以流域为单元对水资源实行管理是当前世界水资源管理的共同经验。1992年在巴西里约热内卢召开的联合国环境与发展会议，全世界102个国家元首或政府首脑通过并签署的《21世纪议程》中，要求按照流域一级或子一级对水资源进行管理。原《水法》对流域管理、流域机构的法律地位缺乏规定，地方分割管理造成的弊端和实施统一管理解决黄河、塔里木河、黑河断流的成功经验，从正反两方面说明了加强流域管理是水资源实现可持续利用必不可少的环节，十分重要和紧迫。因此，明确流域机构在水资源管理中的地位，建立和完善流域管理的法律制度是这次《水法》修改的一个重点。

我国的水管理体制与国外有一个重要的不同，由于兴修水利、防治水害在我国有特殊重要性，是一项重要的政府职能，我国各级地方政府在水资源管理中具有重要的职责和完整的管理体系，多年来在和水资源开发、利用、节约和保护中发挥了重要的作用。而在许多国家江河、水资源主要由流域机构管理，地方政府没有设立专门的机构。新《水法》根据我国的实际规定水资源实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制。规定流域管理机构“在所管辖的范围内行使法律、行政法规规定的和国务院水行政主管部门授予的水资源管理和监督职责”。新《水法》授权流域管理机构在水资源管理和监督方面主要职责是：

（1）负责《水法》等有关法律法规的实施和监督检查，拟订流域性水利政策法规，负责职权范围的水行政执法和查处水事违法案件，负责调处省际间水事纠纷。

（2）组织编制流域综合规划及有关的专业或专项规划并负责监督实施。

（3）统一管理流域水资源。负责组织流域水资源调查评价；组织拟订流域内省际水量分配方案和年度调度计划以及旱情紧急情况下水量调度预案，实施水量统一调度。组织指导流域内有关重大建设项目的水资源论证工作；在授权范围内组织实施取水许可制度，组织指导流域的水文工作，发布流域水资源公报。(www.daowen.com)

（4）组织流域水功能区划，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见，负责对省界和重要水域的水质水量监测。

（5）组织指导流域内江河、湖泊水域和岸线的开发、利用、管理和保护。

流域管理与行政区域管理相结合总的原则是按照新《水法》及其他水法律、法规的规定和国务院水行政主管部门的授权各负其责，相互配合、相互支持，共同把流域的水资源管好。流域机构重点抓好流域内带全局性、涉及省际间以及地方难以办到的事，并为流域内各省、自治区、直辖市做好服务。但是，具体操作还需要进行不断的探索。要统一认识，提高全社会对流域管理重要性的认识，支持流域管理；要继续完善流域管理法律、法规，建立完善流域管理制度，使其具体，可操作；要积极探索地方、部门共同参与的流域管理新机制，把流域管理提高到一个新水平。