问：跨省二级机构有残疾人工资，在计算企业所得税应纳税所得额时按100%加计扣除，是由总公司统一备案，还是需要在二级机构所在地税务局备案，再由总公司汇总备案？

答：《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第二条规定，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业（以下简称汇总纳税企业），除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法。

第二十一条规定，汇总纳税企业总机构和分支机构应依法办理税务登记，接受所在地主管税务机关的监督和管理。

第二十六条规定，对于按照税收法律、法规和其他规定，由分支机构所在地主管税务机关管理的企业所得税优惠事项，分支机构所在地主管税务机关应加强审批（核）、备案管理，并通过评估、检查和台账管理等手段，加强后续管理。(www.daowen.com)

第二十九条规定，税务机关应将汇总纳税企业总机构、分支机构的税务登记信息、备案信息、总机构出具的分支机构有效证明情况及分支机构审核鉴定情况、企业所得税月（季）度预缴纳税申报表和年度纳税申报表、汇总纳税企业分支机构所得税分配表、财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）、企业所得税款入库情况、资产损失情况、税收优惠情况、各分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明、税务检查及查补税款分摊和入库情况等信息，定期分省汇总上传至国家税务总局跨地区经营汇总纳税企业管理信息交换平台。

根据上述规定，如问题中二级机构为跨地区设立的分支机构，则属于上述文件中规定的应汇总缴纳企业所得税的纳税人。其分支机构应当在所在地办理税务登记，并接受所在地主管税务机关的日常管理。对于分支机构按照税收法律、法规和其他规定，应享受的企业所得税优惠事项，应向所在地主管税务机关申请办理审批（核）、备案等手续，备案后由税务机关上传到国家税务总局跨地区经营汇总纳税企业管理信息交换平台。