基于现有技术的局限和法律法规的不尽完善，电子商务合同也存在许多问题，为维护交易安全带来不少实际困难。

（一）履约能力审核难

鉴于电子商务交易一般采取用户付款至第三方保管，然后交付的交易流程，用户的履约能力原则上是可以提前确认的，但从事网络商品交易及有关服务的经营者的履约能力审查却存在一定障碍。

根据《网络交易管理办法》第七条、第八条以及第二十三条的规定，从事网络商品交易及有关服务的经营者，应当依法办理工商登记。从事网络商品交易的自然人，应当通过第三方交易平台开展经营活动，并向第三方交易平台提交其姓名、地址、有效身份证明、有效联系方式等真实身份信息，具备登记注册条件的，依法办理工商登记。已经工商行政管理部门登记注册并领取营业执照的法人、其他经济组织或者个体工商户，从事网络商品交易及有关服务的，应当在其网站首页或者从事经营活动的主页面醒目位置公开营业执照登载的信息或者其营业执照的电子链接标识。第三方交易平台经营者应当对申请进入平台销售商品或者提供服务的法人、其他经济组织或者个体工商户的经营主体身份进行审查和登记，建立登记档案并定期核实更新，在其从事经营活动的主页面醒目位置公开营业执照登载的信息或者其营业执照的电子链接标识。第三方交易平台经营者应当对尚不具备工商登记注册条件、申请进入平台销售商品或者提供服务的自然人的真实身份信息进行审查和登记，建立登记档案并定期核实更新，核发证明个人身份信息真实合法的标记，加载在其从事经营活动的主页面醒目位置。

但上述登记和审查要求只能完成商品交易及有关服务的经营者的主体确认，并不能实现对其履约能力的审查，尤其根据现行公司法，除特定行业外，一般企业均采取注册资本认缴制，更加无法判断出其真正的履约能力。(www.daowen.com)

（二）合同条款变更难

实践中电子商务合同多数为平台运营方提前拟订的格式合同，由于互联网平台运营方握有格式合同的起草权，故不免会尽量扩大自身优势，削弱用户的权利，而用户对于是否订立合同只能以点击同意选项或者不点击来表达，只要用户想要购买产品或者服务，就得接受合同条款，基本没有洽谈的渠道，也没有对合同不满意的部分进行变更的可能性，难免为合同纠纷埋下了隐患。

（三）电子签名普及不足

我国早在2004年就通过了《电子签名法》，该法于2005年4月1日起正式施行至今已经12年的时间，很多电子商务交易也都在采用电子签名，但在B2B商业模式中，出于对电子签名效力的认识不足以及商业信息保密等各方面考虑，仍不乏拒绝接受电子签名的企业用户，实践中电子签名的普及情况并不尽如人意。