第63条项下设想的欧洲共同避难体系只适用于第三国国民与无国籍人员，也就是说，欧盟成员国国民并不适用于该体系。作为该体系的替代，这些所谓的内部避难需求者由《关于为欧盟成员国国民提供庇护的议定书》^[15]调整，其附属于《阿姆斯特丹条约》。该议定书将所有欧盟成员国视为安全国家，所以意味着任何一位在欧盟内部的成员国国民向另一成员国申请避难时都会被视为“不可接受”。在成员国国民提起避难申请被考虑的唯一例外情况是：在出现战争和公共危机的情况下，成员国可以利用ECHR项下第15条的规定减损对相关人权保护的承诺义务；或者当理事会利用《建立欧盟条约》第7（1）条下的特殊程序条款，适用在成员国出现严重危及基本人权和法律规则的实施的明显危急的情况。^[16]如果某一成员国决定接受另一成员国公民的避难申请时，必须通知理事会，以保证该申请必须基于已经确认不是毫无根据的推测来处理。^[17]欧盟公民排除适用于欧洲避难体系可以看出欧洲难民避难体系设立的最初用意，即规范已经越过外部边界进入欧盟境内的第三国国民和无国籍人员的避难申请事宜，并不是为了杜绝成员国不给予其他成员国国民相应的难民待遇。另一方面，对于欧盟公民申请难民的问题确实抬高了门槛，也引出来在日内瓦公约范畴内，欧盟公民适用难民规范与第三国国民（含无国籍人员）是否平等的问题。在欧盟公民的确符合难民条件的情况下，无论和平与否都不应被排除适用于保护之外，所以，为了议定书更好地实施，成员国应当对议定书实施一定的保留，增加一条针对《阿姆斯特丹条约》的声明，即为了符合联合国难民公约及其相关条约的义务，在执行来自另一成员国国民的难民避难申请时应进行单个的审查。^[18]CEAS欧洲共同避难体系对适用人员的另一项限制是CEAS项下的措施仅仅适用于“申请庇护的人”，即符合《日内瓦公约》所规定的难民标准的避难寻求者。其他的类型则需要适用《欧洲人权公约》与《禁止酷刑和其他残忍、不人道或有辱人格的待遇或处罚公约》（Convention against Torture and Other Cruel，Inhuman or Degrading Treatment or Punishment），简称《联合国反酷刑公约》。这意味着基于非联合国难民公约的其他原因获得的保护不能适用欧洲共同避难体系的相关规定。

但是这种限制因为几个方面的原因得到缓解：1.成员国必须假定所有的避难申请者都是基于联合国难民公约实行的请求，除非申请人明确地作出反对声明。因为当一份申请被接受的时候它应当得到什么权利的保护并不十分清楚，这种假定就可以使成员国不那么容易拒绝该申请；2.编号2004/83/EC关于认定难民条件与地位的难民资格指令规定了“附带性保护”（Subsidiary Protection），即所有不被联合国难民公约所涵盖的保护形式。相应地，难民资格指令也为其他基于非联合国难民公约的国际机制的避难请求提供了可能；3.编号2003/9/EC关于接待避难寻求者最低标准的接待条件指令与编号为2005/85/EC关于处理难民避难时以最低程序标准的程序指令赋予成员国权力可以将这些指令适用于基于其他理由提起避难请求的人，一些成员国实行了单一的避难程序和接待标准。(www.daowen.com)

目前主要适用的次级立法包括一个条例四个指令：编号2001/55/EC关于为避难申请者提供暂行性保护的指令，^[19]简称《暂时性保护指令》；编号2003/9/EC关于接待避难寻求者最低标准的接待条件指令，^[20]简称为《接待条件指令》；编号343/2003/EC关于避难申请提出时在成员国之间进行责任分配的条例，^[21]简称为《都柏林条例》；编号2004/83/EC关于认定难民条件与地位的难民资格指令，^[22]简称为《难民资格指令》；编号2005/85/EC关于处理难民避难时以最低程序标准的程序指令，^[23]简称为《程序指令》。英国选择性适用所有难民立法文件，爱尔兰拒绝参加接待条件指令但选择性加入其他立法文件，丹麦则仅参加了都柏林条例。当第三国国民进入欧盟境内或者在某一成员国边境时，根据《都柏林条例》的规定，成员国应当审查相关的申请并决定由哪一个成员国承担接待的责任；在检查相关申请的时候，必须遵守程序指令中关于最低标准的程序要求；而接待条件指令则赋予避难寻求者实质性的权利，包括居留、住房、接受健康医疗服务等；当避难寻求者符合难民资格指令中关于难民地位或者附带性保护的条件时，成员国必须授予难民地位或者附带性保护资格，指令中关于难民的描述类似于联合国难民公约中的规定，而附带性保护则是欧洲人权法院根据《欧洲人权公约》与《联合国反酷刑公约》的规定对避难申请人提供的实际性保护。除却以上种种，在欧洲提起的难民避难申请，在出现“大规模难民潮”的时候，因为对于人道主义灾难的关注和人权的基本保护，对于不符合相关规定不能享受保护的申请人，可以实行“暂时性保护”，在暂时性保护期过后根据情况，要么返回原籍国，要么在不能返回的情况下获取难民资格享受相关避难的权利。