一九三九年秋，树勋奉石友三之命率部西开。当部队在山东德州和禹城一带越过铁路时，曾遭到日寇的截击。他们一边打一边向西南走，经阳谷到了山东边界的朝城，日寇仍赶上来打。树勋的部队退到河南清丰，驻仙庄集，日寇停止了追击，就抓紧时机发动地方赶制棉衣，但石友三却命令树勋开赴南宫以北去打八路军。树勋同志不愿与八路军作战，就拖延未动，石友三认为他不听命令，从此关系越来越坏。军队穿不上棉衣，石友三不发，最后由曾是西北军旧人的濮阳专员丁树本帮助筹办了三千套棉衣，另由鲁西行署陈明韶帮助筹办了三千套棉衣，才勉强解决了军队的棉衣问题。

这时，石友三和日寇的勾结活动逐渐公开化。他一方面派他弟弟石友信与日寇接洽投降；一方面派人到树勋处探听口气。早在驻防彰德时，他就派程希贤来同树勋讲过，程说：“蒋介石这个王八蛋不是东西，我们在这卖命，不知哪天就象韩向方（复榘）一样被他宰了呢！与其等他宰了，为什么不早作打算呢？”树勋同志答：“伟儒（程希贤字），我们可以痛骂蒋介石，可以反对他，可是今天是对外的民族战争，尽管蒋介石把向方杀了，我们哪能因为反对蒋而倒向敌人方面去！在这个大关大节的当口，可不能有丝毫的动摇。”又有一次，程希贤来说：“建侯（树勋字），我们为什么不早与日方妥协，架着石老总到太行山大旗一树，轰轰烈烈地干一番呢？”树勋料定他是受石友三之命前来试探，当即加以反驳，程希贤扫兴而去。

石友三想投降日本，但他率领的两个团原是由树勋训练的保安部队拨给他的，他怕不听他调动，所以几次三番要树勋和他一起下水。经程希贤几次试探失败，树勋就成为石友三投降日寇的主要障碍。石与树勋同志间的矛盾也就日益加深。

濮阳专员丁树本拥有几千人的保安队，当石部南撤时，曾令丁出兵掩护，丁没有照办，对石也就怀有戒心。石为人阴险毒辣，翻脸无情，树勋同志和丁树本同样怕遭石的毒手，对这时已撤驻濮阳一带的石友三，极力避免见面。当时国民党冀察战区游击总指挥孙良诚也退到濮阳附近，他是西北军中资格较老的人，想出面调解，便约定由丁树本作东，在濮阳县东北的一个村庄会宴。这次会宴，丁带着一个营，石和树勋同志各带一个手枪连，只有孙没有带人，好象鸿门宴，互相戒备中只寒暄了几句，没谈什么问题吃顿饭而罢。

石友三的参谋长王清瀚，与树勋的关系很好，经常暗中通些消息。有一次王带来消息，要他注意山东济宁、归德（今河南商丘）、河南开封三方面的日军情况，应早作转移准备，因当时正在给部队做单衣，又觉得日军距离较远，所以树勋同志在山东定陶县驻防时未作转移的布置。但济宁、开封，归德三处日军突然围攻上来，很快形成三面包围，树勋率部应战，在敌人优势火力之下打了一天，设在定陶县大陈楼寨内的指挥部也遭受猛烈袭击，树勋同志从交通沟潜出寨外指挥干部训练班的学员和警卫人员对敌寇战斗，并突围脱险。在这次战斗中，我的六哥刘秀岭（在树勋同志的队部中任团长），英勇牺牲。

这次战斗之后，树勋带队撤到石友三的防地山东单县（邻近河南、安徽、江苏），敌寇不再追赶。石友三派了一个参谋来探问，他满以为树勋同志被日寇打死，一见树勋还在，就改口吻说石总司令惦念高军长的安全，特派我来问候。还邀请树勋到石那里去住才安全。树勋说：“我不想离开这里，请代我谢谢总司令吧！”并应这参谋之请，写了封简短的信，让他回去复命。

经过这次事件，树勋同志想到为什么日寇只打我而不打石友三？为什么行动之前王清瀚预先知道？为什么战事刚停他就派人来探问我的生死？可见这是石友三勾结日本人欲置我于死地。从此，他更加警惕石友三的阴谋，以防不测；同时，也下了除掉这个大汉奸的决心。

不久，石友三、孙良诚和树勋同志奉命各派一个团越过陇海路去河南周口接运粮饷弹药。石和孙的队伍都安全通过，惟独树勋的队伍遭到日寇的截击，队伍被打散，剩下六、七百人勉强把饷弹接回。事后得悉，石友信在归德和日寇联络过，所以石、孙两部安全通过铁路线。

