司马绍把自己的一根镶着七色宝石的马鞭送给她，说如果有骑兵追来，就把这根马鞭拿给他们看，又让士兵们用冷水把马刚拉下来的粪便泼湿。当追兵来到路口时，问卖烧饼的老太太有没有人刚从这里逃走，老太太拿出马鞭来，五个骑兵见马鞭非常漂亮，拿过来你看看，我看看，耽误了很长时间，再看路旁的马粪已经冷透了，认为司马绍已经逃远了，便不再去追。

王敦在积极准备起兵的时候，忽然得了病，而且病情一天天地严重起来。钱凤和王敦商量起兵的事情，钱凤问应该采取什么办法，王敦因为自己病重，不怎么有信心了，便说出了三计。钱凤出来和同伙们商量王敦提出的三计，他认为王敦的三计中，第三个计是上策，应该立即发兵东下，凭自己庞大的军事实力，一定能胜，大家都同意钱凤的意见，便发信给沈充，约定同时起兵。(www.daowen.com)

同时，晋明帝司马绍也做好了准备工作，他任命王导为大都督，丹阳尹温峤为中垒将军，与右将军卞敦共守石头城，以光禄勋应詹为护军将军，总督朱雀桥南诸军事，以郗鉴行卫将军督从驾诸军事，以庾亮领左卫将军，卞敦行中军将军，又调兖州刺史刘遐、临淮太守苏峻、徐州刺史王邃、豫州刺史祖约等进京护卫，正式发诏讨伐王敦。

王敦一面给朝廷上表，要求除掉温峤，想再重演过去讨伐刘隗的故事，一面命堂兄王含为主帅，与钱凤、邓岳、周抚等人率领水陆大兵五万，向秦淮河南岸进攻。结果王含被苏峻、刘遐的大兵打败，王敦在重病中听说王含兵败，还大骂这个堂兄不中用，准备自己带病出任主帅，还没起床，便倒下去死了。

王敦一死，晋军大振，沈充、钱凤接连战败，在战斗中被杀，王含、王应父子二人逃到荆州投奔荆州刺史王舒，王舒虽然也是王氏家族人，但他不支持王敦，当王含父子俩来到荆州时，王舒将王含、王应沉在江中淹死。到这时，王敦的叛乱终于被彻底扫平。