水资源的开发、利用、节约和保护涉及各行各业，是一项多部门、多领域的工作，各部门必须共同努力才能把水资源开发、利用和保护好，使水资源实现可持续利用。加强水资源的统一管理和发挥各有关部门的作用是一个事物的两个方面，相辅相成，缺一不可。水资源的统一管理主要是由水行政主管部门对水资源的立法、规划、配置、调度、水资源权属管理和有偿使用制度的实施、监督等实施统一管理和监督。水行政主管部门和各有关部门在水资源管理工作中的职责分工，国务院通过各部门的“三定”方案作出具体规定。1998年国务院机构改革中，国务院明确水利部为国务院主管水行政的部门，并规定原地质矿产部承担的地下水行政管理职能，交给水利部承担。开采矿泉水、地热水，只办理取水许可证，不再办理采矿许可证；原由建设部承担的指导城市防洪职能、城市规划区地下水资源管理保护职能，交水利部承担。建设部门负责指导城市采水和管网输水，用水用户的节约用水工作并接受水利部门的监督。同时，在“三定”方案中明确，水利部负责拟定水资源保护规划、组织水功能区划审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见。国务院水行政主管部门在水资源管理方面的主要职责是：

（1）拟定水利工作的方针政策、发展战略和中长期规划，组织起草有关法律法规并监督实施。

（2）统一管理水资源（空中水、地表水、地下水）。组织制定全国水资源战略规划，负责全国水资源的宏观配置。组织拟定全国和跨省（自治区、直辖市）水长期供求计划、水量分配方案并监督实施；组织有关国民经济总体规划，城市规划及重大建设项目的水资源和防洪的论证；发布国家水资源公报；指导全国水文工作。

（3）组织实施取水许可制度和水资源有偿使用制度。拟定节约用水政策，编制节约用水规划，制定有关标准，组织、指导和监督节约用水工作。

（4）按照国家资源和环境保护的有关法律法规，拟定水资源保护规划；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测江河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见。(www.daowen.com)

（5）组织、指导江河、湖泊水域及岸线的治理、开发、管理、保护。

（6）组织、指导水政监察和水行政执法；协调并仲裁部门间和省（自治区、直辖市）间的水事纠纷。

按照《水法》、有关法律、行政法规和国务院机构“三定”的规定，国务院发展计划主管部门和水行政主管部门负责全国水资源的宏观调配。各级发展计划主管部门负责审查批准本地区水中长期供求规划、会同同级水行政主管部门制定年度用水计划；经济综合主管部门负责淘汰落后的、耗水量高的工艺、产品和设备制度的实施；环境保护主管部门负责对水污染防治实行统一的监督管理；国土资源部门负责管理水文地质，监测、监督防止地下水的过量开采与污染；建设部门负责指导城市供水节水、城市规划区内地下水的开发、利用和保护。

在处理部门关系上，首先是要统一认识。要提高对加强水资源统一管理重要性和紧迫性的认识。加强水资源统一管理是实现水资源可持续利用的需要、是解决我国面临的水问题的客观需要，不是部门的利益之争。既要反对“分割管理”，又要防止脱离实际的“包揽一切”。其次，要划清职责，明确各部门的责任、权限，并使权力与责任挂钩，权力与利益脱钩。分工负责，团结协作是做好水资源工作的保证，在这方面各级水行政主管部门要主动和各有关部门多沟通，团结合作共同把水资源管好。