这以后，树勋还接过石友三的命令，说日本飞机来时不准射击。树勋同志更是疑惑不解，他曾对孙良诚谈起过内心的苦恼：“你见过通知了吧？日本的飞机不叫打，如果这样干，不是汉奸又是什么呢？当汉奸我可不干！”他说着难过的哭了。孙良诚劝他说：“我想石不会那样作！”其实，孙良诚也有了投敌的打算，曾对树勋谈过：“有人路过南京见了刘郁芬（西北军旧人，当时是汪精卫伪政权的参谋总长），他对我们很关心，必要时可以找他帮帮忙。”树勋当即坚决表示：“汉奸决不能当，我们要给儿孙留条路。”以后树勋同志才知道石、孙二人都在进行投降活动。

这时，石友三与日寇的勾结更加紧密。石友三在天津结识的一个女人叫林慰君，要来濮阳与石结婚，走到济南受日本人留难，要求石去接。石派毕载奕和王清瀚前往。日方提出要石友三投降的条件，如名义、饷项、给养以及今后行动等等，毕和王代表石洽谈，石友三一一承认，日寇才准许林慰君随同毕、王回到河南濮阳。(www.daowen.com)

石友三与林慰君结婚那天，树勋料定这是喜期不会出事，就去道贺。后来知道石友三原打算当天要下手谋杀树勋，由于一个幕僚建议喜事日子别动手，树勋才幸免于难。

但树勋在那天晚上却从王清瀚那里得知石友三投降日寇的条件内容，主要是石率部向河北大名方面靠拢，宣布与华北伪组织合流。日寇给石以河北省省长兼治安军总司令名义，部队能带走多少算多少，以后可以补缺额，补枪支。发动时发给开拔费和给养弹药，部队到达指定地点发给一个月全饷等等。

树勋回到防地，感到石友三投敌已迫在眉睫，需要采取紧急对策。有一天，毕载奕、王清瀚、臧元骏一同来到树勋同志处，谈起石友三投敌问题，毕载奕说：“李福和想当汉奸，就有个部下黄宇宙把他干掉，难道我们这里就没有个黄宇宙？”树勋感到这是用“激将法”，但众人在场，未便表示态度。后来，臧元骏一个人留下，对树勋说：“毕载奕和王清瀚都反对石投敌。我和毕由重庆来的时候路过洛阳，卫立煌司令长官秘密指示过，要设法制止石友三的投敌活动，必要时可以相机处理。”臧又说：“石的两个军长米文和、张雨亭也不愿随石去当汉奸。”树勋了解到这些情况后，坚定了除掉这个民族败类的决心。通过臧元骏的活动，同米文和、张雨亭谈妥，采取非常行动，石友三走到哪里就在哪里动手扣留。

正巧，孙良诚应毕载奕几人之请再次邀石友三和树勋调停误会。一九四〇年十一月下旬，一天正刮大风天很冷，树勋同志带着军队在野外下操，忽见远处来了人马，有人报告：“石总司令、孙总指挥来了！”树勋立即找来卫队营长高金兰作了扣石的布置，然后将石、孙二人迎进他的军部所在地柳下屯村内，让到屋内寒暄一阵。这时，臧元骏来了，树勋迎到院里，臧悄悄地说：“听说你们西北军的人都怕石友三，你今天扣他不扣？”树勋说：“不是早就讲好了吗！马上就扣他！”当即命令埋伏好的卫队将石友三当场扣押。

这时孙良诚大为惊愕，问是怎么回事，树勋同志说：“这是中央（指国民党中央）的意思，他到哪里就在哪里扣他，把他拿掉，我们大家好一齐抗战。”随即将扣捕石友三经过电告卫立煌，接到复电就地将石友三正法，是以绳套勒毙的。

石友信听他哥哥被捕杀，从北平赶回来，气势汹汹要给石友三报仇，当他正找孙良诚吵闹时，就被毕载奕的副官从旁开枪打死。

十二月中旬，卫立煌来电发表树勋同志为三十九集团军总司令，要他驻守原地，负责石部的善后问题。

日本人得悉石友三被处决，就要消灭树勋同志的部队。不久，孙良诚到开封当了汉奸，日寇就集中兵力围歼树勋的部队。部队由鄄城（山东省西南部）往东明、曹县（以上两地都在山东东南部）转移。当时我和我儿子也随军转移，从东明到菏泽的公路上日寇的坦克络绎不绝，我们一度跑失散了，后来又被树勋同志派人把我们找回。我们以一夜走一百八十里的急行军，路过定陶（山东西南部）等地。这时，八路军派唐哲民来找树勋同志，劝他不要走了，留下来和八路军一起抗战。树勋说：“请你转告党，我和八路军一定合作。国共将来一定要打，现在我们约定，只要内战一发生，我就一定过来。”唐哲民临行时说，他在重庆有个儿子，托付树勋如到重庆请为照顾。（后来树勋到了重庆，专门找到了唐的儿子，还给了几千元的生活费。）这以后，树勋同志的队伍就越过陇海路到达国民党统治区的河南省项城县。