《程序指令》是CEAS欧盟共同避难体系第一阶段最后一个通过的次级立法文件，正式通过时间是2005年12月1日，截至目前其全部条文对于批准国全部适用，^[46]英国与爱尔兰参加了该指令，丹麦没有参加。指令的法律基础是第63条第1款（D）项。《程序指令》之所以较晚出台，是因为作为整个法律以及行政管理体系一部分的难民程序，会给各成员国原有的法律与管理框架带来深刻的冲击，需要各国的适应；另一方面也是因为针对程序而言，无论《日内瓦公约》还是《欧洲人权公约》都没有提供可以精确参照的系统模版，各成员国需要按照具体的实践条件协调完成。

《程序指令》仅适用于基于联合国难民公约提起的申请。但是，根据指令第2（2）条规定的用意，可以看出任何要求国际保护的申请都可以假定为避难申请，除非相关的个人明确的要求另外一种保护。因此，根据第3条第4款的规定，成员国在其所从事的任何保护程序中都有如何适用指令标准的自由。第5条认为指令也只是规定了最低标准，因此成员国可以偏移于避难申请人所寻求的保护性利益。指令正式实施不久，欧洲议会就向欧盟法院起诉理事会，要求废止指令第29条第1、2款与第36条第3款（关于共同来源国与共同欧洲安全第三国名单）以及替代性地废止全部指令。^[47]在2008年5月6日的判决意见中，欧盟法院坚持了欧洲议会的请求废止了发生竞合的规定。

指令第Ⅱ章第6条～22条规定了避难程序的最基本要求，该程序不仅仅指法院审判的程序，也包括为达致申请最终结果的所有程序。相关要求依据个人权利和成员国正面义务草拟，大部分值得关注的规定如下：1.进入程序的权利；2.申请人停留在最初受理申请并处于审查中的成员国的权利；3.成员国基于个人、客观与公平的原则进行适当的审查的义务；4.成员国告知如何反对消极决定的义务；5.申请人有权以其熟悉的语言获得程序以及决定通知的权利；6.申请人有得到翻译的权利；7.申请人具有被邀请进行个人面谈的权利；8.得到法律援助和法律代理人的权利；9.成员国确保无陪护未成年人得到代理与支持的义务；10.避难申请人不能单单因为避难申请的原因而被拘禁的权利；11.成员国允许UNHCR联合国难民事务高级专员拜访申请人以及检查特定程序的义务。

指令第Ⅲ章第23条～26条规定了两种程序，正常程序与特殊程序。在正常程序下，成员国需要遵守关于最低标准的承诺；在特殊程序中，成员国可以做出承诺减损。在特殊情况下，成员国可以决定不检查相关的请求、可以认为该项申请缺乏根据或者启动非常程序等。其中应予注意的程序如下：

1.加速程序。在正常程序下，成员国必须确保申请尽可能得出结论，其最长时限是6个月，但根据第23条第1、2款的规定，这一时限对成员国并没有拘束力，成员国可以选择优先或者加速程序，并且在第23条第3款中事实规定了成员国可以加速任何程序。在加速程序中，成员国必须保证申请人的相关权利（虽然指令明确提到在该程序中申请人的面谈环节可以取消）。指令没有详细规定加速程序的细节，也没有规定作出决定的最短或者最长期限。

2.宣布申请不可接受，理由为存在“第一庇护国”或“安全第三国”。指令第25条规定了8种成员国可以不接受的情形，只要任何一种情况出现，成员国都“不被要求”进行相关的审查，其中第1条是应由其他成员国承担责任时，其余7条规定在第25条第2款，主要是关于“第一庇护国”与“安全第三国”的，其中暗示了如果申请人能够从非成员国得到保护，成员国就不必审查相关的申请。这一“非成员国”要么是申请人进入欧盟领土之前已经从该国获得保护的“第一庇护国”，要么是欧盟以外符合一定条件但是申请人从未提起申请的“安全第三国”。安全第三国符合的条件应该包含这样的原则：①在任何情况下的避难寻求者都应符合联合国难民公约的相关条件；②安全第三国必须尊重“不推回原则”。成员国只能将申请人转移至愿意接受的“第一庇护国”或“安全第三国”。而且，避难申请人有权驳斥存在安全第三国的假设。(www.daowen.com)

