规划确定后，遂即组建了根治海河指挥部。当时的河北省委副书记、副省长阎达开任总指挥，天津市副市长王培仁、河北省副省长谢辉等任副总指挥，水电部副部长王英先兼任指挥部副总指挥。地、县、公社等各级党政军机关和有关企事业等部门，相继抽调上万名干部建立了严密的组织指挥系统。省、地根治海河指挥部设有中共党的组织，行政领导设有正副指挥、正副政治委员，办事机构设有办公室、政治处，工程、后勤、供应、计划处等。县、公社采取军队建制形式，组成团、连、排（班）。县为团级，设正副团长和正副政委，下设办公室、工程、后勤、政工等科室。公社为连级，由公社脱产干部一至二人担任连长、指导员，并建立临时党支部。排（班）长从民工中选拔。各个连队还选拔二至三名心灵手巧的民工担任施工技术员，负责落实指挥施工技术。

各级根治海河指挥部，负责宣传发动群众，组织民工队伍，领导指挥民工组织按照统一规划和工程设计标准进行施工。

在根治海河期间，党和国家领导人极其关注工程进展，及时给予治河大军鼓励与支持。周总理亲自审定海河治理规划，并且关切地指出：要在中下游开辟排洪入海通道，彻底根治海河，解决洪水泛滥所造成的水患问题。李先念副总理每年都要听取海河情况汇报，并主持召开中央有关部门参加研究审查海河的计划安排，要求把根治海河所需要的资金和物料列入国家计划，指示有关部门尽先落实投资，尽先解决钢筋、水泥、木材等材料，尽先安排运输，保证根治海河工程顺利进行。1972年新华社《内部参考》发表一篇有关《河北省治理海河处理白洋淀措施不当，水产资源遭到破坏》的报道。周总理看后当即批示：“在讨论长江葛洲坝后，也要谈一下海河水利工程，预约河北、天津管水利的同志来京讨论。”1972年11月14日，水电部召集了有河北省、天津市、保定和沧州地区，以及安新县、任丘县负责同志参加的“白洋淀问题座谈会。”周总理在听取河北省负责人汇报时说：“白洋淀的问题，你们两个县（安新县、任丘县）可以搞统筹嘛，为什么那样对立？任丘要求少围埝，你（安新县）就多围一点，为什么有倾向性？也难怪，都是要把本县搞上去。千里堤决口淹几个县？千里堤不能决口，上边决口也不好。”又说：“你们（河北省）现在是把水排除了，……出口找到了，可水都跑走了。你们蓄泄结合起来才好。光蓄不对，光泄也不行，还要蓄。”这些指示对根沿海河水利工程进一步指明了方向。

各级指挥部的工作人员，一年两季随民工进入施工场地具体指挥落实施工任务。特别是地、县指挥部的全体人员与民工一样在工地上搭席棚、建炉灶，吃住在工地上。连、排干部就与民工同吃、同住、同施工，而且是以身作则，吃苦在前，享乐在后，哪里有困难，就到哪里干。

由于有党的坚强领导，严密的组织指挥机构，仅河北省于1965年冬季组织发动84个县，四十九万五千多民工投入黑龙港地区的水利治理，取得了首战告捷。当号召出工治河时，各地男女青壮年踊跃报名，父母送儿子，妻子送丈夫，父子争出工，兄弟姐妹齐报名。河北省阜城县漫河村穆大娘在旧社会流浪讨饭双目失明，饱尝了水灾之苦，1965年秋，她听到根治海河要人出工，就替儿子穆宗新报了名，并拿着讨饭的破篮子给儿子讲家史，讲过去遭水害的情景，勉励儿子一心去治河。宝坻县厂家窝村李俭大爷的大儿子李庆贵，在治河工地不幸牺牲，这位老人又把二儿子李庆琛送到工地，叫他接过哥哥的小推车继续完成治河任务。根治海河是远征施工，生活艰苦，劳动强度大，本来不动员妇女出工，可是广大青年妇女坚决要求出工治河。蒿城、玉田、静海、临西等县和保定市民工团先后组成“红姑娘排”、“铁姑娘连”一次又一次地参加根治海河战斗。

