随着《指导意见》和《暂行办法》的出台，第三方支付机构存管受到严格限制，为创新突围，第三方支付机构采取与商业银行合作提供存管服务的方式维持自身发展。但从当前规范性文件的规定及立法者的态度考察，以商业银行作为P2P网贷资金存管机构是唯一合法之举。因此，这种合作模式仅能被视为过渡期的应对之策。2015年9月17日，汇付天下与恒丰银行合作推出资金联合存管方案，这是在《指导意见》出台后，第三方支付机构与商业银行尝试联合存管的典型案例。在联合存管模式下，第三方支付机构需要提供第三方账户存管管理系统用于执行平台公司的资金清算指令，同时还需要对运营数据进行监控并定期进行支付结算。商业银行则需要建立资金专用账户，所有交易资金都需要进入银行的这个账户。同时，商业银行还负责投资标的备案，防止平台公司虚构标的骗取、挪用资金。汇付天下与恒丰上海银行、富友支付与建设银行上海分行进行了此类合作。这一模式借助第三方支付机构的网络系统，减轻了商业银行搭建网络平台的负担，使商业银行能够专注于账户管理。同时，由于资金管理风险由第三方支付机构与商业银行共同承担，这也就为那些忌惮平台公司经营风险，但又仍希望在这一领域有所作为的商业银行提供了选择。

与第三方支付机构资金存管模式相同的是，P2P网贷平台使用第三方支付机构的服务系统，双方签订的合同也仅仅是达成提供或使用服务的合意，第三方支付机构并不注重在合同中保留保护出借人利益的条款。对于商业银行负责的资金专用账户和标的的备案，银行与平台之间只是通过合同对可能发生的异常行为的对策进行约定，也没有相关立法要求银行限制账户以保障出借人及借款人的利益。(www.daowen.com)

事实上，这种存管模式未能有效解决对平台资金流动的监控。此外，平台不仅要向第三方支付机构[10]支付系统使用的服务费，还要向商业银行的信息备案服务支付费用。这种双重支付，给平台带来了很高的经营成本。实践中，平台之所以选择这一模式，一般有两种原因：一是看重第三方支付机构系统操作的灵活性，以满足自身全天候资金调拨的需求；二是无法得到商业银行的信任，因此无法与银行单独达成合作意向，只能通过这一折衷方式获得银行的部分信用支持。