3.因为具有安全来源国的因素而宣布申请缺乏根据。指令第29～31条规定了“安全来源国”的最基本的名单，虽然成员国可以在国内法上增加新的国家进入该名单，但是不能将相关国家从此名单移出。^[48]如果申请人是该类国家国民或者作为无国籍人曾在该类国家居留并且能够安全返回，成员国必须认定该类申请缺乏根据而予以驳回；只有当申请人提出足够的证据证明该国不是安全国家的时候，其为安全的假定才能被推翻。该条在欧盟内部引起较多争论，欧盟法院通过判例确定最终需要遵守的“安全来源国”名单属于建立欧盟共同避难政策第二阶段的内容，需要以合作决策的方式推动共同适用，虽然法院取消了建立共同名单的程序规定，但是并没有取消安全来源国的实质规定（概念），所以成员国必须在国内法及相关程序上继续引述并使用该概念。^[49]

4.特殊程序：边界程序、随后申请程序以及认可欧洲安全第三国程序等。根据指令第Ⅱ章的规定，申请人的程序性权利都必须被遵守，但在如上三种程序中，成员国可以出现承诺减损。指令第35条规定了边境程序，即成员国可以设定特定的边境程序作为边境管理中的预备性程序决定申请人是否应被允许进入该国提起正式的避难申请。指令第32条规定成员国可以对重复的申请进行预备性的检查以确定其是否具有新的因素或者发现申请人应被确认为难民的相关问题，如果在检查的过程中发现新的因素，该项申请必须按照正常的程序标准进行审查。指令第36条规定了欧洲安全第三国的概念，该安全第三国必须批准《日内瓦公约》与《欧洲人权公约》以及即将成为欧盟理事会成员，而且该类国家应该尊重“不推回原则”并且愿意接受申请人。在符合上述条件的情况下，申请人如果从该类国家非法入境就可以否定入境程序直接将其遣返。同样，ECJ在判例当中取消了建立欧洲安全第三国名单的规定，但是保留了欧洲安全第三国的概念。^[50]

指令第Ⅳ章第37、38条规定了难民资格撤销的程序规则。其中第37条规定当表明难民身份必须被重新考虑的新的要素与事实出现的时候，相关的程序应当被启动；第38条规定当这样的程序启动的时候，对申请人的保障应当被尊重。指令第Ⅴ章第39条规定申请人有权得到法院有效地补救去反抗对其申请的决定，按照引申的规定，所有关于避难申请的决定都应当接受司法的审查。在上诉审程序中的枝节问题是申请人是否有权继续留在该成员国？指令没有明确的规定，只是要求成员国遵守相关的国际义务，由其决定是否允许继续留在其国土。很明显，模糊的规定对申请人而言是不利的，例如在面临被转移到所谓安全第三国的问题时，因其举证能力有限并让其承担举证责任的情况下，让其在上诉审中去对抗假设的所谓安全第三国是几乎不可能的。

指令在实施的过程中引起了很多的争议，就像前文提到的关于“安全第三国”、“第一庇护国”以及“安全来源国”的名单问题等以及对于申请人保护的充分与否，乃至遣返的实际效果等，但是，毋庸置疑的是，《难民资格指令》是世界上第一部关于难民程序最低要求的法律文件，其在具体的实施过程中通过不断的自我完善而使各成员国的国内法与其保持一致，而成员国为了更好地履行相关的国际义务以及有效处理涉及本国的难民事务，也需要对其给予更多的关注和协调。