在贯彻实施原《水法》时，首先暴露出的矛盾就是推行水资源统一管理十分艰难，影响了水资源的合理配置和高效利用，影响了《水法》的贯彻实施。各地反映强烈，纷纷通过各种途径要求对《水法》第九条进行修订。1992年全国人大财经委员会和1997年全国人大环境与资源委员会的水法执法检查组向全国人大常委会报告中，都提出修改《水法》中第九条有关水资源管理体制的规定。报告指出“根据我国水资源严重短缺，城乡用水矛盾日益突出和地下水相通的情况，城乡水资源必须统一管理，制定《水法》的根本意义也在于此。《水法》第九条由于这一规定涉及部门之间的分工不够明确，工作中存在扯皮现象，有的部门还自行向下发文件，强调归本部门管理，给地方上增加了困难。《水法》第九条应尽早修改”。“水资源是一种多功能的动态资源，地表水、地下水相互转化，难以按照城乡划分，只有以流域和区域为单元，对地表水和地下水、城乡水资源实行统一规划、统一调配、统一管理，才能做到统筹兼顾各部门、各地区的利益，发挥水资源综合效益，才能更好地解决城乡当前出现的供水严重不足和水环境破坏带来的严重后果，保障国民经济持续快速健康发展”。与此同时，国务院也按照《水法》的要求，采取措施，划清部门职责，特别是1998年国务院机构改革中，对各部门的职责进行了重要的调整，强化统一管理，加强流域管理。

1999年以来由黄河水利委员会对黄河全河水量进行统一调度，在干旱严重的情况下实现了黄河不断流。塔里木河、黑河实行全流域水量统一调度，取得了比较好的效果。一些地区实行水资源统一管理，在解决本地区水资源面临的突出问题中取得了较好的成效。例如陕西水行政主管部门依托农业灌溉水源，先后建成石头河水库向西安市供水工程，桃曲坡水库向铜川市供水工程，王瑶水库向延安供水工程，使这三个严重缺水的城市基本摆脱了缺水的困境。石头河水库在原来的农业灌溉面积不减少，水力发电量不受影响的情况下，每年向西安市供水1亿立方米。这些实践为改革我国水管理体制提供了有益的经验和良好的环境。党的十五届五中全会提出要“改革水管理体制”，“建立适应社会主义市场经济要求的集中统一，精干高效、依法行政、具有权威的资源管理新体制”。因此，在对原《水法》修改时，改革水资源管理体制，加强水资源统一管理是各方面最为关心的问题，也是修改内容的重中之重。

新《水法》从水资源的自身特性和我国的政治体制出发，按照资源管理与开发利用管理分开的原则，建立流域管理与区域管理相结合，统一管理与分级管理相结合的水资源管理体制。新《水法》对水资源管理体制主要作了以下规定：

第三条　水资源属于国家所有。水资源的所有权由国务院代表国家行使。

第十二条　国家对水资源实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制。

国务院水行政主管部门负责全国水资源的统一管理和监督工作。

国务院水行政主管部门在国家确定的重要江河、湖泊设立的流域管理机构（以下简称流域管理机构），在所管辖的范围内行使法律、行政法规规定的和国务院水行政主管部门授予的水资源管理和监督职责。(www.daowen.com)

第十三条　国务院有关部门按照职责分工，负责水资源开发、利用、节约和保护的有关工作。

县级以上地方人民政府有关部门按照职责分工，负责本行政区域内水资源开发、利用、节约和保护的有关工作。

新水法关于水资源管理体制的规定，概括起来包括以下的内容：

（1）水资源必须统一管理，不能部门分割管理。按照资源管理与开发、利用、节约和保护管理分开的原则，各级政府水行政主管部门代表国家负责水资源统一管理和监督工作。政府的其他有关部门按照职责分工，负责开发、利用、节约和保护的有关工作，但不负责资源管理。在水资源的权属管理和规划、调配、立法等重要的水事活动统一管理的前提下，发挥各部门在开发利用水资源中的作用，各部门开发、利用、节约和保护水资源制定的各项专业规划必须服从流域或区域的综合规划，即“一龙管水、多龙治水”。

（2）水资源的统一管理是对地表水、地下水，城市与农村，水量与水质实行整体性的综合管理。水资源管理的核心是水资源的权属管理。水资源权属管理当前主要是对水资源实行统一规划、统一配置、统一调度、统一发放取水许可证、统一实施水资源有偿使用制度、统一管理水量水质。

（3）水资源的权属管理按照流域管理与行政区域管理相结合、统一管理与分级管理相结合的原则实行。水资源的所有权由国务院代表国家行使。国家统一制定全国水资源战略规划，以流域为单元对水资源实行统一规划、统一配置、统一监督管理。经国家批准的流域规划是流域内水事活动的基本依据，地方政府在中央的统一规划和监督管理下，对其权限内的水资源的所有权实行统一管理，地方制定的区域规划必须服从所在流域的流域规划。