根治海河连续大干14个春秋，从1965年冬季开始到1979年，每年都有三五十万人南征北战，有重点、分阶段地对中下游行洪河道和除涝河道进行了大规模治理：

①自1965年冬至1968年春，先治理了海河流域南部黑龙港地区的宣惠河、老漳河、索芦河、老盐河、南排河、江江河、徒骇河、马颊河及任河大干渠等排沥河道。接着新挖了子牙新河、滏阳新河，扩挖了滹沱河、滏阳河中游河道等排洪河道。(www.daowen.com)

②1968年冬至1975年春，治河大军转移到海河流域北部，治理了独流减河、大清河南北支、永定新河、北京排污河、潮白新河、青龙湾、北运河、蓟运河、还乡河、龙河、捷地减河等排洪河道。同时加固了中部和南部的滹沱河北堤和南堤，治理了漳卫新河、卫运河、卫河等河道。

③自1976年冬至1979年春治理了唐山大地震时震毁的河道和输水干渠，疏浚了清凉江，扩挖了北排河、滏东排河和老沙河。还进行了一些支流的除涝配套工程。

此外，对山区在“大跃进”时期修建的21座大型水库，进行了续建、扩建和加固，提高了这些水库的防洪标准，由原来可防百年、三百年一遇大洪水，分别提高可防五百年、一千年一遇大洪水。这些水库的库容、发电量、灌溉等综合效益也都有增加。与此同时，还增建了滏阳河支流沙河上的朱庄水库，滦河上的潘家口、大黑汀水库，还对沿滏阳河的宁晋汩、大陆泽和沿大清河的白洋淀等滞洪洼淀区进行了整修。

根治海河14年，总共新挖和扩挖34条骨干河道，总长三千七百多公里，修筑防洪大堤四千三百多公里，开挖疏浚了270条支流河道和十五万多条沟渠。在河道上修建了六万多座桥、闸、涵洞。在中上游修建大中小型水库一百七十多座，总库容二万七千多亿立方米。这些工程的建成，改变了过去五大河流汇集天津入海的局面，加大了入海通道，使排洪排涝能力比1963年提高五倍多，比建国前提高10倍。

总之，14年中，按照根治海河统一规划，一条河一条河地治理，一般都是当年施工，当年完成，当年受益。如潮白河在治理前洪峰超过200秒立米就漫溢决口，或向沿河的七里海、大黄庄洼分洪，1972年开挖了潮白新河后，一次上游泄来洪水洪峰达800秒立米得以安全下泄入海。黑龙港系经过治理后，1969年7月下旬有2000平方公里，降雨量超过了20年一遇的标准，暴雨中心区日降雨量420毫米，但淹地减少了80%左右。1972年讯期，地处黑龙港地区的静海县贾口洼，一次上游来水115秒立米，很快通过扬水站配套工程把积水排出。经过14年的综合治理，海河流域的水利条件，工农业生产，城乡人民生活。都发生很大变化。洪水有了下泄入海口，沥涝有了排水出路。改变了昔日十年九涝，严重时受灾百余县，淹没耕地几千万亩，京津被淹，铁路被冲，房屋倒塌，出现人畜伤亡的悲惨状况。海河流域农田灌溉面积由治理前的2700万亩，增加到4900万亩，盐碱化程度大为降低，盐碱地由治理前的三千多万亩，减到1400万亩，农业产量较前增加了。如黑龙港地区以往历年缺粮，从1953年到1967年，吃国家供应粮食87亿斤，治理后，每年粮食能够自给，甚至自给有余。此外，治理后还解决了城市工业和生活用水及山区人畜饮水，如1966年兴建了引密云水库入京的引水工程，密云水库之水源源不断输往北京城。同时还引密云、潘家口、大黑汀水库之水供应天津和唐山市的用水。