根据新《水法》第三十二条规定，进行水功能区划应注意以下几个方面：

（1）水功能区划必须以流域为单元，以流域综合规划、水资源保护规划和经济社会发展要求为依据。

（2）水功能区实行分级划分、管理。即国家确定的重要江河、湖泊，由国务院水行政主管部门会同国务院环境保护行政主管部门、有关部门和有关省、自治区、直辖市人民政府，按照流域综合规划、水资源保护规划和经济发展要求划定水功能区，报国务院批准；跨省、自治区、直辖市的其他江河、湖泊，由有关流域管理机构会同江河、湖泊所在地的省、自治区、直辖市人民政府水行政主管部门、环境保护行政主管部门和其他有关部门拟定，分别经有关省、自治区、直辖市人民政府审查提出意见后，由国务院水行政主管部门会同国务院环境保护行政主管部门审核，报国务院或者其授权的部门批准。

除上述江河湖泊以外的其他江河、湖泊，由县级以上地方人民政府水行政主管部门会同同级人民政府环境保护行政主管部门和有关部门拟定，报同级人民政府或者其授权的部门批准，并报上一级水行政主管部门和环境保护行政主管部门备案。(www.daowen.com)

（3）以水资源承载能力为依据，确定污染物排放总量。污染控制应建立在水资源的承载能力基础上，实行污染物浓度控制与总量控制相结合。水域都有自己的自净能力，当水域容纳了超过其自身净化能力的污染物质时，就表现出被污染的特征。要保护水体，首先要确定其自身的纳污能力。

新《水法》第三十二条规定：“县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构应当按照水功能区对水质的要求和水体的自然净化能力，核定该水域的纳污能力，向环境保护行政主管部门提出该水域的限制排污总量意见。”这是对水污染防治工作的一个突破，使水污染防治与水资源的综合开发、利用、保护相结合，使防治工作更加科学、合理。

（4）对水功能区区划的监测与管理。加强水功能区的监测和监督管理是保证水功能区水质目标的重要手段之一。新《水法》第三十二条规定：“县级以上地方人民政府水行政主管部门和流域管理机构应当对水功能区的水质状况进行监测，发现重点污染物排放总量超过控制指标的，或者水功能区的水质未达到水域使用功能对水质的要求的，应当及时报告有关人民政府采取治理措施，并向环境保护行政主管部门通报。”