在水事纠纷发生以后，当事双方人民政府和有关主管部门必须及时采取措施，约束自己一方的干部和群众，妥善处理水事纠纷。要防止矛盾激化，扩大事态，形成对抗事件。水事纠纷处理的程序性规范则集中表述于新《水法》第五十六条、第五十七条和第五十八条。

第五十六条　不同行政区域之间发生的水事纠纷的，应当协商处理：协商不成的，由上一级人民政府裁决，有关各方必须遵照执行。在水事纠纷解决之前，未经各方达成协议或者共同的上一级人民政府批准，在行政区域交界线两侧一定范围内，任何一方不得修建排水、阻水、引水和截（蓄）水工程，不得单方面改变水的现状。

第五十七条　单位之间、个人之间、单位与个人之间发生的水事纠纷，应当协商解决；当事人不愿协商或者协商不成的，可以申请县级以上地方人民政府或者其授权的部门调解，也可以直接向人民法院提起民事诉讼；县级以上地方人民政府或者其授权的部门调解不成的，当事人可以向人民法院提起民事诉讼。

在水事纠纷解决前，当事人不得单方面改变现状。

第五十八条　县级以上人民政府或者其授权的部门在处理水事纠纷时，有权采取临时处置措施，有关各方或者当事人必须服从。

（1）第五十六条所称的不同行政区域之间的水事纠纷，双方当事人都是行政区域的代表，涉及地区之间的水事权益，不是一般的民事纠纷，而是属于行政争端，适用于行政法律关系。应当按照行政管理的组织原则，首先由当事双方本着团结协作、互谅互让的精神主动协商；协商不成的，由上一级人民政府裁决；上一级人民政府在裁决前可以组织或者其授权主管部门组织双方协商解决。上一级政府的裁决决定，应视为最终裁决，有关各方必须遵照执行。(www.daowen.com)

这里需要说明的是，按照水利部“三定方案”规定，水利部负责协调并仲裁省际间水事纠纷，这应该理解为国务院将对水事纠纷的裁决权授予了水利部，但是重大的省际间水事纠纷仍然应该报国务院裁决。同时按照中编办关于流域机构“三定方案”规定，流域机构应该对省际水事纠纷进行调处。

本条“在水事纠纷解决之间，未经各方达成协议或者共同的上一级人民政府批准，在行政区域交界线两侧一定范围内，任何一方不得修建排水、阻水、引水和截（蓄）水工程，不得单方面改变水的现状”的规定，起源于20世纪60年代党中央和国务院在处理平原地区边界水事纠纷的文件中，为解决当时的水事纠纷创造了条件。《河道管理条例》第十九条对此规定进一步细化，即“省、自治区、直辖市以河道为边界的，在河道两岸外侧各十公里范围之内，以及跨省、自治区、直辖市的河道，未经双方协商达成协议或者国务院水利行政主管部门批准，禁止单方面修建排水、阻水、引水、蓄水工程以及河道整治工程”。在贯彻新《水法》中，应当结合《河道管理条例》第十九条，共同维护边界地区的水利秩序。

（2）第五十七条所称的单位之间、个人之间、单位与个人之间发生的水事纠纷，是属于民事性质的纠纷。这类水事纠纷既受水法调整，也受民法调整，按照处理民事关系的法律规范，首先由当事双方协商，当事人不愿协商或者协商不成的，可以申请地方人民政府或者授权部门调解。调解不同于协商，也不同行政裁决，它必须当事双方认可才能生效。当事人不愿协商或者协商与调解不成的，当事人都可以向人民法院提起诉讼。这里所指的诉讼，是民事诉讼，不是行政诉讼，被告是当事的另一方，而不是调处水事纠纷的政府或者授权部门。

（3）第五十八条规定县级以上人民政府或者其授权的部门在处理水事纠纷时，有权采取临时处置措施，有关各方和当事人必须服从。这是为了防止纠纷激化，扩大事态，造成更大损失而规定的特别授权。